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万見
- PDB-1g6c: THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g6c
タイトルTHIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE
要素THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / THIAMIN BIOSYNTHESIS / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine phosphate synthase / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiamine phosphate synthase / Thiamine phosphate synthase/TenI / Thiamine monophosphate synthase / Thiamin phosphate synthase superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IFP / PYROPHOSPHATE 2- / 4-METHYL-5-HYDROXYETHYLTHIAZOLE PHOSPHATE / Thiamine-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Peapus, D.H. / Chiu, H.-J. / Campobasso, N. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Structural characterization of the enzyme-substrate, enzyme-intermediate, and enzyme-product complexes of thiamin phosphate synthase.
著者: Peapus, D.H. / Chiu, H.J. / Campobasso, N. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Mechanistic Studies on Thiamin Phosphate Synthase: Evidence for a Dissociative Mechanism
著者: Reddick, J.J. / Nicewonger, R. / Begley, T.P.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of Thiamin Phosphate Synthase from Bacillus subtilis at 1.25A Resolution
著者: Chiu, H.-J. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
#3: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1997
タイトル: CHARACTERIZATION OF THE BACILLUS SUBTILIS THIC OPERON INVOLVED IN THIAMINE BIOSYNTHESIS
著者: ZHANG, Y. / TAYLOR, S.V. / CHIU, H.-J. / BEGLEY, T.P.
履歴
登録2000年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE
B: THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,79010
ポリマ－48,5932
非ポリマー1,1978
水5,278293
1
A: THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8955
ポリマ－24,2971
非ポリマー5994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8955
ポリマ－24,2971
非ポリマー5994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.650, 76.650, 140.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 24296.643 Da / 分子数: 2 / 変異: S130A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COMPLEXED WITH 2-TRIFLUOROMETHYL-5-METHYLENE-5H-PYRIMIDIN-4-YLIDENEAMINE, 4-METHYL-5-HYDROXYETHYLTHIAZOLE PHOSPHATE AND PYROPHOSPHATE
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: THIC / プラスミド: PYZC6927 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 WITH PREP4 / 参照: UniProt: P39594, thiamine phosphate synthase

-
非ポリマー , 5種, 301分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-IFP / 2-TRIFLUOROMETHYL-5-METHYLENE-5H-PYRIMIDIN-4-YLIDENEAMINE / 4-IMINO-5-METHIDYL-2-TRIFLUOROMETHYLPYRIMIDINE


分子量: 175.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4F3N3
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物 ChemComp-TZP / 4-METHYL-5-HYDROXYETHYLTHIAZOLE PHOSPHATE


分子量: 223.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10NO4PS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: hanging drop vapor diffusion with micro seeding / pH: 7.5
詳細: 75mM TRIS-HCl, 75 mM MgCl2, 21-22% PEG4000 , pH 7.5, hanging drop vapor diffusion with micro seeding, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Chiu, H.-J., (1999) Biochemistry, 38, 6460.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
32 mMdithiothreitol1drop
475 mMTris-HCl1reservoir
575 mM1reservoirMgCl2
624-26 %(v/v)PEG40001reservoir
72 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
85 mMbeta-octylglucopyranoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.921
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月1日
放射モノクロメーター: Silicon Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→19.91 Å / Num. obs: 77537 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 11.4
反射
*PLUS
Num. obs: 77666 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 7.1 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.1 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 4.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB Entry 1G4E

1g4e


解像度: 1.4→42.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 404815.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood Function
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 3938 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 77537 93.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.55 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 14.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3409 0 78 293 3780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.11.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.132.5
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 627 5.5 %
Rwork0.26 10681 -
obs--83.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4C3.PARAMC3.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 14.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.77
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.299 / % reflection Rfree: 5.5 % / Rfactor Rwork: 0.26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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