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万見
- PDB-2j1l: Crystal Structure of Human Rho-related GTP-binding protein RhoD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j1l
タイトルCrystal Structure of Human Rho-related GTP-binding protein RhoD
要素RHO-RELATED GTP-BINDING PROTEIN RHOD
キーワードHYDROLASE / GTPASE / MEMBRANE / GTP-BINDING / PRENYLATION / NUCLEOTIDE-BINDING / METHYLATION / LIPOPROTEIN / ENDOSOME DYNAMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


focal adhesion assembly / RHOD GTPase cycle / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly / actin filament bundle assembly / Rho protein signal transduction / positive regulation of cell adhesion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RHO GTPases Activate Formins / mitochondrial outer membrane ...focal adhesion assembly / RHOD GTPase cycle / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly / actin filament bundle assembly / Rho protein signal transduction / positive regulation of cell adhesion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / RHO GTPases Activate Formins / mitochondrial outer membrane / early endosome / endosome membrane / positive regulation of cell migration / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Rho-related GTP-binding protein RhoD
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Niesen, F.H. / Sobott, F. / Schoch, G. / Elkins, J. / Smee, C. / Gorrec, F. / Watt, S. ...Pike, A.C.W. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Niesen, F.H. / Sobott, F. / Schoch, G. / Elkins, J. / Smee, C. / Gorrec, F. / Watt, S. / Bray, J. / Turnbull, A.P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Doyle, D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Rho-Related GTP-Binding Protein Rhod
著者: Pike, A.C.W. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Niesen, F.H. / Sobott, F. / Schoch, G. / Elkins, J. / Smee, C. / Gorrec, F. / Watt, S. / Bray, J. / Turnbull, A.P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. ...著者: Pike, A.C.W. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Niesen, F.H. / Sobott, F. / Schoch, G. / Elkins, J. / Smee, C. / Gorrec, F. / Watt, S. / Bray, J. / Turnbull, A.P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Doyle, D.
履歴
登録2006年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RHO-RELATED GTP-BINDING PROTEIN RHOD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4843
ポリマ－24,0161
非ポリマー4682
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.811, 66.810, 103.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 RHO-RELATED GTP-BINDING PROTEIN RHOD / RHO-RELATED PROTEIN HP1 / RHOHP1 / RHOD


分子量: 24016.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MGC / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00212, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 6
詳細: 19% PEG6K, 0.4M NH4CL, 15% ETG, 0.05M MES PH6.0, pH 6.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50.6 Å / Num. obs: 9805 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 82.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.62 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MH1

1mh1


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 17.082 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ELECTRON DENSITY SUGGESTS HIGH LIKELIHOOD OF A DOMAIN SWAP. IN THE CRYSTAL, THE AMINO TERMINAL RESIDUES 15- 39 APPEAR TO BE EXCHANGED WITH ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ELECTRON DENSITY SUGGESTS HIGH LIKELIHOOD OF A DOMAIN SWAP. IN THE CRYSTAL, THE AMINO TERMINAL RESIDUES 15- 39 APPEAR TO BE EXCHANGED WITH AN ADJACENT MOLECULE. HOWEVER THE INTERVENING 'SWITCH 1' REGION BETWEEN RESIDUES 39 AND 47 IS DISORDERED. CONSEQUENTLY THE COMPACT FORM OF THE MOLECULE IS PRESENTED IN THIS ENTRY AS THE DOMAIN SWAP CANNOT BE CONFIRMED UNAMBIGUOUSLY. MASS SPECTROMETRIC ANALYSIS OF THE CRYSTALS CONFIRM THAT THE MOLECULE IS INTACT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 467 4.8 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 9279 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.5 Å21.75 Å20 Å2
2--3.5 Å20 Å2
3----5.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1160 0 29 8 1197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.9671659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89431847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3895154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.85623.61747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.43115171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.31156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.2728
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1810.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.234
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0930.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.0970.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4991.5792
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92321244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3533487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1284.5415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.438 41
Rwork0.384 676
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.46990.62572.00256.63-1.3859.17970.06950.48110.6235-0.0719-0.09390.3939-0.7586-0.77040.0244-0.0130.01670.1196-0.07640.042-0.0881-38.287124.4599-5.4356
26.5086-0.76042.05414.5666-1.522610.52210.25880.0513-0.25140.3723-0.2599-0.01770.08280.01490.00110.0098-0.02670.057-0.11210.0431-0.1551-33.192718.7363-1.2702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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