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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ezv | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE YEAST CYTOCHROME BC1 COMPLEX CO-CRYSTALLIZED WITH AN ANTIBODY FV-FRAGMENT | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / cytochrome bc1 complex / complex III / QCR / mitochondria / yeast / antibody Fv-fragment / stigmatellin / coenzyme Q6 / matrix processing peptidases / ubiquinone / electron transfer / proton transfer / Q-cycle / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Scavenging of heme from plasma / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / CD22 mediated BCR regulation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated MAPK activation / Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade ...Scavenging of heme from plasma / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / CD22 mediated BCR regulation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated MAPK activation / Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / matrix side of mitochondrial inner membrane / FCERI mediated Ca+2 mobilization / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / FCERI mediated NF-kB activation / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Mitochondrial protein degradation / : / immunoglobulin complex / quinol-cytochrome-c reductase / cellular respiration / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / immunoglobulin mediated immune response / proton transmembrane transport / aerobic respiration / nuclear periphery / antigen binding / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / adaptive immune response / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / immune response / heme binding / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hunte, C. / Koepke, J. / Lange, C. / Rossmanith, T. / Michel, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: Structure at 2.3 A resolution of the cytochrome bc(1) complex from the yeast Saccharomyces cerevisiae co-crystallized with an antibody Fv fragment. 著者: Hunte, C. / Koepke, J. / Lange, C. / Rossmanith, T. / Michel, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ezv.cif.gz | 451.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ezv.ent.gz | 370.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ezv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ezv_validation.pdf.gz | 776.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ezv_full_validation.pdf.gz | 824.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ezv_validation.xml.gz | 46.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ezv_validation.cif.gz | 72.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/1ezv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/1ezv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The yeast mitochondrial cytochrome bc1 complex consist of 9 subunits (COR1, QCR2, COB, CYT1, RIP1, QCR6, QCR7, QCR8, QCR9). The biological functional unit is a homodimer. The smallest subunit QCR10, which is not required for a functional enzyme, was not present in the protein preparations. / The cytochrome bc1 complex was co-crystallized with an antibody Fv-fragment, which is bound to subunit RIP1 ("Rieske"-protein). The Fv-fragment consists of heavy and light chain (VH and VL). the Fv-fragment is bound to the "Rieske"-protein (chain ID E) |
-要素
-UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ... , 6種, 6分子 ABHFGI
#1: タンパク質 | 分子量: 47358.168 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-457 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 解説: MITOCHONDRIA, YEAST, SACCHAROMYCES CEREVISIAE / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07256, quinol-cytochrome-c reductase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 38751.918 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 17-368 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 解説: FV-FRAGMENT DERIVED FROM THE MURINE MONOCLONAL ANTIBODY 18E11, EXPRESSION SYSTEM ESCHERICHIA COLI Organelle: MITOCHONDRIA 参照: GenBank: 786302, UniProt: P07257*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase |
#6: タンパク質 | 分子量: 8854.792 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 74-147 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA 参照: GenBank: 836788, UniProt: P00127*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase |
#7: タンパク質 | 分子量: 14355.443 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3-127 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA 参照: GenBank: 927796, UniProt: P00128*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase |
#8: タンパク質 | 分子量: 10856.314 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-94 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA 参照: GenBank: 1008356, UniProt: P08525*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase |
#9: タンパク質 | 分子量: 6301.232 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 4-58 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P22289, quinol-cytochrome-c reductase |
-タンパク質 , 3種, 3分子 CDE
#3: タンパク質 | 分子量: 43674.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: GenBank: 643021, UniProt: P00163*PLUS |
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#4: タンパク質 | 分子量: 27423.904 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 62-306 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: GenBank: 1420211, UniProt: P07143*PLUS |
#5: タンパク質 | 分子量: 20122.955 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 31-215 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Organelle: MITOCHONDRIA 参照: GenBank: 602391, UniProt: P08067*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase |
-抗体 , 2種, 2分子 XY
#10: 抗体 | 分子量: 14365.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18531*PLUS |
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#11: 抗体 | 分子量: 11926.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01647*PLUS |
-非ポリマー , 5種, 352分子
#12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-SMA / | #14: 化合物 | ChemComp-UQ6 / | #15: 化合物 | ChemComp-FES / | #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 17 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microseeding / pH: 8 詳細: 5 % PEG 4000, 100 mM Tris, 0.05 % Undecyl-maltoside, 1 micromolar stigmatellin, pH 8.0, microseeding, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→15 Å / Num. all: 168625 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.27 % / Biso Wilson estimate: 52.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 12.4 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→15 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Num. unique all: 4845 / % possible all: 73.9 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 168625 / Num. measured all: 1057968 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 73.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.5 % / Rfactor all: 0.222 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 0.9 |