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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1d4k | ||||||
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タイトル | HIV-1 PROTEASE COMPLEXED WITH A MACROCYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITOR | ||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / HIV / PROTEASE / INHIBITOR / ANTIVIRAL | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Tyndall, J.D. / Reid, R.C. / Tyssen, D.P. / Jardine, D.K. / Todd, B. / Passmore, M. / March, D.R. / Pattenden, L.K. / Alewood, D. / Hu, S.H. ...Tyndall, J.D. / Reid, R.C. / Tyssen, D.P. / Jardine, D.K. / Todd, B. / Passmore, M. / March, D.R. / Pattenden, L.K. / Alewood, D. / Hu, S.H. / Alewood, P.F. / Birch, C.J. / Martin, J.L. / Fairlie, D.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Synthesis, stability, antiviral activity, and protease-bound structures of substrate-mimicking constrained macrocyclic inhibitors of HIV-1 protease. 著者: Tyndall, J.D. / Reid, R.C. / Tyssen, D.P. / Jardine, D.K. / Todd, B. / Passmore, M. / March, D.R. / Pattenden, L.K. / Bergman, D.A. / Alewood, D. / Hu, S.H. / Alewood, P.F. / Birch, C.J. / ...著者: Tyndall, J.D. / Reid, R.C. / Tyssen, D.P. / Jardine, D.K. / Todd, B. / Passmore, M. / March, D.R. / Pattenden, L.K. / Bergman, D.A. / Alewood, D. / Hu, S.H. / Alewood, P.F. / Birch, C.J. / Martin, J.L. / Fairlie, D.P. #1: ![]() タイトル: Molecular Recognition of Macrocyclic Peptidomimetic Inhibitors by HIV-1 Protease. 著者: Martin, J.L. / Begun, J. / Schindeler, A. / Wickramasinghe, W.A. / Alewood, D. / Alewood, P.F. / Bergman, D.A. / Brinkworth, R.I. / Abbenante, G. / March, D.R. / Reid, R.C. / Fairlie, D.P. #2: ![]() タイトル: Substrate-Based Cyclic Peptidomimetics Of Phe Ile Val That Inhibit HIV-1 Protease Using a Novel Enzyme Binding Mode 著者: March, D.R. / Abbenante, G. / Bergman, D. / Brinkworth, R.I. / Wickramasinghe, W. / Begun, J. / Martin, J.L. / Fairlie, D.P. #3: ![]() タイトル: Regioselective Structural and Functional Mimicry Of Peptides: Design Of Hydrolytically Stable Cyclic Peptidomimetic Inhibitors Of HIV-1 Protease. 著者: Abbenante, G. / March, D. / Bergman, D. / Hunt, P.A. / Garnham, B. / Dancer, R.J. / Martin, J.L. / Fairlie, D.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10765.687 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, L33I, C67(ABA), C95(ABA) / 由来タイプ: 合成 詳細: SF2 isolate, chemically synthesised protein corresponds to the protease from HIV-1, with 4 mutations per monomer 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PI8 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.88 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: ammonium sulfate. acetate buffer, , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 詳細: inhibitor:protein molar ratio is 10:1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 55326 / Num. obs: 51287 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 8.19 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Num. unique all: 1457 / % possible all: 87.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 15546 / Num. measured all: 51287 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.312 / Rfactor Rwork: 0.288 |