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- EMDB-12029: Cryo-EM structure of the contractile injection system base plate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12029
タイトルCryo-EM structure of the contractile injection system base plate from Anabaena PCC7120
マップデータ
試料
  • 複合体: Base plate and spike complex (C3) of the Anabaena PCC7120 contractile injection system
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
YegP-like superfamily / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain ...YegP-like superfamily / Baseplate protein J-like / Baseplate J-like protein / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Conserved hypothetical protein CHP02241 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
All3325 protein / All3324 protein / All3323 protein / Asl3322 protein / All3321 protein / All3320 protein / All3318 protein / All3317 protein / All3316 protein / All3315 protein / All3314 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) / Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Eisenstein F / Weiss GL / Pilhofer M
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2022
タイトル: Structure of a thylakoid-anchored contractile injection system in multicellular cyanobacteria.
著者: Gregor L Weiss / Fabian Eisenstein / Ann-Katrin Kieninger / Jingwei Xu / Hannah A Minas / Milena Gerber / Miki Feldmüller / Iris Maldener / Karl Forchhammer / Martin Pilhofer /
要旨: Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 ...Contractile injection systems (CISs) mediate cell-cell interactions by phage tail-like structures, using two distinct modes of action: extracellular CISs are released into the medium, while type 6 secretion systems (T6SSs) are attached to the cytoplasmic membrane and function upon cell-cell contact. Here, we characterized a CIS in the multicellular cyanobacterium Anabaena, with features distinct from extracellular CISs and T6SSs. Cryo-electron tomography of focused ion beam-milled cells revealed that CISs were anchored in thylakoid membrane stacks, facing the cell periphery. Single particle cryo-electron microscopy showed that this unique in situ localization was mediated by extensions of tail fibre and baseplate components. On stress, cyanobacteria induced the formation of ghost cells, presenting thylakoid-anchored CISs to the environment. Functional assays suggest that these CISs may mediate ghost cell formation and/or interactions of ghost cells with other organisms. Collectively, these data provide a framework for understanding the evolutionary re-engineering of CISs and potential roles of these CISs in cyanobacterial programmed cell death.
履歴
登録2020年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月23日-
マップ公開2022年2月23日-
更新2022年3月16日-
現状2022年3月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7b5h
  • 表面レベル: 0.0275
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7b5h
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12029.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12029.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0275 / ムービー #1: 0.0275
最小 - 最大-0.048076194 - 0.12496248
平均 (標準偏差)0.00085978355 (±0.006286565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 563.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z563.200563.200563.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0480.1250.001

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12029_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12029_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Base plate and spike complex (C3) of the Anabaena PCC7120 contrac...

全体名称: Base plate and spike complex (C3) of the Anabaena PCC7120 contractile injection system
要素
  • 複合体: Base plate and spike complex (C3) of the Anabaena PCC7120 contractile injection system
    • タンパク質・ペプチド: All3314 protein
    • タンパク質・ペプチド: All3315 protein
    • タンパク質・ペプチド: All3316 protein
    • タンパク質・ペプチド: All3317 protein
    • タンパク質・ペプチド: All3320 protein
    • タンパク質・ペプチド: Asl3322 protein
    • タンパク質・ペプチド: All3318 protein
    • タンパク質・ペプチド: All3321 protein
    • タンパク質・ペプチド: All3323 protein
    • タンパク質・ペプチド: All3324 protein
    • タンパク質・ペプチド: All3325 protein

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超分子 #1: Base plate and spike complex (C3) of the Anabaena PCC7120 contrac...

超分子名称: Base plate and spike complex (C3) of the Anabaena PCC7120 contractile injection system
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

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分子 #1: All3314 protein

分子名称: All3314 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 166.114344 KDa
配列文字列: MTTTITIPNS YPIFTPNQVL TNKDLNRVVT YLDEQNRLTR VYLIGMGIVA GMEVSSIYQP GDVNIVVAPG CGITSEGYII SLAETKLTH YQSGVSVPSA LFAPSEEQTA ASTDQLVELF EQEGNNRLAL KNLPDENAFA RFLADQTLVV VYELQDQQRD S CLLDCDDT ...文字列:
MTTTITIPNS YPIFTPNQVL TNKDLNRVVT YLDEQNRLTR VYLIGMGIVA GMEVSSIYQP GDVNIVVAPG CGITSEGYII SLAETKLTH YQSGVSVPSA LFAPSEEQTA ASTDQLVELF EQEGNNRLAL KNLPDENAFA RFLADQTLVV VYELQDQQRD S CLLDCDDT GKDRNFRLRY FLLPRSVPEK LSAEALLQQG FSREPLPQQW RDFSINDIFQ AQSSFFQNFF PQVRRFGYTL ET PPVIRLS NIVDYDAFLK GYQQVCLQAI DEIDRTFPNL FRLFSPFFSS FNPAPSDFTG LKTLLNQRLS DIVSGSSAEN RRS PISQIE AQYALQYFYD YLSQLVSAFR ELAESAFDLM DDATPDTRRF PKFLMLGLVP LPNQKPEVYA LNSPYRSNFS QSPI YNGNQ LRVKQVRFLY DRLVRLCAAD SFYLLPFYDT PLKITPSKDR AATLSQQAIP YYLNYPQLYQ YWSYDTYRKG RSQSH PAYF YPNNANITPN SDLLHRLDDY SFYRIEGHIG EANATALQRI LDYQQRYNLA FDVITLKIGN LQSFQDINIS GQFDDL NAD FGRIKDTFAK LWQRYEESWS RNVFLYTLKR VFFDKTSLAE IKSDQLFNPI VARASVKEAY EFVKESGDSY RLYLRNA AG IRIARFETVI NFSGLSGDSL TQEQERIIGD LLACLPLGKI TYGVEPESAN NPLSYYLRFS LADELDLPAN RGTADISF I SLNFFTVNFE GNSPIINQPE FQDFETLYSL LRDVPESSIR VNRLELRMGD RLAADTLNYF ELKGLMTAYQ QRLAQIMEL QLFHKFAQNN PGMEHLGGVP KGGTFVLVYV DGRELVRNLL SADRDPTYQA RTEVIKKYAS LPPGSPQELA TSRELLNRED IVVGDFCLP YRFSSKTPTV SYVLTQPRPI VLLDRTTFCA GDETRYEFIL DPTGGTLKGE GSFFADGKYY FQPSRITDDI T SETAITFT YVVESSYDTL SVTVYPLPDA SFQIKTNFCS NENPVTLRAT QPGGNFRAFD SETDISASVI NNQEFNPSAV NL GGATEKV ITLVYTITSD QGCTNELSRD ITIFAVPNAT FQVGQGKTRF CSNDEPVDLI ARVPGGTFQV RDGAEDISAD VIN RLTTPP QFDPSAVNLG VAREKVITLE YSISNQGCSN KFTQELRIFA VPNANFRLST GNRDTFTNND PPVGLIATQL GGTF QAFDG EEDITADVIS PTTPPQFNPS AVNLGDEEEK VITLRYTISN QGCSNNTERR VTIVPPPEVP VRDVEDTSNP DSGDA PTEN PIPHPEVRAV NLLAISNNEV INSTNLDGDR TFNLSDFNPN NQYTFEAMTV PEKVNSVIFT YTKPNGSRQA LTANTA PYR MPDDWQPSIG IHEIQAQAIR EVNGDRLEGA TIKVIIRVID ADTDTSPSRS TNPDNLFTRI QNLFPLNRGE IITKIKL PQ LLAMSTAIFM LIVGWTYSSS KQVGSTPPSV IKPR

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分子 #2: All3315 protein

分子名称: All3315 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 154.377031 KDa
配列文字列: MPEYLSISKQ KPDFPPYLNF QTLRDIGITH LQALSGKIWT DYNLHDPGVT ILEVLCYAIT DLGYRNNLDI ADLLALNPQD GNSRENNFF TPDAVLTCNP VTELDVRKRL IDIPGVRNAW LQKVTSYEPN IYVNFSDKRL QYNPPTAESK TLNPRGLYTV R LDLDQDYR ...文字列:
MPEYLSISKQ KPDFPPYLNF QTLRDIGITH LQALSGKIWT DYNLHDPGVT ILEVLCYAIT DLGYRNNLDI ADLLALNPQD GNSRENNFF TPDAVLTCNP VTELDVRKRL IDIPGVRNAW LQKVTSYEPN IYVNFSDKRL QYNPPTAESK TLNPRGLYTV R LDLDQDYR KNACGQIDRS WGDTLDEVKQ VLCDSRNLCE DFADIVILGE EEIGICADIQ LETNADAEDV LVNIYVRIQQ FL SPRLKFY TLQELLDKGK SPAEIFAGRP SVFDGENRLY KSHGFIDTDE LEALTLPTIL HTSDLYQEIL QVPGVSAIKK LSI ANYING LRQTQGHPWY LQLTDQYRPV LGVKTSKINF FKSELPIGVD EEEVERRYYE QQAAYIKTIR DRDELDIPVP KGSY YDLAD HYSIHHDFPT TYGISEDGLP PTVPALRKAQ ALQLKAYLVF FDQLLASYLA QLSHIRDLFS WEVDVTQPQQ NDYAT RLQE KQRTYFTQKL DFPEIEKIIP DNYLDVLDEA PETYRDRRNR FLDHLLARFS ESFSDYVLLN YQMFATRNNK ATQETE IIH DKAQFLQDYP TLSRDRFRAY NYYDCHAVWD TDNVAGFKKR VLRLLGIDDV RRRHLSHYRV DKDSRNLFLS IDFSSDD LT LTSKQRYATT EQAQADQDKL LLFALHPNFY KRLSYKYYYH YSWEILDTQN QSIVRSDRFF PSTKERAAAL EPLLQSLL T QLSQLDDTAL QNLVITQPTD EDLYSFRLQI PLNSGVITFT GVQRYFSRTE AVDAGVISLR LIQDVQNYRN ITLGQDQGT TPQKFTYYGY GLVDHQGSLL SEYTHHFPTE LERELSLQRW LTHIQANQNQ YKFAIETITN GYVFVINDIT NSQTLLRGIS SYATEYLAW QAASEFAENL RYLNRYLSPA KDHTGQTYSL GITDKTGKLL AVTTTESDRL LTFQRLNALE PFLVIEAATT P TSGYRYRL VDRQETTILQ SIQIYGDETT ARDRFYQDVL GTLFETGVIN PTTTNKEFGF RILSRPRDTN SVAAIHTQTY TS EAERDAA IEHLLLLVRT ARLRISTNSL DSLAYISQIY NPDNQLILQG TQRYTSEDIA WEQGNTLMEL AQDEENFRLI DSD DGVYGW ELTNEGKDEI FAAQYYNSRE ERTAAIAEIQ KYSNDEGFHL LEHILLRPRT KLPDLTAGDG FLPILVTPED VNTE PDDPY LLARTDPYSF WVTIVLPYWP QRFRDIPFRR FVERTLRLEA PAHIALKIAW VNVRQMRDFE LAYRHWLEQL ALESC ENAA CDLTGTLNRL LKILPQLRNV YPKATLHDCE ESSADNNPAI LNQTALGTAN D

+
分子 #3: All3316 protein

分子名称: All3316 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 18.335021 KDa
配列文字列:
MNLRKRNELK SLFKNKSRLS ETYFVELIDS TLNKRDDRFH GIWKPGQTYQ KGDVVYYNHS LWEMQSENEI CAKEEQTPGI STDWKSLLK ELEQKVDKLQ HELETLHQEF TEYQKQMEIR LQLLARFIPI LFIGLGIMFF WLLGQSTVHI LAGTT

+
分子 #4: All3317 protein

分子名称: All3317 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 139.003422 KDa
配列文字列: MSNNRDLPKN PLIRDGVSQR QRQVSALSPA SIGVDERDLA DFLVLVYRLS AKVMYYRAEN QPWSPSDADG NWQNFFEGNT PIQIALISK VSPQVVKDIY SQKLAAFLAE RTVTSLSEVL SIWKTEILTK IQQWYLGIEA YTPLKSVIKG LVKTNLTEPL M RMQSFELG ...文字列:
MSNNRDLPKN PLIRDGVSQR QRQVSALSPA SIGVDERDLA DFLVLVYRLS AKVMYYRAEN QPWSPSDADG NWQNFFEGNT PIQIALISK VSPQVVKDIY SQKLAAFLAE RTVTSLSEVL SIWKTEILTK IQQWYLGIEA YTPLKSVIKG LVKTNLTEPL M RMQSFELG CGNVDEEFYR GFSGVFGLTI DAPLRSDRTP LMGTVKDART ELDTVFQVLL QTYRQIIQQA PNYLKASLSD RQ DHQPFLS LYFAFLEVLQ PARDDLNRLT QRHLDFFYRQ VLLLPDRPAQ ADQVHLLFEL AKSQREYKLT AGTSFKAGKD ATG VDLFYQ LDAETVIHKA QIASLKGLFL DSQERKTAAV PQNLTGLYAS PVANSVDGKG GAFPQEQIVK TWLPFGNEQR DHAR LGVAI ASDVLLLQEG RRVVEFKLSL GGFFPRLPDN QLHQAFVVYL SGEKAWIPAP ILPVGQLATN GQEQTRWDGS NLYLV VELA ADVAPILPYR PDAPIPYDPK ELNLPLQLER PIPVARLELN HQLLVNERSP YHYFRDAQIL DITVQTRVDE VRNLVV QND VSVLNPARPF EPFGFQPQDK ANLYIGSQEV LQKRLIALTI SLELATPKPN NWIEFYAGYD IPANFQPGKV KIQGLRQ KT WYPTTANVTA NLLDTPEISL TSKLANLKLD SFDQSAPVEM FTPQTKTGFL RLQLSGNFLH EQYPRVLAKQ VLAAATNQ T VVVSSNQKRQ AVIGAYYRRP DKSIFAATTY YVNLDDEPII PNEPYLPVVR SLSLKYTAQA GMSDCILFHL HPFGGFAKV NLAVNPPLLP YFNQEGELFI GLQNLDPPTA LPLLFQVAEE TADISLRRQE EYKLQWYYLK DNAWESLGDR IVNDASNGLV TSGIINLGI PADISRNQTT ILDPNFHWLK VTIPARSRTV CEIIGVHTQA ARVTFKDAGN DPNHLGSPLA GGTISKLAVP Q PEVKKIAQ PYTSFGGRVK EQPENFYIRI SERLRHKGRA VAIFDYERLV LEKFPQIYKV RCINHGQFDD AQEQLYELAP GS VTLAVIP DLSQRSTTND LEPKVNINLL QEIEKYLASV SSPWAMIKVV NPQYERIQVD FQVKLKAPYS SNFGYYRREL QQA IVGFLT PWTVDSGADI NFGGKVYRSS ILKFVEEQYY VDYVVNFKMN LNNQQDIREA IAITPRSVIT SVSPKTSNQD HMIE EFIEQ AIVFNNQKLE SGVLGYESLN DLELGE

+
分子 #5: All3320 protein

分子名称: All3320 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 63.636625 KDa
配列文字列: MNDRIIPRNS LYDVATFKLL SDGKDITNDY TVLSITVNQI VNRVPTARII LRDGAAADET FAASEGADLV PGQEVEIAAG YDGSDQKIF QGLIVKHALK VTANGDSMLM LDCRGLATKL TVGRHNRYFV DTKDSDAIAE IIAQHSLSAD VAATQVQHPE I VQYYATDW ...文字列:
MNDRIIPRNS LYDVATFKLL SDGKDITNDY TVLSITVNQI VNRVPTARII LRDGAAADET FAASEGADLV PGQEVEIAAG YDGSDQKIF QGLIVKHALK VTANGDSMLM LDCRGLATKL TVGRHNRYFV DTKDSDAIAE IIAQHSLSAD VAATQVQHPE I VQYYATDW DFILSRAEMN GQIVVAQDEK IKVKAPNTSG APQITLTYGV NLLELEAAMD ARHQYQAVKA TSWNYADQAL VE AEASEPT VNNQGNLSGR QLAQVIDLSA LELRHSGLVA EPELKAWADA QLLKSRLAKI QGRVKTKGYP DAKVDVLIQL AGV GDRFNG LAYVSGIRHE IVGGAWDTHI QMGLPPQWFY QEVDIIDKPA AGLLPGVNGL QIGVVVQLQD DPNGEDRILV KVPI IDAQA EGIWARIATL DAGNNRGSFF RPEVGDEVIL GFLNDDPRDP VVLGMLNSSA KPAPLRATAE NHRKGFFTRS QMQLT FDDD KKIITLQTPG GNKVTISDED KGITLTDQNG NTFAMSDRGI AMNSPKDITL EATGKLTLKA TQDVSIEGLN VNIAAN AQF KAQGNAGAEV SSSAIAVLKG SLVMIN

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分子 #6: Asl3322 protein

分子名称: Asl3322 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 5.226893 KDa
配列文字列:
MPLEIRELVI KASVNEGGQN QGTGGAGDQS AIIAACVEQV LAILQEKSER

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分子 #7: All3318 protein

分子名称: All3318 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 16.764764 KDa
配列文字列:
MDDESNAYLG TGWGFPPTFE KKARSVRLVS AEDDIRESLQ ILLSTNLGER VMQPNYGCNL QDLLFESLSP TVASNIKELV RTAILYYEP RIRLNKLDIQ QGISDRQNPS AVNEADAQGL IQIIVDCTII STNSRFNFVY PFYLQEGSGN

+
分子 #8: All3321 protein

分子名称: All3321 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 27.090568 KDa
配列文字列: MALTKVKLLA YQDKRFENKL GEFELPINPE QFSQSFKVEY NREQAQGSQR NDPEFKFTKP EELKLDFTFD GTGVVPVNNG KPGEFHQDV ADQVRVFLDL VYSMNSETHK PNFLRLIWGD FSFGEKNGFD CLLTDLQINY TLFDQTGKPL RAKLSTTFTS Y VEQNRRVR ...文字列:
MALTKVKLLA YQDKRFENKL GEFELPINPE QFSQSFKVEY NREQAQGSQR NDPEFKFTKP EELKLDFTFD GTGVVPVNNG KPGEFHQDV ADQVRVFLDL VYSMNSETHK PNFLRLIWGD FSFGEKNGFD CLLTDLQINY TLFDQTGKPL RAKLSTTFTS Y VEQNRRVR EEGKQSPDVT HQRKVKAGDT LPLMTHRIYG DPAYYLQIAK VNGLINFRKL ATNTDLRFPP LEKTQS

+
分子 #9: All3323 protein

分子名称: All3323 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 19.204932 KDa
配列文字列:
MIRTYPPVSF FFEVVFQGEN LDKDVVETRF QSVTGLSVDM QTETLKEGGE NRFEHILPVR TKYDPLVLKR GLVNDSQMVK WCMDAILNF DIRPMNLLVR LLHIERSDPN QPPEAIATGG SSTIAPLMTW KVINAWPKKW SVSEFNAEQN SIAVESLELN Y SYFETLK

+
分子 #10: All3324 protein

分子名称: All3324 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 16.459543 KDa
配列文字列:
MAEYPLPKFH FQVDWGGSRL GFTEVSGLDV ETEVIEYREG NLPQYHKLKM PGMQKFSNIT MKRGTFQGDN DFYKWWNTVA LNTIERRDL TISLLNEKHE PVVVWKVNRA WPTKVQSTDL KGDGNEVAIE SIEVAHEGLT IQNG

+
分子 #11: All3325 protein

分子名称: All3325 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576
分子量理論値: 53.23616 KDa
配列文字列: MPSTYKTPGV YIEEISKFPP SIAQVETAIP AFIGYTQIAK VGVENFHTDA DNLILRPVRI TSLLEYEQFF GKAINETTIQ VVIQDTTDS RGNLTERKAS ARITSPSPHN LYYSMQAYFA NGGGPCYIVS VGPMSNTGTI QLEALQNGLA EVAKEDEVTL L VFPESQSL ...文字列:
MPSTYKTPGV YIEEISKFPP SIAQVETAIP AFIGYTQIAK VGVENFHTDA DNLILRPVRI TSLLEYEQFF GKAINETTIQ VVIQDTTDS RGNLTERKAS ARITSPSPHN LYYSMQAYFA NGGGPCYIVS VGPMSNTGTI QLEALQNGLA EVAKEDEVTL L VFPESQSL SDENYAALMS AALEQCANLQ DRFTVMDLKL PATRPIPANA IVGASNAFRD LSLPQDNLKY GACYAPDIET IF NYFYQED AVTIFRSVNG GAEEQDTLTM AGYNPANGGD GIQYALIESA IDQLPLILPP SPLVVGQYAR TDNTRGVWKA PAN VALSSV IKPVLKITNE QQNNLNVHPT GKSINAIRAF TGKGTLIWGA RTLAGNDNEW RYVSVRRFFN MAEESIKKGS EPFV FEPND ANTWTKVKAM IENFLTLQWR AGALAGAKPE QAFYVKIGLN ETMTALDILE GRMIVEIGMA VVRPAEFIIL KFSHK MQES

-
実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 19000 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.9 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 228163
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: related structure
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 36909
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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