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- PDB-1ft6: REDUCED STATE OF CYTOCHROME C554 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ft6
タイトルREDUCED STATE OF CYTOCHROME C554 FROM NITROSOMONAS EUROPAEA
要素CYTOCHROME C554
キーワードELECTRON TRANSPORT / heme-stacking
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c-552/4 / Cytochrome c554 and c-prime / Flavocytochrome C3; Chain A / Flavocytochrome C3; Chain A, domain 2 / Multiheme cytochrome c family profile. / Multiheme cytochrome superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DITHIONITE / HEME C / PHOSPHATE ION / SULFITE ION / Cytochrome c-554
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Iverson, T.M. / Arciero, D.M. / Hooper, A.B. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2001
タイトル: High-resolution structures of the oxidized and reduced states of cytochrome c554 from Nitrosomonas europaea.
著者: Iverson, T.M. / Arciero, D.M. / Hooper, A.B. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Heme Packing Motifs Revealed by the Crystal Structure of the Tetra-heme Cytochrome c554 from Nitrosomonas europaea
著者: Iverson, T.M. / Arciero, D.M. / Hsu, B.T. / Logan, M.S. / Hooper, A.B. / Rees, D.C.
履歴
登録2000年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn / Item: _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 2.02021年3月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C554
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4348
ポリマ－23,6571
非ポリマー2,7777
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.24, 147.24, 33.88
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CYTOCHROME C554 / C554 / HYDROXYLAMINE OXIDOREDUCTASE-LINKED CYTOCHROME


分子量: 23656.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nitrosomonas europaea (バクテリア) / 参照: UniProt: Q57142

-
非ポリマー , 5種, 149分子

#2: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-DTN / DITHIONITE


分子量: 128.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O4S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.1
詳細: 62.5% w/vol potassium phosphate pH 10.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 72 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Iverson, T.M., (1998) Nat.Struct.Biol., 5, 1005.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
140 mg/mlprotein1drop
262.5 %(w/v)potassium phosphate1reservoirpH10.1
392.5 %(w/v)potassium phosphate1reservoirpH10.1
41
51
61
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 112676 / Num. obs: 24588 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.288 / % possible all: 85.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 112676
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
REFMAC精密化
SHELX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4データスケーリング
精密化解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.236 1242 were chosen to be the same as the oxidized form: PDB 1FT5
Rwork0.197 --
all-112676 -
obs-24588 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1624 0 192 142 1958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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