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- PDB-4kxm: Crystal structure of DNPH1 (RCL) WITH N6-ISOPENTENYL-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kxm
タイトルCrystal structure of DNPH1 (RCL) WITH N6-ISOPENTENYL-AMP
要素2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
キーワードHYDROLASE / DEOXYRIBONUCLEOSIDE 5'-MONOPHOSPHATE N-GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Purine catabolism / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity ...Purine catabolism / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / nucleoside salvage / dGMP catabolic process / allantoin metabolic process / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
2-deoxynucleoside 5-phosphate N-hydrolase 1, DNPH1 / : / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N6-ISOPENTENYL-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Padilla, A. / Labesse, G. / Kaminski, P.A.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: N (6)-substituted AMPs inhibit mammalian deoxynucleotide N-hydrolase DNPH1.
著者: Amiable, C. / Pochet, S. / Padilla, A. / Labesse, G. / Kaminski, P.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of the oncoprotein Rcl bound to three nucleotide analogues.
著者: Padilla, A. / Amiable, C. / Pochet, S. / Kaminski, P.A. / Labesse, G.
履歴
登録2013年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
B: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
C: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
D: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3638
ポリマ－68,6934
非ポリマー1,6694
水3,297183
1
A: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
B: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1814
ポリマ－34,3472
非ポリマー8352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
2
C: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
D: 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1814
ポリマ－34,3472
非ポリマー8352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.146, 96.568, 79.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.580, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: 6IA / End label comp-ID: 6IA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 10 - 201 / Label seq-ID: 3

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA - E
21DD - H
12BB - F
22CC - G

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1 / Deoxyribonucleoside 5'-monophosphate N-glycosidase / c-Myc-responsive protein Rcl


分子量: 17173.334 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 11-151 / 変異: D69N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dnph1, Rcl / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bli5
参照: UniProt: O35820, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-6IA / N6-ISOPENTENYL-ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 417.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N5O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG8K, 100 MM NaCaCo, 200 MM ZINC ACETATE, PH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979756 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月18日
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT ESRF MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→40.97 Å / Num. obs: 21068 / % possible obs: 92.04 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.24→2.39 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 65.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FYI

4fyi


解像度: 2.24→38.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 14.052 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.596 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 1077 5.1 %RANDOM
Rwork0.1738 ---
obs0.1765 20988 92.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 44.69 Å2 / Biso mean: 15.7391 Å2 / Biso min: 4.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20.1 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→38.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4139 0 112 183 4434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224358
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.9825897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1965517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41722.455220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.1215697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8961551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3151.52579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60324099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.99931779
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5944.51798
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1030LOOSE POSITIONAL0.355
1A1030LOOSE THERMAL0.8910
2B1056LOOSE POSITIONAL0.35
2B1056LOOSE THERMAL0.9910
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.298 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 56 -
Rwork0.178 948 -
all-1004 -
obs--58.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2835-0.29930.07252.00390.41862.4380.04350.1497-0.1559-0.1462-0.0312-0.04970.22130.0219-0.01230.03960.00360.00780.0311-0.01610.04679.09610.027729.4351
21.8151-0.091-0.05011.33070.19431.26550.025-0.01350.2193-0.0152-0.0150.0295-0.1763-0.0581-0.010.02530.00890.00580.0147-0.00510.04143.037318.370743.2528
32.47970.11280.47641.85280.30161.37160.0178-0.0579-0.2755-0.0090.0282-0.02480.2542-0.0757-0.0460.0527-0.01570.00650.0356-0.00530.06993.1014-9.236465.5462
41.69660.4907-0.09681.44350.01542.47320.0613-0.19670.20120.1586-0.0603-0.0304-0.25210.0088-0.0010.05220.00060.01060.0565-0.02230.05889.27049.444778.9971
50.1725-0.0114-0.01970.186-0.26770.92560.01520.0107-0.0117-0.040.00240.0081-0.00410.0014-0.01750.04740.00480.01390.0961-0.00880.14783.39455.831249.8899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 151
2X-RAY DIFFRACTION1A201
3X-RAY DIFFRACTION2B10 - 152
4X-RAY DIFFRACTION2B201
5X-RAY DIFFRACTION3C10 - 152
6X-RAY DIFFRACTION3C201
7X-RAY DIFFRACTION4D10 - 152
8X-RAY DIFFRACTION4D201
9X-RAY DIFFRACTION5A301 - 373
10X-RAY DIFFRACTION5A374 - 443
11X-RAY DIFFRACTION5B301 - 317
12X-RAY DIFFRACTION5C301 - 309
13X-RAY DIFFRACTION5D301 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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