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- PDB-1dqy: CRYSTAL STRUCTURE OF ANTIGEN 85C FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dqy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ANTIGEN 85C FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS WITH DIETHYL PHOSPHATE INHIBITOR
要素PROTEIN (ANTIGEN 85-C)
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIGEN / 85C / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / FIBRONECTIN / DPI / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose O-mycolyltransferase / trehalose O-mycolyltransferase activity / diacylglycerol O-acyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / glycolipid biosynthetic process / zymogen binding / lipid transport / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / peptidoglycan-based cell wall ...trehalose O-mycolyltransferase / trehalose O-mycolyltransferase activity / diacylglycerol O-acyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / glycolipid biosynthetic process / zymogen binding / lipid transport / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / peptidoglycan-based cell wall / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIETHYL PHOSPHONATE / Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C / Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Ronning, D.R. / Klabunde, T. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the secreted form of antigen 85C reveals potential targets for mycobacterial drugs and vaccines.
著者: Ronning, D.R. / Klabunde, T. / Besra, G.S. / Vissa, V.D. / Belisle, J.T. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2000年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ANTIGEN 85-C)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5894
ポリマ－31,2151
非ポリマー3743
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.800, 67.808, 39.765
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ANTIGEN 85-C) / 85C


分子量: 31214.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / 参照: UniProt: P0A4V4, UniProt: P9WQN9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DEP / DIETHYL PHOSPHONATE / ジエトキシホスフィニルラジカル


分子量: 138.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11O3P
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 53 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMsodium citrate1reservoir
20.7 M1reservoirNH4H2PO4
31 mMpHMPS1drop

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.83 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 128115 / % possible obs: 94.4 % / Num. measured all: 27884 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.3 % / Rmerge(I) obs: 0.226

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.83→30 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1887 2675 9.1 %
Rwork0.1684 --
all0.186 --
obs0.1654 26959 91.3 %
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.708 Å20 Å20.548 Å2
2--1.555 Å20 Å2
3----2.263 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2205 0 8 308 2521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004975
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.24843
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3mpd.par
X-RAY DIFFRACTION4dep.par
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.165 / Rfactor Rfree: 0.188 / Rfactor Rwork: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 21.02 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.05
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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