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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10592 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Virion of empty GTA particle | ||||||||||||||||||||||||
![]() | virion of empty gene transfer agent (GTA) particle, C5 symmetry, 4-times binned | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | "gene transfer agent" / "virion" / "genome release" / "HK97" / ![]() | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Phage conserved hypothetical protein / Tail completion protein / Protein of unknown function (DUF3168) / ![]() ![]() 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Bardy P / Fuzik T | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of DNA delivery of a gene transfer agent. 著者: Pavol Bárdy / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Roman Pantůček / J Thomas Beatty / Pavel Plevka / ![]() ![]() 要旨: Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the ...Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the mechanism by which GTAs deliver DNA into cells is unknown. Here we present the structure of the GTA of Rhodobacter capsulatus (RcGTA) and describe the conformational changes required for its DNA ejection. The structure of RcGTA resembles that of a tailed phage, but it has an oblate head shortened in the direction of the tail axis, which limits its packaging capacity to less than 4,500 base pairs of linear double-stranded DNA. The tail channel of RcGTA contains a trimer of proteins that possess features of both tape measure proteins of long-tailed phages from the family Siphoviridae and tail needle proteins of short-tailed phages from the family Podoviridae. The opening of a constriction within the RcGTA baseplate enables the ejection of DNA into bacterial periplasm. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 99 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 29.7 KB 29.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.5 KB | ||
その他 | ![]() | 73.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6tuiMC ![]() 6tb9C ![]() 6tbaC ![]() 6te8C ![]() 6te9C ![]() 6teaC ![]() 6tebC ![]() 6tehC ![]() 6to8C ![]() 6toaC ![]() 6tsuC ![]() 6tsvC ![]() 6tswC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | virion of empty gene transfer agent (GTA) particle, C5 symmetry, 4-times binned | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.252 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: virion of empty gene transfer agent (GTA) particle,...
ファイル | emd_10592_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | virion of empty gene transfer agent (GTA) particle, map assembled from symmetrized subparticles | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Rhodobacter capsulatus DE442
+超分子 #1: Rhodobacter capsulatus DE442
+超分子 #2: Capsid
+超分子 #3: Head spike
+超分子 #4: Connector
+超分子 #5: Tail
+分子 #1: Phage major capsid protein, HK97 family
+分子 #2: Uncharacterized protein
+分子 #3: Uncharacterized protein
+分子 #4: Tail tube protein Rcc01691
+分子 #5: Adaptor protein Rcc01688
+分子 #6: Portal protein Rcc01684
+分子 #7: Tail terminator protein Rcc01690
+分子 #8: Stopper protein Rcc01689
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 20 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
詳細: G-buffer, doi: 10.1016/0003-9861(77)90508-2 | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 42.75 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-6tui: |