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万見
- PDB-1dd7: MURINE INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE DOMAIN (DELTA 11... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dd7
タイトルMURINE INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE OXYGENASE DOMAIN (DELTA 114) (N-[(1,3-BENZODIOXOL-5-YL)METHYL]-1-[2-(1H-IMIDAZOL-1-YL)PYRIMIDIN-4-YL]-4-(METHOXYCARBONYL)-PIPERAZINE-2-ACETAMIDE COMPLEX
要素INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NITRIC OXIDE / L-ARGININE MONOOXYGENASE / HEME / DIMERIZATION / INHIBITOR / NOS
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Peroxisomal protein import / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / superoxide metabolic process / cortical cytoskeleton / regulation of cytokine production involved in inflammatory response ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / Peroxisomal protein import / prostaglandin secretion / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / superoxide metabolic process / cortical cytoskeleton / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cellular response to cytokine stimulus / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / : / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / L-arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / regulation of insulin secretion / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / circadian rhythm / peroxisome / FMN binding / cellular response to xenobiotic stimulus / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / defense response to bacterium / inflammatory response / negative regulation of gene expression / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / SULFITE ION / Nitric oxide synthase, inducible
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Adler, M. / Whitlow, M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Allosteric inhibitors of inducible nitric oxide synthase dimerization discovered via combinatorial chemistry.
著者: McMillan, K. / Adler, M. / Auld, D.S. / Baldwin, J.J. / Blasko, E. / Browne, L.J. / Chelsky, D. / Davey, D. / Dolle, R.E. / Eagen, K.A. / Erickson, S. / Feldman, R.I. / Glaser, C.B. / ...著者: McMillan, K. / Adler, M. / Auld, D.S. / Baldwin, J.J. / Blasko, E. / Browne, L.J. / Chelsky, D. / Davey, D. / Dolle, R.E. / Eagen, K.A. / Erickson, S. / Feldman, R.I. / Glaser, C.B. / Mallari, C. / Morrissey, M.M. / Ohlmeyer, M.H. / Pan, G. / Parkinson, J.F. / Phillips, G.B. / Polokoff, M.A. / Sigal, N.H. / Vergona, R. / Whitlow, M. / Young, T.A. / Devlin, J.J.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: The Structure of Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain and Inhibitor Complexes
著者: Crane, B.R. / Arvai, A.S. / Gachhui, R. / Wu, C. / Ghosh, D.K. / Getzoff, E.D. / Stuehr, D.J. / Tainer, J.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Characterization of the Inducible Nitric Oxide Synthase Oxygenase Domain Identifies a 49 Amino Acid Segment Required for Subunit Dimerization and Tetrahydrobiopterin Interaction
著者: Ghosh, D.K. / Wu, C. / Pitters, E. / Moloney, M. / Werner, E.R. / Mayer, B. / Stuehr, D.J.
履歴
登録1999年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年7月7日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: refine / struct_site
Item: _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs ..._refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4464
ポリマ－45,2701
非ポリマー1,1763
水3,423190
1
A: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8938
ポリマ－90,5412
非ポリマー2,3526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546x+1/2,-y-1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)63.42, 73.93, 93.64
Angle α, β, γ (deg.)90., 90., 90.
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 INDUCIBLE NITRIC OXIDE SYNTHASE


分子量: 45270.379 Da / 分子数: 1 / 断片: OXYGENASE DOMAIN 114-498 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-1PM / methyl (3S)-3-{2-[(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)amino]-2-oxoethyl}-4-[2-(1H-imidazol-1-yl)pyrimidin-4-yl]piperazine-1-carboxylate


分子量: 479.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N7O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: Crystals of murine delta114 iNOS were prepared in the presence of imidazole following the procedures of Crane et al. (reference 1) as follows: The 6 uL crystallization drops contained 20 ...詳細: Crystals of murine delta114 iNOS were prepared in the presence of imidazole following the procedures of Crane et al. (reference 1) as follows: The 6 uL crystallization drops contained 20 mg/ml murine delta114 iNOS, 20 mM HEPES pH 7.6, 5 % glycerol, 0.5 mM DTT, 6.8 % PEG-3350, 60 mM Na2SO3, and 50 mM imidazole/malate buffer pH 4.7 were placed over a 1 ml reservoir containing 13.6 % PEG-3350, 120 mM Na2SO3, and 100 mM imidazole/malate buffer pH 4.7. These crystals were soaked for 25 hours in 5 uM N-[(1,3-benzodioxol-5-yl)methyl]-1-[2-(1H-imidazol-1-yl)pyrimidin-4-yl]- 4-(methoxycarbonyl)-piperazine-2-acetamide, 14 % PEG-3350, 1 mM NaN3, 50 mM MES pH 6.5 and 50 mM Na2SO3. The crystals were then rinsed in 33 % ethylene glycol, 9.3% PEG-3350, 0.7 mM NaN3, 33 mM MES pH 6.5 and 33 mM Na2SO3, and flash frozen in liquid nitrogen. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 32 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Crane, B.R., (1997) Science, 278, 425.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
220 mMHEPES1drop
350 mMIM/M1drop
42.5 %sat1dropNa2SO3
55 %glycerol1drop
60.5 mMdithiothreitol1drop
78 %PEG MW 40001drop
8100 mMIM/M1reservoir
95 %sat1reservoirNa2SO3
1016 %PEG MW 40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→19.8 Å / Num. all: 70075 / Num. obs: 21034 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Num. unique all: 1420 / % possible all: 89
反射
*PLUS
Num. measured all: 70075

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.25→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: R. A. Engh and R. Huber, Acta Cryst. Sect. A., 1991
詳細: Simulated annealing from 600 degrees K followed by minimization and B factor refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 826 4.1 %Random
Rwork0.197 ---
all-20240 --
obs-20240 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2931 0 87 570 3588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.984
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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