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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aqv | ||||||
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タイトル | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE IN COMPLEX WITH P-BROMOBENZYLGLUTATHIONE | ||||||
要素 | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX / CLASS PI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / glutathione derivative biosynthetic process / hepoxilin biosynthetic process ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / glutathione derivative biosynthetic process / hepoxilin biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / nitric oxide binding / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / JUN kinase binding / Paracetamol ADME / glutathione peroxidase activity / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of MAPK cascade / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / negative regulation of tumor necrosis factor production / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAP kinase activity / central nervous system development / fatty acid binding / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Prade, L. / Huber, R. / Manoharan, T.H. / Fahl, W.E. / Reuter, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1997 タイトル: Structures of class pi glutathione S-transferase from human placenta in complex with substrate, transition-state analogue and inhibitor. 著者: Prade, L. / Huber, R. / Manoharan, T.H. / Fahl, W.E. / Reuter, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aqv.cif.gz | 123 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aqv.ent.gz | 96.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aqv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aqv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.934172, -0.100241, 0.342452), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23246.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: CYTOSOL / 遺伝子: GTP_HUMAN / 器官: PLACENTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09211, glutathione transferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月28日 |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→12.8 Å / Num. obs: 34247 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.67 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 1.939→1.99 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.242 / % possible all: 88 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 91365 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→7 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 7 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→1.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 30
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR3.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.2477 |