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Yorodumi- PDB-4rye: The crystal structure of D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4rye | ||||||
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Title | The crystal structure of D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE from Mycobacterium tuberculosis H37Rv | ||||||
Components | D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures Of MTB Proteins Conferring Susceptibility To Known MTB Inhibitors / MTBI | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Serine-type carboxypeptidases / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / endopeptidase activity / periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.901 Å | ||||||
Authors | Cuff, M. / Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Jedrzejczak, R. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The crystal structure of D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE from Mycobacterium tuberculosis H37Rv Authors: Cuff, M. / Tan, K. / Hatzos-Skintges, C. / Jedrzejczak, R. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4rye.cif.gz | 390.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4rye.ent.gz | 337.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4rye.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4rye_validation.pdf.gz | 435.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4rye_full_validation.pdf.gz | 437.4 KB | Display | |
Data in XML | 4rye_validation.xml.gz | 41 KB | Display | |
Data in CIF | 4rye_validation.cif.gz | 60 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/4rye ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/4rye | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Assembly
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27869.277 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Strain: H37Rv / Gene: dacB2 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: I6Y204 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 1.1M Ammonium tartrate Dibasic, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97935 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 26, 2012 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97935 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→45 Å / Num. all: 91668 / Num. obs: 91668 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 21.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 4474 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.901→44.617 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.32 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.901→44.617 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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