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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11194 | |||||||||
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タイトル | COPII on membranes, outer coat vertex | |||||||||
![]() | COPII on membranes - outer coat vertex | |||||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / SECRETION / TRAFFICKING | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore localization / COPII-coated vesicle cargo loading / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat ...Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore localization / COPII-coated vesicle cargo loading / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / SUMOylation of SUMOylation proteins / mating projection tip / SUMOylation of RNA binding proteins / endoplasmic reticulum organization / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / vacuolar membrane / endoplasmic reticulum exit site / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / ERAD pathway / positive regulation of TORC1 signaling / cell periphery / protein import into nucleus / nuclear envelope / protein transport / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / endoplasmic reticulum 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å | |||||||||
![]() | Zanetti G / Hutchings J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the complete, membrane-assembled COPII coat reveals a complex interaction network. 著者: Joshua Hutchings / Viktoriya G Stancheva / Nick R Brown / Alan C M Cheung / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti / ![]() ![]() 要旨: COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat ...COPII mediates Endoplasmic Reticulum to Golgi trafficking of thousands of cargoes. Five essential proteins assemble into a two-layer architecture, with the inner layer thought to regulate coat assembly and cargo recruitment, and the outer coat forming cages assumed to scaffold membrane curvature. Here we visualise the complete, membrane-assembled COPII coat by cryo-electron tomography and subtomogram averaging, revealing the full network of interactions within and between coat layers. We demonstrate the physiological importance of these interactions using genetic and biochemical approaches. Mutagenesis reveals that the inner coat alone can provide membrane remodelling function, with organisational input from the outer coat. These functional roles for the inner and outer coats significantly move away from the current paradigm, which posits membrane curvature derives primarily from the outer coat. We suggest these interactions collectively contribute to coat organisation and membrane curvature, providing a structural framework to understand regulatory mechanisms of COPII trafficking and secretion. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 84.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 8 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 4.2 MB 4.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | COPII on membranes - outer coat vertex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.66 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11194_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11194_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : COPII coat assembled on lipid bilayer
全体 | 名称: COPII coat assembled on lipid bilayer |
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要素 |
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-超分子 #1: COPII coat assembled on lipid bilayer
超分子 | 名称: COPII coat assembled on lipid bilayer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Protein transport protein SEC31
分子 | 名称: Protein transport protein SEC31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 138.833422 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVKLAEFSRT ATFAWSHDKI PLLVSGTVSG TVDANFSTDS SLELWSLLAA DSEKPIASLQ VDSKFNDLDW SHNNKIIAGA LDNGSLELY STNEANNAIN SMARFSNHSS SVKTVKFNAK QDNVLASGGN NGEIFIWDMN KCTESPSNYT PLTPGQSMSS V DEVISLAW ...文字列: MVKLAEFSRT ATFAWSHDKI PLLVSGTVSG TVDANFSTDS SLELWSLLAA DSEKPIASLQ VDSKFNDLDW SHNNKIIAGA LDNGSLELY STNEANNAIN SMARFSNHSS SVKTVKFNAK QDNVLASGGN NGEIFIWDMN KCTESPSNYT PLTPGQSMSS V DEVISLAW NQSLAHVFAS AGSSNFASIW DLKAKKEVIH LSYTSPNSGI KQQLSVVEWH PKNSTRVATA TGSDNDPSIL IW DLRNANT PLQTLNQGHQ KGILSLDWCH QDEHLLLSSG RDNTVLLWNP ESAEQLSQFP ARGNWCFKTK FAPEAPDLFA CAS FDNKIE VQTLQNLTNT LDEQETETKQ QESETDFWNN VSREESKEKP SVFHLQAPTW YGEPSPAAHW AFGGKLVQIT PDGK GVSIT NPKISGLESN TTLSEALKTK DFKPLINQRL VKVIDDVNEE DWNLLEKLSM DGTEEFLKEA LAFDNDESDA QDDAN NEKE DDGEEFFQQI ETNFQPEGDF SLSGNIEQTI SKNLVSGNIK SAVKNSLEND LLMEAMVIAL DSNNERLKES VKNAYF AKY GSKSSLSRIL YSISKREVDD LVENLDVSQW KFISKAIQNL YPNDIAQRNE MLIKLGDRLK ENGHRQDSLT LYLAAGS LD KVASIWLSEF PDLEDKLKKD NKTIYEAHSE CLTEFIERFT VFSNFINGSS TINNEQLIAK FLEFINLTTS TGNFELAT E FLNSLPSDNE EVKTEKARVL IASGKSLPAQ NPATATTSKA KYTNAKTNKN VPVLPTPGMP STTSIPSMQA PFYGMTPGA SANALPPKPY VPATTTSAPV HTEGKYAPPS QPSMASPFVN KTNSSTRLNS FAPPPNPYAT ATVPATNVST TSIPQNTFAP IQPGMPIMG DYNAQSSSIP SQPPINAVSG QTPHLNRKAN DGWNDLPLKV KEKPSRAKAV SVAPPNILST PTPLNGIPAN A ASTMPPPP LSRAPSSVSM VSPPPLHKNS RVPSLVATSE SPRASISNPY APPQSSQQFP IGTISTANQT SNTAQVASSN PY APPPQQR VATPLSGGVP PAPLPKASNP YAPTATTQPN GSSYPPTGPY TNNHTMTSPP PVFNKPPTGP PPISMKKRSN KLA SIEQNP SQGATYPPTL SSSASPLQPS QPPTLASQVN TSAENVSHEI PADQQPIVDF LKEELARVTP LTPKEYSKQL KDCD KRLKI LFYHLEKQDL LTQPTIDCLH DLVALMKEKK YKEAMVIHAN IATNHAQEGG NWLTGVKRLI GIAEATLN UniProtKB: Protein transport protein SEC31 |
-分子 #2: Protein transport protein SEC13
分子 | 名称: Protein transport protein SEC13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 33.082965 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MVVIANAHNE LIHDAVLDYY GKRLATCSSD KTIKIFEVEG ETHKLIDTLT GHEGPVWRVD WAHPKFGTIL ASCSYDGKVL IWKEENGRW SQIAVHAVHS ASVNSVQWAP HEYGPLLLVA SSDGKVSVVE FKENGTTSPI IIDAHAIGVN SASWAPATIE E DGEHNGTK ...文字列: MVVIANAHNE LIHDAVLDYY GKRLATCSSD KTIKIFEVEG ETHKLIDTLT GHEGPVWRVD WAHPKFGTIL ASCSYDGKVL IWKEENGRW SQIAVHAVHS ASVNSVQWAP HEYGPLLLVA SSDGKVSVVE FKENGTTSPI IIDAHAIGVN SASWAPATIE E DGEHNGTK ESRKFVTGGA DNLVKIWKYN SDAQTYVLES TLEGHSDWVR DVAWSPTVLL RSYLASVSQD RTCIIWTQDN EQ GPWKKTL LKEEKFPDVL WRASWSLSGN VLALSGGDNK VTLWKENLEG KWEPAGEVHQ UniProtKB: Protein transport protein SEC13 |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 424 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 |
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グリッド | 詳細: C-FLAT GRIDS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 3.5 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |