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- EMDB-11662: Structure of VP40 matrix layer in EBOV VP40-GP VLPs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11662
タイトルStructure of VP40 matrix layer in EBOV VP40-GP VLPs
マップデータStructure of VP40 matrix layer in EBOV VP40-GP VLPs
試料
  • ウイルス: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP40
生物種Ebola virus - Mayinga (エボラウイルス) / Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å
データ登録者Wan W / Clarke M / Norris M / Kolesnikova L / Koehler A / Bornholdt ZA / Becker S / Saphire EO / Briggs JAG
資金援助European Union, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSIONEuropean Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 748-2014European Union
German Research Foundation (DFG)Sonderforschungsbereich 1021 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Ebola and Marburg virus matrix layers are locally ordered assemblies of VP40 dimers.
著者: William Wan / Mairi Clarke / Michael J Norris / Larissa Kolesnikova / Alexander Koehler / Zachary A Bornholdt / Stephan Becker / Erica Ollmann Saphire / John Ag Briggs /
要旨: Filoviruses such as Ebola and Marburg virus bud from the host membrane as enveloped virions. This process is achieved by the matrix protein VP40. When expressed alone, VP40 induces budding of ...Filoviruses such as Ebola and Marburg virus bud from the host membrane as enveloped virions. This process is achieved by the matrix protein VP40. When expressed alone, VP40 induces budding of filamentous virus-like particles, suggesting that localization to the plasma membrane, oligomerization into a matrix layer, and generation of membrane curvature are intrinsic properties of VP40. There has been no direct information on the structure of VP40 matrix layers within viruses or virus-like particles. We present structures of Ebola and Marburg VP40 matrix layers in intact virus-like particles, and within intact Marburg viruses. VP40 dimers assemble extended chains via C-terminal domain interactions. These chains stack to form 2D matrix lattices below the membrane surface. These lattices form a patchwork assembly across the membrane and suggesting that assembly may begin at multiple points. Our observations define the structure and arrangement of the matrix protein layer that mediates formation of filovirus particles.
履歴
登録2020年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2020年10月14日-
現状2020年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11662.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11662.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of VP40 matrix layer in EBOV VP40-GP VLPs
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.78 Å/pix.
x 192 pix.
= 341.76 Å		1.78 Å/pix.
x 192 pix.
= 341.76 Å		1.78 Å/pix.
x 192 pix.
= 341.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.1891876 - 0.21138175
平均 (標準偏差)0.0010036809 (±0.06802714)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 341.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.781.781.78
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z341.760341.760341.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ161186271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.1890.2110.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976

全体名称: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
要素
  • ウイルス: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP40

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超分子 #1: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976

超分子名称: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 128952 / 生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: VP40

分子名称: VP40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ebola virus - Mayinga (エボラウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRRVILPTAP PEYMEAIYPV RSNSTIARGG NSNTGFLTPE SVNGDTPSNP LRPIADDTID HASHTPGSV SSAFILEAMV NVISGPKVLM KQIPIWLPLG VADQKTYSFD STTAAIMLAS Y TITHFGKA TNPLVRVNRL GPGIPDHPLR LLRIGNQAFL QEFVLPPVQL ...文字列:
MRRVILPTAP PEYMEAIYPV RSNSTIARGG NSNTGFLTPE SVNGDTPSNP LRPIADDTID HASHTPGSV SSAFILEAMV NVISGPKVLM KQIPIWLPLG VADQKTYSFD STTAAIMLAS Y TITHFGKA TNPLVRVNRL GPGIPDHPLR LLRIGNQAFL QEFVLPPVQL PQYFTFDLTA LK LITQPLP AATWTDDTPT GSNGALRPGI SFHPKLRPIL LPNKSGKKGN SADLTSPEKI QAI MTSLQD FKIVPIDPTK NIMGIEVPET LVHKLTGKKV TSKNGQPIIP VLLPKYIGLD PVAP GDLTM VITQDCDTCH SPASLPAVIE K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 2.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AV3 / 使用したサブトモグラム数: 106793
抽出トモグラム数: 55 / 使用した粒子像数: 106793
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND (ver. 4)defocus determination
CTFPHASEFLIPCTF correction
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: TOM, AV3) / 詳細: Constrained Cross Correlation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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