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- PDB-1dxw: structure of hetero complex of non structural protein (NS) of hep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dxw
タイトルstructure of hetero complex of non structural protein (NS) of hepatitis C virus (HCV) and synthetic peptidic compound
要素SERINE PROTEASE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / NON STRUCTURAL PROTEIN / HEPATITIS C VIRUS / SERINE PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / host cell membrane / host cell mitochondrion / serine-type peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell / channel activity / viral nucleocapsid ...host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / host cell membrane / host cell mitochondrion / serine-type peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily ...Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BOC-GLU-LEU-FKI, PEPTIDE INHIBITOR / Chem-2ZF / Genome polyprotein / Polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Barbato, G. / Cicero, D.O. / Cordier, F. / Narjes, F. / Gerlach, B. / Sambucini, S. / Grzesiek, S. / Matassa, V.G. / Defrancesco, R. / Bazzo, R.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2000
タイトル: Inhibitor Binding Induces Active Site Stabilisation of the Hcv Ns3 Protein Serine Protease Domain
著者: Barbato, G. / Cicero, D.O. / Cordier, F. / Narjes, F. / Gerlach, B. / Sambucini, S. / Grzesiek, S. / Matassa, V.G. / Defrancesco, R. / Bazzo, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The Solution Structure of the N-Terminal Serine Protease Domain of the Hepatitis C Virus Ns3 Protein Provides New Insights Into its Activation and Catalytic Mechanism
著者: Barbato, G. / Cicero, D.O. / Nardi, M.C. / Steinkuhler, C. / Cortese, R. / Defrancesco, R. / Bazzo, R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural Characterization of the Interactions of Optimized Product Inhibitors with the N-Terminal Proteinase Domain of the Hepatitis C Virus (Hcv) Ns3 Protein by NMR and Modelling Studies
著者: Cicero, D.O. / Barbato, G. / Koch, U. / Ingallinella, P. / Bianchi, E. / Nardi, M.C. / Steinkuhler, C. / Cortese, R. / Matassa, V. / Defrancesco, R. / Pessi, A. / Bazzo, R.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: The Metal Binding Site of the Hepatitis C Virus Ns3 Protease
著者: Urbani, A. / Bazzo, R. / Nardi, M.C. / Cicero, D.O. / Defrancesco, R. / Steinkuhler, C. / Barbato, G.
履歴
登録2000年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2093
ポリマ－19,6351
非ポリマー5752
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 SERINE PROTEASE / NS3


分子量: 19634.529 Da / 分子数: 1 / 断片: SEQUENCE DATABASE RESIDUES 1027-1206 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: COVALENT BOND BETWEEN SER 139 OG AND ABK 190 C1 (DI-FLUORO-ABU-KETOACID) OF INHIBITOR
由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ウイルス) / 株: BK / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P90191, UniProt: Q8QW30*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-2ZF / N-(tert-butoxycarbonyl)-L-alpha-glutamyl-N-[(1R)-1-(carboxycarbonyl)-3,3-difluoropropyl]-L-leucinamide / Boc-L-Glu-L-Leu-[(3S)-2-オキソ-3-(2,2-ジフルオロエチル)-βAla-]-OH


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 509.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H33F2N3O9 / 参照: BOC-GLU-LEU-FKI, PEPTIDE INHIBITOR
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY
配列の詳細6 RESIDUES INSERTED AT THE C TERMINAL (ALA SER LYS LYS LYS LYS)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS, 3D HETERONUCLEAR NOESY EXPERIMENTS, 3D AND 2D COUPLING CONSTANT MEASUREMENTS, 10% GLUCOSE C13 LABELLING FOR METHYL ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS, 3D HETERONUCLEAR NOESY EXPERIMENTS, 3D AND 2D COUPLING CONSTANT MEASUREMENTS, 10% GLUCOSE C13 LABELLING FOR METHYL STEREOSPECIFIC ASSINGMENT, COMBINED USE OF SEVERAL COUPLING CONSTANTS AND ROESY SPECTROSCOPY TO DETERMINE CHI1 ANGLES.

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試料調製

詳細内容: 95% WATER/10 % D2O
試料状態pH: 6.6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. RESIDUES OF NS3 1-21 ARE NOT INCLUDED IN THE MODELS SINCE THEY ARE AFFECTED BY MOBILITY IN SOLUTION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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