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万見
- EMDB-11491: Human mTOR complex 2 with additional density close to the mLST8 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11491
タイトルHuman mTOR complex 2 with additional density close to the mLST8
マップデータ
試料
  • 複合体: human mTOR complex 2
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1
    • タンパク質・ペプチド: Rapamycin-insensitive companion of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Scaiola A / Mangia F / Imseng S / Boehringer D / Ban N / Maier T
資金援助 スイス, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation179323 スイス
Swiss National Science Foundation138262 スイス
Swiss National Science Foundation177084 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: The 3.2-Å resolution structure of human mTORC2.
著者: Alain Scaiola / Francesca Mangia / Stefan Imseng / Daniel Boehringer / Karolin Berneiser / Mitsugu Shimobayashi / Edward Stuttfeld / Michael N Hall / Nenad Ban / Timm Maier /
要旨: The protein kinase mammalian target of rapamycin (mTOR) is the central regulator of cell growth. Aberrant mTOR signaling is linked to cancer, diabetes, and neurological disorders. mTOR exerts its ...The protein kinase mammalian target of rapamycin (mTOR) is the central regulator of cell growth. Aberrant mTOR signaling is linked to cancer, diabetes, and neurological disorders. mTOR exerts its functions in two distinct multiprotein complexes, mTORC1 and mTORC2. Here, we report a 3.2-Å resolution cryo-EM reconstruction of mTORC2. It reveals entangled folds of the defining Rictor and the substrate-binding SIN1 subunits, identifies the carboxyl-terminal domain of Rictor as the source of the rapamycin insensitivity of mTORC2, and resolves mechanisms for mTORC2 regulation by complex destabilization. Two previously uncharacterized small-molecule binding sites are visualized, an inositol hexakisphosphate (InsP6) pocket in mTOR and an mTORC2-specific nucleotide binding site in Rictor, which also forms a zinc finger. Structural and biochemical analyses suggest that InsP6 and nucleotide binding do not control mTORC2 activity directly but rather have roles in folding or ternary interactions. These insights provide a firm basis for studying mTORC2 signaling and for developing mTORC2-specific inhibitors.
履歴
登録2020年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月18日-
マップ公開2020年11月18日-
更新2020年11月18日-
現状2020年11月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.23
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11491.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11491.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 320 pix.
= 430.08 Å		1.34 Å/pix.
x 320 pix.
= 430.08 Å		1.34 Å/pix.
x 320 pix.
= 430.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.344 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.23 / ムービー #1: 0.23
最小 - 最大-0.2988975 - 0.7636555
平均 (標準偏差)0.0026731978 (±0.052141592)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 430.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3441.3441.344
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z430.080430.080430.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2990.7640.003

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11491_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11491_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11491_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human mTOR complex 2

全体名称: human mTOR complex 2
要素
  • 複合体: human mTOR complex 2
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1
    • タンパク質・ペプチド: Rapamycin-insensitive companion of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR

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超分子 #1: human mTOR complex 2

超分子名称: human mTOR complex 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 1.15 MDa

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分子 #1: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1

分子名称: Target of rapamycin complex 2 subunit MAPKAP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: (ACE)AFLDNPTII LAHIRQSHVT SDDTGMCEMV LIDHDVDLEK IHPPSMPGDS GSEIQGSNGE TQGYVYAQS VDITSSWDFG IRRRSNTAQR LERLRKERQN QIKCKNIQWK ERNSKQSAQE L KSLFEKKS LKEKPPISGK QSILSVRLEQ CPLQLNNPFN ...文字列:
(ACE)AFLDNPTII LAHIRQSHVT SDDTGMCEMV LIDHDVDLEK IHPPSMPGDS GSEIQGSNGE TQGYVYAQS VDITSSWDFG IRRRSNTAQR LERLRKERQN QIKCKNIQWK ERNSKQSAQE L KSLFEKKS LKEKPPISGK QSILSVRLEQ CPLQLNNPFN EYSKFDGKGH VGTTATKKID VY LPLHSSQ DRLLPMTVVT MASARVQDLI GLICWQYTSE GREPKLNDNV SAYCLHIAED DGE VDTDFP PLDSNEPIHK FGFSTLALVE KYSSPGLTSK ESLFVRINAA HGFSLIQVDN TKVT MKEIL LKAVKRRKGS QKVSGPQYRL EKQSEPNVAV DLDSTLESQS AWEFCLVREN SSRAD GVFE EDSQIDIATV QDMLSSHHYK SFKVSMIHRL RFTTDVQLGI SGDKVEIDPV TNQKAS TKF WIKQKPISID SDLLCACDLA EEKSPSHAIF KLTYLSNHDY KHLYFESDAA TVNEIVL KV NYILESRAST ARADYFAQKQ RKLNRRTSFS FQKEKKSGQQ

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分子 #2: Rapamycin-insensitive companion of mTOR

分子名称: Rapamycin-insensitive companion of mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAIGRGRSL KNLRVRGRND SGEENVPLDL TREPSDNLRE ILQNVARLQG VSNMRKLGHL NNFTKLLCD IGHSEEKLGF HYEDIIICLR LALLNEAKEV RAAGLRALRY LIQDSSILQK V LKLKVDYL IARCIDIQQS NEVERTQALR LVRKMITVNA SLFPSSVTNS ...文字列:
MAAIGRGRSL KNLRVRGRND SGEENVPLDL TREPSDNLRE ILQNVARLQG VSNMRKLGHL NNFTKLLCD IGHSEEKLGF HYEDIIICLR LALLNEAKEV RAAGLRALRY LIQDSSILQK V LKLKVDYL IARCIDIQQS NEVERTQALR LVRKMITVNA SLFPSSVTNS LIAVGNDGLQ ER DRMVRAC IAIICELALQ NPEVVALRGG LNTILKNVID CQLSRINEAL ITTILHLLNH PKT RQYVRA DVELERILAP YTDFHYRHSP DTAEGQLKED REARFLASKM GIIATFRSWA GIIN LCKPG NSGIQSLIGV LCIPNMEIRR GLLEVLYDIF RLPLPVVTEE FIEALLSVDP GRFQD SWRL SDGFVAAEAK TILPHRARSR PDLMDNYLAL ILSAFIRNGL LEGLVEVITN SDDHIS VRA TILLGELLHM ANTILPHSHS HHLHCLPTLM NMAASFDIPK EKRLRASAAL NCLKRFH EM KKRGPKPYSL HLDHIIQKAI ATHQKRDQYL RVQKDIFILK DTEEALLINL RDSQVLQH K ENLEWNWNLI GTILKWPNVN LRNYKDEQLH RFVRRLLYFY KPSSKLYANL DLDFAKAKQ LTVVGCQFTE FLLESEEDGQ GYLEDLVKDI VQWLNASSGM KPERSLQNNG LLTTLSQHYF LFIGTLSCH PHGVKMLEKC SVFQCLLNLC SLKNQDHLLK LTVSSLDYSR DGLARVILSK I LTAATDAC RLYATKHLRV LLRANVEFFN NWGIELLVTQ LHDKNKTISS EALDILDEAC ED KANLHAL IQMKPALSHL GDKGLLLLLR FLSIPKGFSY LNERGYVAKQ LEKWHREYNS KYV DLIEEQ LNEALTTYRK PVDGDNYVRR SNQRLQRPHV YLPIHLYGQL VHHKTGCHLL EVQN IITEL CRNVRTPDLD KWEEIKKLKA SLWALGNIGS SNWGLNLLQE ENVIPDILKL AKQCE VLSI RGTCVYVLGL IAKTKQGCDI LKCHNWDAVR HSRKHLWPVV PDDVEQLCNE LSSIPS TLS LNSESTSSRH NSESESVPSS MFILEDDRFG SSSTSTFFLD INEDTEPTFY DRSGPIK DK NSFPFFASSK LVKNRILNSL TLPNKKHRSS SDPKGGKLSS ESKTSNRRIR TLTEPSVD F NHSDDFTPIS TVQKTLQLET SFMGNKHIED TGSTPSIGEN DLKFTKNFGT ENHRENTSR ERLVVESSTS SHMKIRSQSF NTDTTTSGIS SMSSSPSRET VGVDATTMDT DCGSMSTVVS TKTIKTSHY LTPQSNHLSL SKSNSVSLVP PGSSHTLPRR AQSLKAPSIA TIKSLADCNF S YTSSRDAF GYATLKRLQQ QRMHPSLSHS EALASPAKDV LFTDTITMKA NSFESRLTPS RF MKALSYA SLDKEDLLSP INQNTLQRSS SVRSMVSSAT YGGSDDYIGL ALPVDINDIF QVK DIPYFQ TKNIPPHDDR GARAFAHDAG GLPSGTGGLV KNSFHLLRQQ MSLTEIMNSI HSDA SLFLE STEDTGLQEH TDDNCLYCVC IEILGFQPSN QLSAICSHSD FQDIPYSDWC EQTIH NPLE VVPSKFSGIS GCSDGVSQEG SASSTKSTEL LLGVKTIPDD TPMCRILLRK EVLRLV INL SSSVSTKCHE TGLLTIKEKY PQTFDDICLY SEVSHLLSHC TFRLPCRRFI QELFQDV QF LQMHEEAEAV LATPPKQPIV DTSAES

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分子 #3: Target of rapamycin complex subunit LST8

分子名称: Target of rapamycin complex subunit LST8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYD LNSNNPNPII SYDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL Q CQRIFQVN APINCVCLHP NQAELIVGDQ SGAIHIWDLK TDHNEQLIPE ...文字列:
MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYD LNSNNPNPII SYDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL Q CQRIFQVN APINCVCLHP NQAELIVGDQ SGAIHIWDLK TDHNEQLIPE PEVSITSAHI DP DASYMAA VNSTGNCYVW NLTGGIGDEV TQLIPKTKIP AHTRYALQCR FSPDSTLLAT CSA DQTCKI WRTSNFSLMT ELSIKSGNPG ESSRGWMWGC AFSGDSQYIV TASSDNLARL WCVE TGEIK REYGGHQKAV VCLAFNDSVL G

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分子 #4: Serine/threonine-protein kinase mTOR

分子名称: Serine/threonine-protein kinase mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLGTGPAAAT TAATTSSNVS VLQQFASGLK SRNEETRAKA AKELQHYVTM ELREMSQEES TRFYDQLNH HIFELVSSSD ANERKGGILA IASLIGVEGG NATRIGRFAN YLRNLLPSND P VVMEMASK AIGRLAMAGD TFTAEYVEFE VKRALEWLGA DRNEGRRHAA ...文字列:
MLGTGPAAAT TAATTSSNVS VLQQFASGLK SRNEETRAKA AKELQHYVTM ELREMSQEES TRFYDQLNH HIFELVSSSD ANERKGGILA IASLIGVEGG NATRIGRFAN YLRNLLPSND P VVMEMASK AIGRLAMAGD TFTAEYVEFE VKRALEWLGA DRNEGRRHAA VLVLRELAIS VP TFFFQQV QPFFDNIFVA VWDPKQAIRE GAVAALRACL ILTTQREPKE MQKPQWYRHT FEE AEKGFD ETLAKEKGMN RDDRIHGALL ILNELVRISS MEGERLREEM EEITQQQLVH DKYC KDLMG FGTKPRHITP FTSFQAVQPQ QSNALVGLLG YSSHQGLMGF GTSPSPAKST LVESR CCRD LMEEKFDQVC QWVLKCRNSK NSLIQMTILN LLPRLAAFRP SAFTDTQYLQ DTMNHV LSC VKKEKERTAA FQALGLLSVA VRSEFKVYLP RVLDIIRAAL PPKDFAHKRQ KAMQVDA TV FTCISMLARA MGPGIQQDIK ELLEPMLAVG LSPALTAVLY DLSRQIPQLK KDIQDGLL K MLSLVLMHKP LRHPGMPKGL AHQLASPGLT TLPEASDVGS ITLALRTLGS FEFEGHSLT QFVRHCADHF LNSEHKEIRM EAARTCSRLL TPSIHLISGH AHVVSQTAVQ VVADVLSKLL VVGITDPDP DIRYCVLASL DERFDAHLAQ AENLQALFVA LNDQVFEIRE LAICTVGRLS S MNPAFVMP FLRKMLIQIL TELEHSGIGR IKEQSARMLG HLVSNAPRLI RPYMEPILKA LI LKLKDPD PDPNPGVINN VLATIGELAQ VSGLEMRKWV DELFIIIMDM LQDSSLLAKR QVA LWTLGQ LVASTGYVVE PYRKYPTLLE VLLNFLKTEQ NQGTRREAIR VLGLLGALDP YKHK VNIGM IDQSRDASAV SLSESKSSQD SSDYSTSEML VNMGNLPLDE FYPAVSMVAL MRIFR DQSL SHHHTMVVQA ITFIFKSLGL KCVQFLPQVM PTFLNVIRVC DGAIREFLFQ QLGMLV SFV KSHIRPYMDE IVTLMREFWV MNTSIQSTII LLIEQIVVAL GGEFKLYLPQ LIPHMLR VF MHDNSPGRIV SIKLLAAIQL FGANLDDYLH LLLPPIVKLF DAPEAPLPSR KAALETVD R LTESLDFTDY ASRIIHPIVR TLDQSPELRS TAMDTLSSLV FQLGKKYQIF IPMVNKVLV RHRINHQRYD VLICRIVKGY TLADEEEDPL IYQHRMLRSG QGDALASGPV ETGPMKKLHV STINLQKAW GAARRVSKDD WLEWLRRLSL ELLKDSSSPS LRSCWALAQA YNPMARDLFN A AFVSCWSE LNEDQQDELI RSIELALTSQ DIAEVTQTLL NLAEFMEHSD KGPLPLRDDN GI VLLGERA AKCRAYAKAL HYKELEFQKG PTPAILESLI SINNKLQQPE AAAGVLEYAM KHF GELEIQ ATWYEKLHEW EDALVAYDKK MDTNKDDPEL MLGRMRCLEA LGEWGQLHQQ CCEK WTLVN DETQAKMARM AAAAAWGLGQ WDSMEEYTCM IPRDTHDGAF YRAVLALHQD LFSLA QQCI DKARDLLDAE LTAMAGESYS RAYGAMVSCH MLSELEEVIQ YKLVPERREI IRQIWW ERL QGCQRIVEDW QKILMVRSLV VSPHEDMRTW LKYASLCGKS GRLALAHKTL VLLLGVD PS RQLDHPLPTV HPQVTYAYMK NMWKSARKID AFQHMQHFVQ TMQQQAQHAI ATEDQQHK Q ELHKLMARCF LKLGEWQLNL QGINESTIPK VLQYYSAATE HDRSWYKAWH AWAVMNFEA VLHYKHQNQA RDEKKKLRHA SGANITNATT AATTAATATT TASTEGSNSE SEAESTENSP TPSPLQKKV TEDLSKTLLM YTVPAVQGFF RSISLSRGNN LQDTLRVLTL WFDYGHWPDV N EALVEGVK AIQIDTWLQV IPQLIARIDT PRPLVGRLIH QLLTDIGRYH PQALIYPLTV AS KSTTTAR HNAANKILKN MCEHSNTLVQ QAMMVSEELI RVAILWHEMW HEGLEEASRL YFG ERNVKG MFEVLEPLHA MMERGPQTLK ETSFNQAYGR DLMEAQEWCR KYMKSGNVKD LTQA WDLYY HVFRRISKQL PQLTSLELQY VSPKLLMCRD LELAVPGTYD PNQPIIRIQS IAPSL QVIT SKQRPRKLTL MGSNGHEFVF LLKGHEDLRQ DERVMQLFGL VNTLLANDPT SLRKNL SIQ RYAVIPLSTN SGLIGWVPHC DTLHALIRDY REKKKILLNI EHRIMLRMAP DYDHLTL MQ KVEVFEHAVN NTAGDDLAKL LWLKSPSSEV WFDRRTNYTR SLAVMSMVGY ILGLGDRH P SNLMLDRLSG KILHIDFGDC FEVAMTREKF PEKIPFRLTR MLTNAMEVTG LDGNYRITC HTVMEVLREH KDSVMAVLEA FVYDPLLNWR LMDTNTKGNK RSRTRTDSYS AGQSVEILDG VELGEPAHK KTGTTVPESI HSFIGDGLVK PEALNKKAIQ IINRVRDKLT GRDFSHDDTL D VPTQVELL IKQATSHENL CQCYIGWCPF W

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.37 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
グリッドモデル: Quantifoil / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 7300
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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