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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13542 | |||||||||
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タイトル | HsPepT1 bound to Ala-Phe in the outward facing occluded conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | HsPepT1 / PepT1 / Peptide transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / tripeptide import across plasma membrane / Proton/oligopeptide cotransporters / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / peptide transport / brush border / monoatomic ion transport ...proton-dependent oligopeptide secondary active transmembrane transporter activity / tripeptide import across plasma membrane / Proton/oligopeptide cotransporters / tripeptide transmembrane transporter activity / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / peptide transport / brush border / monoatomic ion transport / protein transport / apical plasma membrane / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Killer M / Wald J | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Structural snapshots of human PepT1 and PepT2 reveal mechanistic insights into substrate and drug transport across epithelial membranes. 著者: Maxime Killer / Jiri Wald / Joanna Pieprzyk / Thomas C Marlovits / Christian Löw / 要旨: The uptake of peptides in mammals plays a crucial role in nutrition and inflammatory diseases. This process is mediated by promiscuous transporters of the solute carrier family 15, which form part of ...The uptake of peptides in mammals plays a crucial role in nutrition and inflammatory diseases. This process is mediated by promiscuous transporters of the solute carrier family 15, which form part of the major facilitator superfamily. Besides the uptake of short peptides, peptide transporter 1 (PepT1) is a highly abundant drug transporter in the intestine and represents a major route for oral drug delivery. PepT2 also allows renal drug reabsorption from ultrafiltration and brain-to-blood efflux of neurotoxic compounds. Here, we present cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of human PepT1 and PepT2 captured in four different states throughout the transport cycle. The structures reveal the architecture of human peptide transporters and provide mechanistic insights into substrate recognition and conformational transitions during transport. This may support future drug design efforts to increase the bioavailability of different drugs in the human body. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13542.map.gz | 93.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13542-v30.xml emd-13542.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13542_fsc.xml | 10.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13542.png | 82.5 KB | ||
マスクデータ | emd_13542_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-13542.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_13542_half_map_1.map.gz emd_13542_half_map_2.map.gz | 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13542 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13542 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13542_validation.pdf.gz | 953 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13542_full_validation.pdf.gz | 952.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13542_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13542_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13542 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13542 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.67 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13542_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13542_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13542_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human PepT1
全体 | 名称: Human PepT1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human PepT1
超分子 | 名称: Human PepT1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: ALA-PHE
超分子 | 名称: ALA-PHE / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Solute carrier family 15 member 1
分子 | 名称: Solute carrier family 15 member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: HsPepT1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 78.872422 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGMSKSHSFF GYPLSIFFIV VNEFCERFSY YGMRAILILY FTNFISWDDN LSTAIYHTFV ALCYLTPILG ALIADSWLGK FKTIVSLSI VYTIGQAVTS VSSINDLTDH NHDGTPDSLP VHVVLSLIGL ALIALGTGGI KPCVSAFGGD QFEEGQEKQR N RFFSIFYL ...文字列: MGMSKSHSFF GYPLSIFFIV VNEFCERFSY YGMRAILILY FTNFISWDDN LSTAIYHTFV ALCYLTPILG ALIADSWLGK FKTIVSLSI VYTIGQAVTS VSSINDLTDH NHDGTPDSLP VHVVLSLIGL ALIALGTGGI KPCVSAFGGD QFEEGQEKQR N RFFSIFYL AINAGSLLST IITPMLRVQQ CGIHSKQACY PLAFGVPAAL MAVALIVFVL GSGMYKKFKP QGNIMGKVAK CI GFAIKNR FRHRSKAFPK REHWLDWAKE KYDERLISQI KMVTRVMFLY IPLPMFWALF DQQGSRWTLQ ATTMSGKIGA LEI QPDQMQ TVNAILIVIM VPIFDAVLYP LIAKCGFNFT SLKKMAVGMV LASMAFVVAA IVQVEIDKTL PVFPKGNEVQ IKVL NIGNN TMNISLPGEM VTLGPMSQTN AFMTFDVNKL TRINISSPGS PVTAVTDDFK QGQRHTLLVW APNHYQVVKD GLNQK PEKG ENGIRFVNTF NELITITMSG KVYANISSYN ASTYQFFPSG IKGFTISSTE IPPQCQPNFN TFYLEFGSAY TYIVQR KND SCPEVKVFED ISANTVNMAL QIPQYFLLTC GEVVFSVTGL EFSYSQAPSN MKSVLQAGWL LTVAVGNIIV LIVAGAG QF SKQWAEYILF AALLLVVCVI FAIMARFYTY INPAEIEAQF DEDEKKNRLE KSNPYFMSGA NSQKQM UniProtKB: Solute carrier family 15 member 1 |
-分子 #2: ALA-PHE
分子 | 名称: ALA-PHE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 236.267 Da |
配列 | 文字列: AF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |