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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e7b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human serum albumin complexed with the general anesthetic halothane | ||||||
![]() | SERUM ALBUMIN | ||||||
![]() | CARRIER PROTEIN / ALBUMIN / GENERAL ANESTHETIC / HALOTHANE | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhattacharya, A.A. / Curry, S. / Franks, N.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of the General Anesthetics Propofol and Halothane to Human Serum Albumin. High Resolution Crystal Structures 著者: Bhattacharya, A.A. / Curry, S. / Franks, N.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 227.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 405.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.4415, 0.8968, 0.0291), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-HLT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | SERUM ALBUMIN, REGULATES THE COLLOIDAL OSMOTIC PRESSURE OF BLOOD IT BINDS TO WATER, CA++, NA+, K+, ...SERUM ALBUMIN, REGULATES THE COLLOIDAL OSMOTIC PRESSURE OF BLOOD IT BINDS TO WATER, CA++, NA+, K+, FATTY ACIDS, HORMONES, BILIRUBIN AND DRUGS | 配列の詳細 | RESIDUES 1-24 IN P02768 ENTRY ARE SIGNAL SEQUENCE. RESIDUE 1 IN STRUCTURE COORDINATES IS EQUIVALENT ...RESIDUES 1-24 IN P02768 ENTRY ARE SIGNAL SEQUENCE. RESIDUE 1 IN STRUCTURE COORDINATE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.00 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GE(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.909 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→14.97 Å / Num. obs: 48001 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.51 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.267 / % possible all: 87.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1AO6 解像度: 2.38→17 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED REFINEMENT WAS PERFORMED WITH MAX ALLOWABLE TEMPERATURE FACTOR OF 150
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原子変位パラメータ | Biso mean: 76.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.38→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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