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- EMDB-10260: Structure the Nap adhesion complex from the human pathogen Mycopl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10260
タイトルStructure the Nap adhesion complex from the human pathogen Mycoplasma genitalium by single particle cryo-EM.
マップデータStructure of the Nap adhesion complex from the human pathogen Mycoplasma genitalium by single particle cryo-EM.
試料
  • 複合体: The Nap adhesin complex from Mycoplasma genitalium by single particle cryo-EM.
生物種Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Scheffer MP / Aparicio D
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationFR1653/6-1 ドイツ
German Research FoundationSFB902 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of the Nap adhesion complex from the human pathogen Mycoplasma genitalium.
著者: David Aparicio / Margot P Scheffer / Marina Marcos-Silva / David Vizarraga / Lasse Sprankel / Mercè Ratera / Miriam S Weber / Anja Seybert / Sergi Torres-Puig / Luis Gonzalez-Gonzalez / ...著者: David Aparicio / Margot P Scheffer / Marina Marcos-Silva / David Vizarraga / Lasse Sprankel / Mercè Ratera / Miriam S Weber / Anja Seybert / Sergi Torres-Puig / Luis Gonzalez-Gonzalez / Julian Reitz / Enrique Querol / Jaume Piñol / Oscar Q Pich / Ignacio Fita / Achilleas S Frangakis /
要旨: Mycoplasma genitalium is a human pathogen adhering to host target epithelial cells and causing urethritis, cervicitis and pelvic inflammatory disease. Essential for infectivity is a transmembrane ...Mycoplasma genitalium is a human pathogen adhering to host target epithelial cells and causing urethritis, cervicitis and pelvic inflammatory disease. Essential for infectivity is a transmembrane adhesion complex called Nap comprising proteins P110 and P140. Here we report the crystal structure of P140 both alone and in complex with the N-terminal domain of P110. By cryo-electron microscopy (cryo-EM) and tomography (cryo-ET) we find closed and open Nap conformations, determined at 9.8 and 15 Å, respectively. Both crystal structures and the cryo-EM structure are found in a closed conformation, where the sialic acid binding site in P110 is occluded. By contrast, the cryo-ET structure shows an open conformation, where the binding site is accessible. Structural information, in combination with functional studies, suggests a mechanism for attachment and release of M. genitalium to and from the host cell receptor, in which Nap conformations alternate to sustain motility and guarantee infectivity.
履歴
登録2019年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月24日-
マップ公開2020年6月24日-
更新2020年6月24日-
現状2020年6月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10260.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the Nap adhesion complex from the human pathogen Mycoplasma genitalium by single particle cryo-EM.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0065 / ムービー #1: 0.0065
最小 - 最大-0.009772225 - 0.01961289
平均 (標準偏差)0.00017136257 (±0.0016804282)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z315.000315.000315.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0100.0200.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The Nap adhesin complex from Mycoplasma genitalium by single part...

全体名称: The Nap adhesin complex from Mycoplasma genitalium by single particle cryo-EM.
要素
  • 複合体: The Nap adhesin complex from Mycoplasma genitalium by single particle cryo-EM.

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超分子 #1: The Nap adhesin complex from Mycoplasma genitalium by single part...

超分子名称: The Nap adhesin complex from Mycoplasma genitalium by single particle cryo-EM.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
組換発現生物種: Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.025 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 160203
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10259

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 5612
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6r41

,

6rut

)
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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