[日本語] English
万見
- EMDB-19019: Structure of Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19019
タイトルStructure of Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex
    • 複合体: Transcription elongation factors
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • 複合体: DNA and RNA
      • DNA: x 2種
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードRNA Polymerase II / Pol II / termination / Sen1 / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / negative regulation of flocculation / 5'-3' DNA/RNA helicase activity / transcription termination site sequence-specific DNA binding / Nrd1 complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / mating-type region heterochromatin / sno(s)RNA 3'-end processing / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair ...negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / negative regulation of flocculation / 5'-3' DNA/RNA helicase activity / transcription termination site sequence-specific DNA binding / Nrd1 complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / mating-type region heterochromatin / sno(s)RNA 3'-end processing / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / snRNA processing / RNA polymerase I core binding / regulation of rRNA processing / intracellular mRNA localization / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / DSIF complex / rDNA binding / rDNA heterochromatin / RPB4-RPB7 complex / snRNP binding / U4 snRNA binding / mRNA 3'-end processing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / tRNA processing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / termination of RNA polymerase I transcription / spliceosomal complex assembly / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / RNA polymerase II complex binding / Estrogen-dependent gene expression / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / transcription by RNA polymerase III / positive regulation of translational initiation / Dual incision in TC-NER / U5 snRNA binding / 7-methylguanosine mRNA capping / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / translesion synthesis / U1 snRNA binding / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / transcription by RNA polymerase I / transcription-coupled nucleotide-excision repair / translation initiation factor binding / positive regulation of autophagy / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of autophagy / cell redox homeostasis / replication fork / transcription elongation factor complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / maturation of SSU-rRNA / P-body / DNA-templated transcription initiation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / small-subunit processome / DNA-templated transcription termination / kinetochore / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase / rRNA processing / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / heterochromatin formation / single-stranded DNA binding / ribosome biogenesis / chromatin organization / histone binding / 5'-3' DNA helicase activity
類似検索 - 分子機能
Helicase Sen1, 1B domain / Helicase Sen1, N-terminal / : / SEN1 N terminal / Helicase SEN1 beta-barrel domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain ...Helicase Sen1, 1B domain / Helicase Sen1, N-terminal / : / SEN1 N terminal / Helicase SEN1 beta-barrel domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor 1 / Transcription elongation factor 1 superfamily / Transcription elongation factor Elf1 like / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / DNA2/NAM7-like helicase / : / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5 C-terminal domain / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS)
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 ...DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription elongation factor SPT4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / Transcription elongation factor 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / Helicase SEN1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Rengachari S / Lidscreiber M / Cramer P
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Mechanism of polyadenylation-independent RNA polymerase II termination.
著者: Srinivasan Rengachari / Thomas Hainthaler / Christiane Oberthuer / Michael Lidschreiber / Patrick Cramer /
要旨: The mechanisms underlying the initiation and elongation of RNA polymerase II (Pol II) transcription are well-studied, whereas termination remains poorly understood. Here we analyze the mechanism of ...The mechanisms underlying the initiation and elongation of RNA polymerase II (Pol II) transcription are well-studied, whereas termination remains poorly understood. Here we analyze the mechanism of polyadenylation-independent Pol II termination mediated by the yeast Sen1 helicase. Cryo-electron microscopy structures of two pretermination intermediates show that Sen1 binds to Pol II and uses its adenosine triphosphatase activity to pull on exiting RNA in the 5' direction. This is predicted to push Pol II forward, induce an unstable hypertranslocated state and destabilize the transcription bubble, thereby facilitating termination. This mechanism of transcription termination may be widely used because it is conceptually conserved in the bacterial transcription system.
履歴
登録2023年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19019.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19019.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 378. Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 378. Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 378. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.057380646 - 0.16570999
平均 (標準偏差)-0.00010460943 (±0.0041284454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 377.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_19019_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19019_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19019_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex

全体名称: Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex
要素
  • 複合体: Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex
    • 複合体: Transcription elongation factors
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor 1
      • タンパク質・ペプチド: Helicase SEN1
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT4
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT5
    • 複合体: RNA polymerase II
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
    • 複合体: DNA and RNA
      • DNA: Non-template strand
      • RNA: RNA
      • DNA: Template strand
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex

超分子名称: Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19

+
超分子 #2: Transcription elongation factors

超分子名称: Transcription elongation factors / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13, #15, #18-#19
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: RNA polymerase II

超分子名称: RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #4: DNA and RNA

超分子名称: DNA and RNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14, #16-#17
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 191.821578 KDa
配列文字列: MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG ...文字列:
MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG NTQPTIRKDG LKLVGSWKKD RATGDADEPE LRVLSTEEIL NIFKHISVKD FTSLGFNEVF SRPEWMILTC LP VPPPPVR PSISFNESQR GEDDLTFKLA DILKANISLE TLEHNGAPHH AIEEAESLLQ FHVATYMDND IAGQPQALQK SGR PVKSIR ARLKGKEGRI RGNLMGKRVD FSARTVISGD PNLELDQVGV PKSIAKTLTY PEVVTPYNID RLTQLVRNGP NEHP GAKYV IRDSGDRIDL RYSKRAGDIQ LQYGWKVERH IMDNDPVLFN RQPSLHKMSM MAHRVKVIPY STFRLNLSVT SPYNA DFDG DEMNLHVPQS EETRAELSQL CAVPLQIVSP QSNKPCMGIV QDTLCGIRKL TLRDTFIELD QVLNMLYWVP DWDGVI PTP AIIKPKPLWS GKQILSVAIP NGIHLQRFDE GTTLLSPKDN GMLIIDGQII FGVVEKKTVG SSNGGLIHVV TREKGPQ VC AKLFGNIQKV VNFWLLHNGF STGIGDTIAD GPTMREITET IAEAKKKVLD VTKEAQANLL TAKHGMTLRE SFEDNVVR F LNEARDKAGR LAEVNLKDLN NVKQMVMAGS KGSFINIAQM SACVGQQSVE GKRIAFGFVD RTLPHFSKDD YSPESKGFV ENSYLRGLTP QEFFFHAMGG REGLIDTAVK TAETGYIQRR LVKALEDIMV HYDNTTRNSL GNVIQFIYGE DGMDAAHIEK QSLDTIGGS DAAFEKRYRV DLLNTDHTLD PSLLESGSEI LGDLKLQVLL DEEYKQLVKD RKFLREVFVD GEANWPLPVN I RRIIQNAQ QTFHIDHTKP SDLTIKDIVL GVKDLQENLL VLRGKNEIIQ NAQRDAVTLF CCLLRSRLAT RRVLQEYRLT KQ AFDWVLS NIEAQFLRSV VHPGEMVGVL AAQSIGEPAT QMTLNTFHFA GVASKKVTSG VPRLKEILNV AKNMKTPSLT VYL EPGHAA DQEQAKLIRS AIEHTTLKSV TIASEIYYDP DPRSTVIPED EEIIQLHFSL LDEEAEQSFD QQSPWLLRLE LDRA AMNDK DLTMGQVGER IKQTFKNDLF VIWSEDNDEK LIIRCRVVRP KSLDAETEAE EDHMLKKIEN TMLENITLRG VENIE RVVM MKYDRKVPSP TGEYVKEPEW VLETDGVNLS EVMTVPGIDP TRIYTNSFID IMEVLGIEAG RAALYKEVYN VIASDG SYV NYRHMALLVD VMTTQGGLTS VTRHGFNRSN TGALMRCSFE ETVEILFEAG ASAELDDCRG VSENVILGQM APIGTGA FD VMIDEESLVK YMPEQKITEI EDGQDGGVTP YSNESGLVNA DLDVKDELMF SPLVDSGSND AMAGGFTAYG GADYGEAT S PFGAYGEAPT SPGFGVSSPG FSPTSPTYSP TSPAYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPA YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSY SPTSPNYSPT SPSYSPTSPG YSPGSPAYSP KQDEQKHNEN ENSR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 138.937297 KDa
配列文字列: MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG ...文字列:
MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG RLPIMLRSKN CYLSEATESD LYKLKECPFD MGGYFIINGS EKVLIAQERS AGNIVQVFKK AAPSPISHVA EI RSALEKG SRFISTLQVK LYGREGSSAR TIKATLPYIK QDIPIVIIFR ALGIIPDGEI LEHICYDVND WQMLEMLKPC VED GFVIQD RETALDFIGR RGTALGIKKE KRIQYAKDIL QKEFLPHITQ LEGFESRKAF FLGYMINRLL LCALDRKDQD DRDH FGKKR LDLAGPLLAQ LFKTLFKKLT KDIFRYMQRT VEEAHDFNMK LAINAKTITS GLKYALATGN WGEQKKAMSS RAGVS QVLN RYTYSSTLSH LRRTNTPIGR DGKLAKPRQL HNTHWGLVCP AETPEGQACG LVKNLSLMSC ISVGTDPMPI ITFLSE WGM EPLEDYVPHQ SPDATRVFVN GVWHGVHRNP ARLMETLRTL RRKGDINPEV SMIRDIREKE LKIFTDAGRV YRPLFIV ED DESLGHKELK VRKGHIAKLM ATEYQDIEGG FEDVEEYTWS SLLNEGLVEY IDAEEEESIL IAMQPEDLEP AEANEEND L DVDPAKRIRV SHHATTFTHC EIHPSMILGV AASIIPFPDH NQSPRNTYQS AMGKQAMGVF LTNYNVRMDT MANILYYPQ KPLGTTRAME YLKFRELPAG QNAIVAIACY SGYNQEDSMI MNQSSIDRGL FRSLFFRSYM DQEKKYGMSI TETFEKPQRT NTLRMKHGT YDKLDDDGLI APGVRVSGED VIIGKTTPIS PDEEELGQRT AYHSKRDAST PLRSTENGIV DQVLVTTNQD G LKFVKVRV RTTKIPQIGD KFASRHGQKG TIGITYRRED MPFTAEGIVP DLIINPHAIP SRMTVAHLIE CLLSKVAALS GN EGDASPF TDITVEGISK LLREHGYQSR GFEVMYNGHT GKKLMAQIFF GPTYYQRLRH MVDDKIHARA RGPMQVLTRQ PVE GRSRDG GLRFGEMERD CMIAHGAASF LKERLMEASD AFRVHICGIC GLMTVIAKLN HNQFECKGCD NKIDIYQIHI PYAA KLLFQ ELMAMNITPR LYTDRSRDF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 35.330457 KDa
配列文字列: MSEEGPQVKI REASKDNVDF ILSNVDLAMA NSLRRVMIAE IPTLAIDSVE VETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCE DHCDKCSVVL TLQAFGESES TTNVYSKDLV IVSNLMGRNI GHPIIQDKEG NGVLICKLRK GQELKLTCVA K KGIAKEHA ...文字列:
MSEEGPQVKI REASKDNVDF ILSNVDLAMA NSLRRVMIAE IPTLAIDSVE VETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCE DHCDKCSVVL TLQAFGESES TTNVYSKDLV IVSNLMGRNI GHPIIQDKEG NGVLICKLRK GQELKLTCVA K KGIAKEHA KWGPAAAIEF EYDPWNKLKH TDYWYEQDSA KEWPQSKNCE YEDPPNEGDP FDYKAQADTF YMNVESVGSI PV DQVVVRG IDTLQKKVAS ILLALTQMDQ DKVNFASGDN NTASNMLGSN EDVMMTGAEQ DPYSNASQMG NTGSGGYDNA W

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.451191 KDa
配列文字列: MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK ...文字列:
MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK STGLHPFEVA QLGSLACDTA DEAKTLIPSL NNKISDDELE RILKELSNLE TLY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.117094 KDa
配列文字列: MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY ...文字列:
MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY RLKESQLPRI QRADPVALYL GLKRGEVVKI IRKSETSGRY ASYRICM

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.931834 KDa
配列文字列:
MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTLK EKAIPKDQRA TTPYMTKYE RARILGTRAL QISMNAPVFV DLEGETDPLR IAMKELAEKK IPLVIRRYLP DGSFEDWSVE ELIVDL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 19.081053 KDa
配列文字列:
MFFIKDLSLN ITLHPSFFGP RMKQYLKTKL LEEVEGSCTG KFGYILCVLD YDNIDIQRGR ILPTDGSAEF NVKYRAVVFK PFKGEVVDG TVVSCSQHGF EVQVGPMKVF VTKHLMPQDL TFNAGSNPPS YQSSEDVITI KSRIRVKIEG CISQVSSIHA I GSIKEDYL GAI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 16.525363 KDa
配列文字列:
MSNTLFDDIF QVSEVDPGRY NKVCRIEAAS TTQDQCKLTL DINVELFPVA AQDSLTVTIA SSLNLEDTPA NDSSATRSWR PPQAGDRSL ADDYDYVMYG TAYKFEEVSK DLIAVYYSFG GLLMRLEGNY RNLNNLKQEN AYLLIRR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.308161 KDa
配列文字列:
MTTFRFCRDC NNMLYPREDK ENNRLLFECR TCSYVEEAGS PLVYRHELIT NIGETAGVVQ DIGSDPTLPR SDRECPKCHS RENVFFQSQ QRRKDTSMVL FFVCLSCSHI FTSDQKNKRT QFS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.290732 KDa
配列文字列:
MIVPVRCFSC GKVVGDKWES YLNLLQEDEL DEGTALSRLG LKRYCCRRMI LTHVDLIEKF LRYNPLEKRD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 13.633493 KDa
配列文字列:
MNAPDRFELF LLGEGESKLK IDPDTKAPNA VVITFEKEDH TLGNLIRAEL LNDRKVLFAA YKVEHPFFAR FKLRIQTTEG YDPKDALKN ACNSIINKLG ALKTNFETEW NLQTLAADDA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 7.729969 KDa
配列文字列:
MSREGFQIPT NLDAAAAGTS QARTATLKYI CAECSSKLSL SRTDAVRCKD CGHRILLKAR TKRLVQFEAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #13: Transcription elongation factor 1

分子名称: Transcription elongation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 16.179386 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MGKRKKSTRK PTKRLVQKLD TKFNCLFCNH EKSVSCTLDK KNSIGTLSCK ICGQSFQTRI NSLSQPVDVY SDWFDAVEEV NSGRGSDTD DGDEGSDSDY ESDSEQDAKT QNDGEIDSDE EEVDSDEERI GQVKRGRGAL VDSDDE

UniProtKB: Transcription elongation factor 1

+
分子 #15: Helicase SEN1

分子名称: Helicase SEN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 252.835922 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNSNNPDNNN SNNINNNNKD KDIAPNSDVQ LATVYTKAKS YIPQIEQVYQ GTNPNIQEAK LLGELLQVLA EVPKGTHLFC DPILEPISI FSLTIFSFNE EATATWLKNH FNPILSVCDK CILNFARGKC KMLQHFAIQR HVPHEHVAKF NDIVCQWRVE A VFPILRNI ...文字列:
MNSNNPDNNN SNNINNNNKD KDIAPNSDVQ LATVYTKAKS YIPQIEQVYQ GTNPNIQEAK LLGELLQVLA EVPKGTHLFC DPILEPISI FSLTIFSFNE EATATWLKNH FNPILSVCDK CILNFARGKC KMLQHFAIQR HVPHEHVAKF NDIVCQWRVE A VFPILRNI SVNDNTGINI TNEIETAMYE CLCNPHMLRL NKQLKATFEA IFKFFYDTKH RLLDVTNPLS IKTFISGVIF CW CEGSKEE NEWSRAFLKD LYSRNFHINL SNLTPDIIEE VYIHILFLQN PANWTEIVVS QFWSRLLPVF NLFDKDVFIE YFQ VPKNVE SLKKTFKFPL EPIFKMWYNH LSKSYHDKPL DFLLRGLTMF LNKFGSEFWS KIEPFTFHSI LDIIFNRDSF PIKL IKIQD NPIVEHQTEV YFQLTGSVTD LLSWTLPFYH ALSPSKRIQM VRKVSMAFLR IIANYPSLKS IPKACLMNSA TALLR AVLT IKENERAMLY KNDEFETVLL TKTDSRALLN NPLIQDIIIR SASNPNDFYP GLGAASASVA TSTMMVLAEC IDFDIL LLC HRTFKLYSGK PISEIPISTN VLENVTNKID LRSFHDGPLL AKQLLVSLKN INGLLIVPSN TAVAEAHNAL NQKFLLL ST RLMEKFADIL PGQLSKILAD EDASQGFWSC IFSSDKHLYQ AATNILYNTF DVEGRLEGIL AILNSNLTVN LKNINVML Q RLINCEFYEP CPRAVRVLMD VVSAFVDPIS GVFANFQTLK SQNTEKEFLK FWESCWLFLD TIYKFTLKWA SKYDYSELE NFTKDTLDLS RSLVDSFREF SDILHDQTKN LLLNVLETFK NMLYWLRLSD EVLLESCVRL IISTSDLAHE KHVKVDDSLV EMMAKYASK AKRFSNKLTE QQASEILQKA KIFNKALTEE VATEAENYRK EKELSRLGKV IDLTDSVPAS PSLSPSLSST I ASSSAESR ADYLQRKALS SSITGRPRVA QPKITSFGTF QSSANAKLHR TKPVKPLSKM ELARMQLLNN RVVHPPSAPA FH TKSRGLS NKNDDSSSEE SDNDIESARE LFAIAKAKGK GIQTVDINGK VVKRQTAAEL AKQELEHMRK RLNVDMNPLY EII LQWDYT RNSEYPDDEP IGNYSDVKDF FNSPADYQKV MKPLLLLESW QGLCSSRDRE DYKPFSIIVG NRTAVSDFYD VYAS VAKQV IQDCGISESD LIVMAYLPDF RPDKRLSSDD FKKAQHTCLA KVRTLKNTKG GNVDVTLRIH RNHSFSKFLT LRSEI YCVK VMQMTTIERE YSTLEGLEYY DLVGQILQAK PSPPVNVDAA EIETVKKSYK LNTSQAEAIV NSVSKEGFSL IQGPPG TGK TKTILGIIGY FLSTKNASSS NVIKVPLEKN SSNTEQLLKK QKILICAPSN AAVDEICLRL KSGVYDKQGH QFKPQLV RV GRSDVVNVAI KDLTLEELVD KRIGERNYEI RTDPELERKF NNAVTKRREL RGKLDSESGN PESPMSTEDI SKLQLKIR E LSKIINELGR DRDEMREKNS VNYRNRDLDR RNAQAHILAV SDIICSTLSG SAHDVLATMG IKFDTVIIDE ACQCTELSS IIPLRYGGKR CIMVGDPNQL PPTVLSGAAS NFKYNQSLFV RMEKNSSPYL LDVQYRMHPS ISKFPSSEFY QGRLKDGPGM DILNKRPWH QLEPLAPYKF FDIISGRQEQ NAKTMSYTNM EEIRVAIELV DYLFRKFDNK IDFTGKIGII SPYREQMQKM R KEFARYFG GMINKSIDFN TIDGFQGQEK EIILISCVRA DDTKSSVGFL KDFRRMNVAL TRAKTSIWVL GHQRSLAKSK LW RDLIEDA KDRSCLAYAC SGFLDPRNNR AQSILRKFNV PVPSEQEDDY KLPMEYITQG PDEVKSNKDT KKRRVVDEGE EAD KAVKKK KKEKKKEKKK SKADDKKKNN KKAESPSTSS GTKKKSSIFG GMSVPSAVVP KTFPDVDSNK KAAAVVGKKK NNKH VCFSD DVSFIPRNDE PEIKVTRSLS SVLKEKQLGL KETRTISPPE ISNNEDDDDE DDYTPSISDS SLMKSEANGR NNRVA SHNQ NFSASIYDDP QVSQAKQTQV PAAITKHRSS NSVLSGGSSR ILTASDYGEP NQNGQNGANR TLSQHVGNAN QYSTAP VGT GELHETLPAH PQDSYPAEAE DPYDLNPHPQ PQSSAFKGPG SGPTGTRNSS RRNASSSPFI PKKRKPRS

UniProtKB: Helicase SEN1

+
分子 #18: Transcription elongation factor SPT4

分子名称: Transcription elongation factor SPT4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 11.168772 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSSERACMLC GIVQTTNEFN RDGCPNCQGI FEEAGVSTME CTSPSFEGLV GMCKPTKSWV AKWLSVDHSI AGMYAIKVDG RLPAEVVEL LPHYKPRDGS QVE

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT4

+
分子 #19: Transcription elongation factor SPT5

分子名称: Transcription elongation factor SPT5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 115.797969 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSDNSDTNVS MQDHDQQFAD PVVVPQSTDT KDENTSDKDT VDSGNVTTTE STERAESTSN IPPLDGEEKE AKSEPQQPED NAETAATEQ VSSSNGPATD DAQATLNTDS SEANEIVKKE EGSDERKRPR EEDTKNSDGD TKDEGDNKDE DDDEDDDDDD D DEDDDDEA ...文字列:
MSDNSDTNVS MQDHDQQFAD PVVVPQSTDT KDENTSDKDT VDSGNVTTTE STERAESTSN IPPLDGEEKE AKSEPQQPED NAETAATEQ VSSSNGPATD DAQATLNTDS SEANEIVKKE EGSDERKRPR EEDTKNSDGD TKDEGDNKDE DDDEDDDDDD D DEDDDDEA PTKRRRQERN RFLDIEAEVS DDEDEDEDEE DSELVREGFI THGDDEDDEA SAPGARRDDR LHRQLDQDLN KT SEEDAQR LAKELRERYG RSSSKQYRAA AQDGYVPQRF LLPSVDTATI WGVRCRPGKE KELIRKLLKK KFNLDRAMGK KKL KILSIF QRDNYTGRIY IEAPKQSVIE KFCNGVPDIY ISQKLLIPVQ ELPLLLKPNK SDDVALEEGS YVRIKRGIYK GDLA MVDQI SENNLEVMLK IVPRLDYGKF DEIDPTTQQR KSRRPTFAHR APPQLFNPTM ALRLDQANLY KRDDRHFTYK NEDYI DGYL YKSFRIQHVE TKNIQPTVEE LARFGSKEGA VDLTSVSQSI KKAQAAKVTF QPGDRIEVLN GEQRGSKGIV TRTTKD IAT IKLNGFTTPL EFPISTLRKI FEPGDHVTVI NGEHQGDAGL VLMVEQGQVT FMSTQTSREV TITANNLSKS IDTTATS SE YALHDIVELS AKNVACIIQA GHDIFKVIDE TGKVSTITKG SILSKINTAR ARVSSVDANG NEIKIGDTIV EKVGSRRE G QVLYIQTQQI FVVSKKIVEN AGVFVVNPSN VEAVASKDNM LSNKMDLSKM NPEIISKMGP PSSKTFQQPI QSRGGREVA LGKTVRIRSA GYKGQLGIVK DVNGDKATVE LHSKNKHITI DKHKLTYYNR EGGEGITYDE LVNRRGRVPQ ARMGPSYVSA PRNMATGGI AAGAAATSSG LSGGMTPGWS SFDGGKTPAV NAHGGSGGGG VSSWGGASTW GGQGNGGASA WGGAGGGASA W GGQGTGAT STWGGASAWG NKSSWGGAST WASGGESNGA MSTWGGTGDR SAYGGASTWG GNNNNKSTRD GGASAWGNQD DG NRSAWNN QGNKSNYGGN STWGGH

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT5

+
分子 #14: Non-template strand

分子名称: Non-template strand / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.79341 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC) ...文字列:
(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)

+
分子 #17: Template strand

分子名称: Template strand / タイプ: dna / ID: 17 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 18.009531 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA) (DC) (DT)(DA)(DG)(DT)(DG) ...文字列:
(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA) (DC) (DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)

+
分子 #16: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 16 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 11.28279 KDa
配列文字列:
AGUCGUGCGU CUAAUAACCG GAGAGGGAAC CCACU

+
分子 #20: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 9 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #21: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.02 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95644
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7nkx

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2xzo

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6i59

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8ram:
Structure of Sen1 bound RNA Polymerase II pre-termination complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る