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- PDB-1ct8: CATALYTIC ANTIBODY 7C8 COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ct8
タイトルCATALYTIC ANTIBODY 7C8 COMPLEX
要素
  • 7C8 FAB FRAGMENT; LONG CHAIN
  • 7C8 FAB FRAGMENT; SHORT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / ABZYME TRANSITION STATE ANALOG
機能・相同性
機能・相同性情報


phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding ...phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TAA / Immunoglobulin kappa constant / Ig gamma-1 chain C region secreted form
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gigant, B. / Tsumuraya, T. / Fujii, I. / Knossow, M.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Diverse structural solutions to catalysis in a family of antibodies.
著者: Gigant, B. / Tsumuraya, T. / Fujii, I. / Knossow, M.
履歴
登録1999年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7C8 FAB FRAGMENT; SHORT CHAIN
B: 7C8 FAB FRAGMENT; LONG CHAIN
C: 7C8 FAB FRAGMENT; SHORT CHAIN
D: 7C8 FAB FRAGMENT; LONG CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8028
ポリマ－94,4294
非ポリマー1,3734
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 7C8 FAB FRAGMENT; SHORT CHAIN
D: 7C8 FAB FRAGMENT; LONG CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9014
ポリマ－47,2152
非ポリマー6862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA, PQS
3
A: 7C8 FAB FRAGMENT; SHORT CHAIN
B: 7C8 FAB FRAGMENT; LONG CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9014
ポリマ－47,2152
非ポリマー6862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.558, 65.612, 117.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 7C8 FAB FRAGMENT; SHORT CHAIN


分子量: 23546.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS
#2: 抗体 7C8 FAB FRAGMENT; LONG CHAIN


分子量: 23668.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01868*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TAA / [4-(2,2,2-TRIFLUORO-ACETYLAMINO)-BENZYL]-PHOSPHONIC ACID MONO-[2-(2,2-DICHLORO-1-HYDROXY-ETHYLAMINO)-3-HYDROXY-1-(4-NITRO-PHENYL)-PROPYL] ESTER


分子量: 590.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21Cl2F3N3O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: hanging drop vapor diffusion; seeding used / pH: 4
詳細: 30% (w/V) PEG 8000 200mM Ammonium sulfate, pH 4.0, hanging drop vapor diffusion; seeding used, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 4 / 手法: unknown / 詳細: used macroseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlFab11
2150 mM11NaCl
322-26 %(w/v)PEG100012
40.2 Mammonium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→14.3 Å / Num. all: 40238 / Num. obs: 40238 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.44 % / Biso Wilson estimate: 28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / % possible all: 95.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 98277
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
精密化解像度: 2.2→14.3 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.275 2034 random
Rwork0.211 --
obs-39941 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6642 0 84 195 6921
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.75
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 14.3 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.368 / Rfactor obs: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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