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万見
- EMDB-10912: Cryo-EM structure of T7 bacteriophage DNA translocation gp15-gp16... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10912
タイトルCryo-EM structure of T7 bacteriophage DNA translocation gp15-gp16 core complex intermediate assembly
マップデータt7 tail complex
試料
  • 複合体: gp15-gp16 core complex
    • タンパク質・ペプチド: Internal virion protein gp15
    • タンパク質・ペプチド: Peptidoglycan transglycosylase gp16
キーワードVIRAL COMPLEX / DNA TRANSLOCATION / VIRAL INFECTION / TRANS-GLYCOSYLASE ACTIVITY / CHAPERONE / PERIPLASMIC SPACE COMPLEX / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome ejection through host cell envelope / host cell periplasmic space / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / virion component ...symbiont genome ejection through host cell envelope / host cell periplasmic space / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / virion component / killing of cells of another organism / hydrolase activity / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Internal virion protein Gp16 / Internal virion protein Gp15 / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Internal virion protein gp15 / Peptidoglycan transglycosylase gp16
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Perez-Ruiz M / Pulido-Cid M
資金援助 スペイン, 3件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU 2014-54181 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSEV-2013-0347 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBES-2015-073615 スペイン
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Assisted assembly of bacteriophage T7 core components for genome translocation across the bacterial envelope.
著者: Mar Pérez-Ruiz / Mar Pulido-Cid / Juan Román Luque-Ortega / José María Valpuesta / Ana Cuervo / José L Carrascosa /
要旨: In most bacteriophages, genome transport across bacterial envelopes is carried out by the tail machinery. In viruses of the family, in which the tail is not long enough to traverse the bacterial ...In most bacteriophages, genome transport across bacterial envelopes is carried out by the tail machinery. In viruses of the family, in which the tail is not long enough to traverse the bacterial wall, it has been postulated that viral core proteins assembled inside the viral head are translocated and reassembled into a tube within the periplasm that extends the tail channel. Bacteriophage T7 infects , and despite extensive studies, the precise mechanism by which its genome is translocated remains unknown. Using cryo-electron microscopy, we have resolved the structure of two different assemblies of the T7 DNA translocation complex composed of the core proteins gp15 and gp16. Gp15 alone forms a partially folded hexamer, which is further assembled upon interaction with gp16 into a tubular structure, forming a channel that could allow DNA passage. The structure of the gp15-gp16 complex also shows the location within gp16 of a canonical transglycosylase motif involved in the degradation of the bacterial peptidoglycan layer. This complex docks well in the tail extension structure found in the periplasm of T7-infected bacteria and matches the sixfold symmetry of the phage tail. In such cases, gp15 and gp16 that are initially present in the T7 capsid eightfold-symmetric core would change their oligomeric state upon reassembly in the periplasm. Altogether, these results allow us to propose a model for the assembly of the core translocation complex in the periplasm, which furthers understanding of the molecular mechanism involved in the release of T7 viral DNA into the bacterial cytoplasm.
履歴
登録2020年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月8日-
マップ公開2021年9月8日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yt5
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10912.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈t7 tail complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.047 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.011678981 - 0.15056488
平均 (標準偏差)0.00009248733 (±0.0035224585)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 335.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0471.0471.047
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z335.040335.040335.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0120.1510.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : gp15-gp16 core complex

全体名称: gp15-gp16 core complex
要素
  • 複合体: gp15-gp16 core complex
    • タンパク質・ペプチド: Internal virion protein gp15
    • タンパク質・ペプチド: Peptidoglycan transglycosylase gp16

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超分子 #1: gp15-gp16 core complex

超分子名称: gp15-gp16 core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 1.4 MDa

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分子 #1: Internal virion protein gp15

分子名称: Internal virion protein gp15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 88.377219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDPSSMSKIE SALQAAQPGL SRLRGGAGGM GYRAATTQAE QPRSSLLDTI GRFAKAGAD MYTAKEQRAR DLADERSNEI IRKLTPEQRR EALNNGTLLY QDDPYAMEAL RVKTGRNAAY LVDDDVMQKI K EGVFRTRE ...文字列:
MRGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDPSSMSKIE SALQAAQPGL SRLRGGAGGM GYRAATTQAE QPRSSLLDTI GRFAKAGAD MYTAKEQRAR DLADERSNEI IRKLTPEQRR EALNNGTLLY QDDPYAMEAL RVKTGRNAAY LVDDDVMQKI K EGVFRTRE EMEEYRHSRL QEGAKVYAEQ FGIDPEDVDY QRGFNGDITE RNISLYGAHD NFLSQQAQKG AIMNSRVELN GV LQDPDML RRPDSADFFE KYIDNGLVTG AIPSDAQATQ LISQAFSDAS SRAGGADFLM RVGDKKVTLN GATTTYRELI GEE QWNALM VTAQRSQFET DAKLNEQYRL KINSALNQED PRTAWEMLQG IKAELDKVQP DEQMTPQREW LISAQEQVQN QMNA WTKAQ AKALDDSMKS MNKLDVIDKQ FQKRINGEWV STDFKDMPVN ENTGEFKHSD MVNYANKKLA EIDSMDIPDG AKDAM KLKY LQADSKDGAF RTAIGTMVTD AGQEWSAAVI NGKLPERTPA MDALRRIRNA DPQLIAALYP DQAELFLTMD MMDKQG IDP QVILDADRLT VKRSKEQRFE DDKAFESALN ASKAPEIARM PASLRESARK IYDSVKYRSG NESMAMEQMT KFLKEST YT FTGDDVDGDT VGVIPKNMMQ VNSDPKSWEQ GRDILEEARK GIIASNPWIT NKQLTMYSQG DSIYLMDTTG QVRVRYDK E LLSKVWSENQ KKLEEKAREK ALADVNKRAP IVAATKAREA AAKRVREKRK QTPKFIYGRK E

UniProtKB: Internal virion protein gp15

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分子 #2: Peptidoglycan transglycosylase gp16

分子名称: Peptidoglycan transglycosylase gp16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 146.693094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMMDKYDKNV PSDYDGLFQK AADANGVSYD LLRKVAWTES RFVPTAKSKT GPLGMMQFTK ATAKALGLR VTDGPDDDRL NPELAINAAA KQLAGLVGKF DGDELKAALA YNQGEGRLGN PQLEAYSKGD FASISEEGRN Y MRNLLDVA ...文字列:
MGHHHHHHHH HHSSGHIEGR HMMDKYDKNV PSDYDGLFQK AADANGVSYD LLRKVAWTES RFVPTAKSKT GPLGMMQFTK ATAKALGLR VTDGPDDDRL NPELAINAAA KQLAGLVGKF DGDELKAALA YNQGEGRLGN PQLEAYSKGD FASISEEGRN Y MRNLLDVA KSPMAGQLET FGGITPKGKG IPAEVGLAGI GHKQKVTQEL PESTSFDVKG IEQEATAKPF AKDFWETHGE TL DEYNSRS TFFGFKNAAE AELSNSVAGM AFRAGRLDNG FDVFKDTITP TRWNSHIWTP EELEKIRTEV KNPAYINVVT GGS PENLDD LIKLANENFE NDSRAAEAGL GAKLSAGIIG AGVDPLSYVP MVGVTGKGFK LINKALVVGA ESAALNVASE GLRT SVAGG DADYAGAALG GFVFGAGMSA ISDAVAAGLK RSKPEAEFDN EFIGPMMRLE ARETARNANS ADLSRMNTEN MKFEG EHNG VPYEDLPTER GAVVLHDGSV LSASNPINPK TLKEFSEVDP EKAARGIKLA GFTEIGLKTL GSDDADIRRV AIDLVR SPT GMQSGASGKF GATASDIHER LHGTDQRTYN DLYKAMSDAM KDPEFSTGGA KMSREETRYT IYRRAALAIE RPELQKA LT PSERIVMDII KRHFDTKREL MENPAIFGNT KAVSIFPESR HKGTYVPHVY DRHAKALMIQ RYGAEGLQEG IARSWMNS Y VSRPEVKARV DEMLKELHGV KEVTPEMVEK YAMDKAYGIS HSDQFTNSSI IEENIEGLVG IENNSFLEAR NLFDSDLSI TMPDGQQFSV NDLRDFDMFR IMPAYDRRVN GDIAIMGSTG KTTKELKDEI LALKAKAEGD GKKTGEVHAL MDTVKILTGR ARRNQDTVW ETSLRAINDL GFFAKNAYMG AQNITEIAGM IVTGNVRALG HGIPILRDTL YKSKPVSAKE LKELHASLFG K EVDQLIRP KRADIVQRLR EATDTGPAVA NIVGTLKYST QELAARSPWT KLLNGTTNYL LDAARQGMLG DVISATLTGK TT RWEKEGF LRGASVTPEQ MAGIKSLIKE HMVRGEDGKF TVKDKQAFSM DPRAMDLWRL ADKVADEAML RPHKVSLQDS HAF GALGKM VMQFKSFTIK SLNSKFLRTF YDGYKNNRAI DAALSIITSM GLAGGFYAMA AHVKAYALPK EKRKEYLERA LDPT MIAHA ALSRSSQLGA PLAMVDLVGG VLGFESSKMA RSTILPKDTV KERDPNKPYT SREVMGAMGS NLLEQMPSAG FVANV GATL MNAAGVVNSP NKATEQDFMT GLMNSTKELV PNDPLTQQLV LKIYEANGVN LRERRK

UniProtKB: Peptidoglycan transglycosylase gp16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
100.0 mMTris
100.0 mMNaCitrate
10.0 mMMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5506 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 40.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47619 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 72882
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1sly

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4cfo

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6yt5:
Cryo-EM structure of T7 bacteriophage DNA translocation gp15-gp16 core complex intermediate assembly

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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