+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jjk | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the DegP dodecamer with a modulator | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
Function / homology | ![]() peptidase Do / programmed cell death / response to temperature stimulus / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / chaperone-mediated protein folding / serine-type peptidase activity / protein folding / peptidase activity / response to heat / outer membrane-bounded periplasmic space ...peptidase Do / programmed cell death / response to temperature stimulus / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / chaperone-mediated protein folding / serine-type peptidase activity / protein folding / peptidase activity / response to heat / outer membrane-bounded periplasmic space / response to oxidative stress / periplasmic space / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cho, H. / Choi, Y. / Lee, H.H. / Kim, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Over-activation of a nonessential bacterial protease DegP as an antibiotic strategy Authors: Cho, H. / Choi, Y. / Min, K. / Son, J.B. / Park, H. / Lee, H.H. / Kim, S. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 426.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 346.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 557.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 585.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 78.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 105.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6jjlC ![]() 6jjoC ![]() 3otpS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 46104.184 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: S210A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 689.843 Da / Num. of mol.: 12 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 62.12 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 10% PEG3350 and 0.1 M tacsimate pH 3.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.6→50 Å / Num. obs: 37293 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 126.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 2.471 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 270801 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3OTP Resolution: 3.6→35.479 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.05
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 236 Å2 / Biso mean: 136.6854 Å2 / Biso min: 61.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.6→35.479 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
|