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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1hiv | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX OF HIV-1 PROTEASE WITH A DIHYDROETHYLENE-CONTAINING INHIBITOR: COMPARISONS WITH MOLECULAR MODELING | ||||||
要素 | HIV-1 PROTEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / ACID PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus ...integrase activity / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / viral life cycle / Assembly Of The HIV Virion / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / Budding and maturation of HIV virion / exoribonuclease H activity / protein processing / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Thanki, N. / Wlodawer, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1992 タイトル: Crystal structure of a complex of HIV-1 protease with a dihydroxyethylene-containing inhibitor: comparisons with molecular modeling. 著者: Thanki, N. / Rao, J.K. / Foundling, S.I. / Howe, W.J. / Moon, J.B. / Hui, J.O. / Tomasselli, A.G. / Heinrikson, R.L. / Thaisrivongs, S. / Wlodawer, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1hiv.cif.gz | 50.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1hiv.ent.gz | 39.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1hiv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1hiv_validation.pdf.gz | 474.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1hiv_full_validation.pdf.gz | 486.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1hiv_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1hiv_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/1hiv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/1hiv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THERE ARE OXYGENS COVALENTLY BOUND TO SG CYS A 67 AND SG CYS B 67. THEY ARE PRESENTED AS HETATM RECORDS FOLLOWING THE END OF EACH CHAIN. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10805.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04585 #2: 化合物 | ChemComp-1ZK / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE SUBCOMPONENT CAV IN INHIBITOR 1ZK IS THE DIPEPTIDE ISOSTERE CYCLOHEXYL ALANINE PSI(CHOH-CHOH) ...THE SUBCOMPONE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.56 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.169 / 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 10110 / Rfactor obs: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |