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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1erm | ||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF TEM-1 BETA LACTAMASE IN COMPLEX WITH A DESIGNED BORONIC ACID INHIBITOR (1R)-1-ACETAMIDO-2-(3-CARBOXYPHENYL)ETHANE BORONIC ACID | ||||||
要素 | TEM-1 BETA-LACTAMASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta-lactamase / structure-based design / boronate inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ness, S. / Martin, R. / Kindler, A.M. / Paetzel, M. / Gold, M. / Jones, J.B. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000 タイトル: Structure-based design guides the improved efficacy of deacylation transition state analogue inhibitors of TEM-1 beta-Lactamase(,). 著者: Ness, S. / Martin, R. / Kindler, A.M. / Paetzel, M. / Gold, M. / Jensen, S.E. / Jones, J.B. / Strynadka, N.C. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Structure-based design of a potent transition state analogue for TEM-1 beta-lactamase 著者: Strynadka, N.C.J. / Martin, R. / Jensen, S.E. / Gold, M. / Jones, J.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1erm.cif.gz | 61.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1erm.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1erm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1erm_validation.pdf.gz | 455.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1erm_full_validation.pdf.gz | 460 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1erm_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1erm_validation.cif.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/1erm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/1erm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28957.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PUC118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-BJI / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 1.5 M / 一般名: phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 93628 / Num. obs: 93628 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.87 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Num. unique all: 2828 / % possible all: 88 |
反射 | *PLUS |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: bond length = 0.8 bond angle = 0.8 Try plane = 1.0 Gen. plane 1.0 bad contacts = 12 Temp. = 3
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor all: 0.177 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 1.9 |