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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11599 | |||||||||
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タイトル | Shotgun EM of Mycobacterial protein complexes during stationary phase stress | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Woodward JD / Kirykowicz AM | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Shotgun EM of mycobacterial protein complexes during stationary phase stress. 著者: Angela M Kirykowicz / Jeremy D Woodward / 要旨: There is little structural information about the protein complexes conferring resistance in to anti-microbial oxygen and nitrogen radicals in the phagolysosome. Here, we expose the model ...There is little structural information about the protein complexes conferring resistance in to anti-microbial oxygen and nitrogen radicals in the phagolysosome. Here, we expose the model Mycobacterium, to simulated oxidative-stress conditions and apply a shotgun EM method for the structural detection of the resulting protein assemblies. We identified: glutamine synthetase I, essential for virulence; bacterioferritin A, critical for iron regulation; aspartyl aminopeptidase M18, a protease; and encapsulin, which produces a cage-like structure to enclose cargo proteins. After further investigation, we found that encapsulin carries dye-decolourising peroxidase, a protein antioxidant, as its primary cargo under the conditions tested. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11599.map.gz | 2.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11599-v30.xml emd-11599.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11599_fsc.xml | 3.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11599.png | 36.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11599 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11599 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11599_validation.pdf.gz | 232.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11599_full_validation.pdf.gz | 231.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11599_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11599_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11599 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11599 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11599.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Glutamine synthetase
全体 | 名称: Glutamine synthetase |
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要素 |
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-超分子 #1: Glutamine synthetase
超分子 | 名称: Glutamine synthetase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: produced by Mycobacterium smegmatis under stationary phase stress |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 610 KDa |
-分子 #1: Glutamine synthetase
分子 | 名称: Glutamine synthetase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamine synthetase |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSSTSALLDL DQFEKLAAAG EITTVICAAP DPYGRLVGKR LTISAFRTLG LDGGGVNASS FIFAVDLEMN PLDLPVSNAA NGWVDIRLVP DLSTLRRVPW EPTAALVICD AYHMDSDEPL AVAPRTILRQ QIDRAAQQGL RFKFASELEF YLSCTPPRQA WDLGYQNLKM ...文字列: MSSTSALLDL DQFEKLAAAG EITTVICAAP DPYGRLVGKR LTISAFRTLG LDGGGVNASS FIFAVDLEMN PLDLPVSNAA NGWVDIRLVP DLSTLRRVPW EPTAALVICD AYHMDSDEPL AVAPRTILRQ QIDRAAQQGL RFKFASELEF YLSCTPPRQA WDLGYQNLKM MSDYRSDYQM IQAARDDWFI ERIRNQMPEF GVPIESSKPE WGLGQQEVTL DYCDTLEMAD RHVLFKYGVK QLAHSADLTV TFMAKPKIDE VGSSCHLHVS MWSTDDDQPL CWCPERRGMS DRFGAFVAGQ LRHAIDMSLM YAPTVNSYKR FKPDQFAGTA IALGMDNRSC AFRLVGNGPS FRVENRIPGA DVNPYYAYAA TIAAGLDGVE ANLPAPDIFD GNAWTREGVA TVPTSLHRSL DLFAESKMAR TAFGDEVFDH LLSSAQGELE AFDSHTVTDW ESRRYYERV |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate | |||||||||
グリッド | モデル: Homemade / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.1 kPa | |||||||||
詳細 | Partially fractionated cell lysate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 181 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |