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万見
- PDB-8ran: Structure of Sen1-RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ran
タイトルStructure of Sen1-RNA complex
要素
  • Helicase SEN1
  • RNA
キーワードGENE REGULATION / RNA Polymerase II / Pol II / termination / Sen1
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of flocculation / 5'-3' DNA/RNA helicase activity / transcription termination site sequence-specific DNA binding / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / snRNA processing / mRNA 3'-end processing / tRNA processing / termination of RNA polymerase II transcription ...negative regulation of flocculation / 5'-3' DNA/RNA helicase activity / transcription termination site sequence-specific DNA binding / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / snRNA processing / mRNA 3'-end processing / tRNA processing / termination of RNA polymerase II transcription / termination of RNA polymerase III transcription / transcription-coupled nucleotide-excision repair / cell redox homeostasis / replication fork / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / rRNA processing / 5'-3' DNA helicase activity / hydrolase activity / nuclear body / protein domain specific binding / mRNA binding / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helicase Sen1, 1B domain / Helicase Sen1, N-terminal / : / SEN1 N terminal / Helicase SEN1 beta-barrel domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal ...Helicase Sen1, 1B domain / Helicase Sen1, N-terminal / : / SEN1 N terminal / Helicase SEN1 beta-barrel domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / DNA2/NAM7-like helicase / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Helicase SEN1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Rengachari, S. / Lidscreiber, M. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Mechanism of polyadenylation-independent RNA polymerase II termination.
著者: Srinivasan Rengachari / Thomas Hainthaler / Christiane Oberthuer / Michael Lidschreiber / Patrick Cramer /
要旨: The mechanisms underlying the initiation and elongation of RNA polymerase II (Pol II) transcription are well-studied, whereas termination remains poorly understood. Here we analyze the mechanism of ...The mechanisms underlying the initiation and elongation of RNA polymerase II (Pol II) transcription are well-studied, whereas termination remains poorly understood. Here we analyze the mechanism of polyadenylation-independent Pol II termination mediated by the yeast Sen1 helicase. Cryo-electron microscopy structures of two pretermination intermediates show that Sen1 binds to Pol II and uses its adenosine triphosphatase activity to pull on exiting RNA in the 5' direction. This is predicted to push Pol II forward, induce an unstable hypertranslocated state and destabilize the transcription bubble, thereby facilitating termination. This mechanism of transcription termination may be widely used because it is conceptually conserved in the bacterial transcription system.
履歴
登録2023年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月30日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12025年2月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Helicase SEN1
P: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,1192
ポリマ－264,1192
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Helicase SEN1


分子量: 252835.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEN1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q00416
#2: RNA鎖 RNA


分子量: 11282.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Sen1-RNA complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Termination factor Sen1COMPLEX#11RECOMBINANT
3RNACOMPLEX#21RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
33Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)11709
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
23synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40.02 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95644 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16I59

6i59

16I592PDBexperimental model
22XZO

2xzo

12XZO3PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0015932
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3418056
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.0642310
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.037900
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.002993

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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