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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13844 | |||||||||
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タイトル | Protein community member oxoglutarate dehydrogenase complex E2 core from C. thermophilum | |||||||||
![]() | C. thermophilum Native Community Member Oxoglutarate Dehydrogenase Complex E2 Core | |||||||||
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![]() | Dihydrolipoyl Succinyltransferase / E2 / Oxoglutarate / a-Ketoglutarate / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / tricarboxylic acid cycle / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.38 Å | |||||||||
![]() | Skalidis I / Kyrilis FL / Tueting C / Hamdi F / Kastritis PL | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM and artificial intelligence visualize endogenous protein community members. 著者: Ioannis Skalidis / Fotis L Kyrilis / Christian Tüting / Farzad Hamdi / Grzegorz Chojnowski / Panagiotis L Kastritis / ![]() 要旨: Cellular function is underlined by megadalton assemblies organizing in proximity, forming communities. Metabolons are protein communities involving metabolic pathways such as protein, fatty acid, and ...Cellular function is underlined by megadalton assemblies organizing in proximity, forming communities. Metabolons are protein communities involving metabolic pathways such as protein, fatty acid, and thioesters of coenzyme-A synthesis. Metabolons are highly heterogeneous due to their function, making their analysis particularly challenging. Here, we simultaneously characterize metabolon-embedded architectures of a 60S pre-ribosome, fatty acid synthase, and pyruvate/oxoglutarate dehydrogenase complex E2 cores de novo. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) 3D reconstructions are resolved at 3.84-4.52 Å resolution by collecting <3,000 micrographs of a single cellular fraction. After combining cryo-EM with artificial intelligence-based atomic modeling and de novo sequence identification methods, at this resolution range, polypeptide hydrogen bonding patterns are discernible. Residing molecular components resemble their purified counterparts from other eukaryotes but also exhibit substantial conformational variation with potential functional implications. Our results propose an integrated tool, boosted by machine learning, that opens doors for structural systems biology spearheaded by cryo-EM characterization of native cell extracts. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 87.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 25.4 MB 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1011.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1011.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7q5qMC ![]() 7q5rC ![]() 7q5sC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.1 TB Data #1: Unaligned fractions saved by Falcon 3 EC camera [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | C. thermophilum Native Community Member Oxoglutarate Dehydrogenase Complex E2 Core | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.5678 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: C. thermophilum Native Community Member Signature 1 Ab Initio Map
ファイル | emd_13844_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | C. thermophilum Native Community Member Signature 1 Ab Initio Map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: C. thermophilum Native Community Member Oxoglutarate Dehydrogenase Complex...
ファイル | emd_13844_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | C. thermophilum Native Community Member Oxoglutarate Dehydrogenase Complex E2 Core, Half-Map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: C. thermophilum Native Community Member Oxoglutarate Dehydrogenase Complex...
ファイル | emd_13844_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | C. thermophilum Native Community Member Oxoglutarate Dehydrogenase Complex E2 Core, Half-Map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex
全体 | 名称: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex
超分子 | 名称: Native 24-mer core of Oxoglutarate Dehydrogenase Complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 4 MDa |
-分子 #1: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
分子 | 名称: Dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 45.987004 KDa |
配列 | 文字列: MLYRGLRMAA RAAPKFAVLN THAALRQLPL QFQHVRTYAD KIIKVPQMAE SITEGTLKQW NKAVGDYVEA DEEIATIETD KIDVAVNAP EAGVIKEFFV NEEDTVLVGQ DLVRLEVGGE KPAEAAKEQP KAAAPEPKVE EKKVPEAPAP EPSKTAAPAP A PPKQEAPA ...文字列: MLYRGLRMAA RAAPKFAVLN THAALRQLPL QFQHVRTYAD KIIKVPQMAE SITEGTLKQW NKAVGDYVEA DEEIATIETD KIDVAVNAP EAGVIKEFFV NEEDTVLVGQ DLVRLEVGGE KPAEAAKEQP KAAAPEPKVE EKKVPEAPAP EPSKTAAPAP A PPKQEAPA SPKPASKPAE TPAVTLGNRE ERRVKMNRMR LRIAERLKQS QNTAASLTTF NEVDMSALIE FRNKYKDEVL KK TGVKLGF MSAFSRAVVL AIRDLPVVNA SIEGPNGGDT IVYRDYVDIS VAVATEKGLV TPVVRNAETM DLITIEKTIA ELG KKARDG KLTIEDMAGG TFTISNGGVF GSLMGTPIIN LPQSAVLGLH AIKERPVAVN GKVEIRPMMY LALTYDHRLL DGRE AVQFL VKVKEYIEDP RKMLL UniProtKB: dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 200.0 mM / 構成要素 - 式: NH4CH2COOH / 構成要素 - 名称: Ammonium acetate |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: For plunging, blot force 0 and blotting time of 4 sec were applied.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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温度 | 最低: 77.15 K / 最高: 103.15 K |
アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 14.7 mrad |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 実像数: 2808 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 92000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial models were predicted using AlphaFold v.2.0.1, fitted into reconstructions using COOT and finally refined in real space using COOT and phenix.real_space_refine |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-7q5q: |