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- EMDB-0831: Structure of the human sterol O-acyltransferase 1 in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0831
タイトルStructure of the human sterol O-acyltransferase 1 in complex with CI-976
マップデータsharpened map from cisTEM
試料
  • 複合体: human sterol O-acyltransferase 1 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Sterol O-acyltransferase 1
  • リガンド: 2,2-dimethyl-N-(2,4,6-trimethoxyphenyl)dodecanamide
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードSOAT / ACAT / MBOAT / MEMBRANE PROTEIN / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / very-low-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux ...sterol O-acyltransferase / sterol O-acyltransferase activity / cholesterol O-acyltransferase activity / cholesterol storage / very-low-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / low-density lipoprotein particle clearance / fatty-acyl-CoA binding / LDL clearance / cholesterol efflux / cholesterol binding / macrophage derived foam cell differentiation / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sterol O-acyltransferase, metazoa / Sterol O-acyltransferase, ACAT/DAG/ARE types / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol O-acyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Chen L / Guan C
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0502004 中国
National Natural Science Foundation of China31622021 中国
National Science Foundation (China)91857000 中国
National Science Foundation (China)31821091 中国
National Natural Science Foundation of China31870833 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural insights into the inhibition mechanism of human sterol O-acyltransferase 1 by a competitive inhibitor.
著者: Chengcheng Guan / Yange Niu / Si-Cong Chen / Yunlu Kang / Jing-Xiang Wu / Koji Nishi / Catherine C Y Chang / Ta-Yuan Chang / Tuoping Luo / Lei Chen /
要旨: Sterol O-acyltransferase 1 (SOAT1) is an endoplasmic reticulum (ER) resident, multi-transmembrane enzyme that belongs to the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) family. It catalyzes the ...Sterol O-acyltransferase 1 (SOAT1) is an endoplasmic reticulum (ER) resident, multi-transmembrane enzyme that belongs to the membrane-bound O-acyltransferase (MBOAT) family. It catalyzes the esterification of cholesterol to generate cholesteryl esters for cholesterol storage. SOAT1 is a target to treat several human diseases. However, its structure and mechanism remain elusive since its discovery. Here, we report the structure of human SOAT1 (hSOAT1) determined by cryo-EM. hSOAT1 is a tetramer consisted of a dimer of dimer. The structure of hSOAT1 dimer at 3.5 Å resolution reveals that a small molecule inhibitor CI-976 binds inside the catalytic chamber and blocks the accessibility of the active site residues H460, N421 and W420. Our results pave the way for future mechanistic study and rational drug design targeting hSOAT1 and other mammalian MBOAT family members.
履歴
登録2019年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月29日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6l47
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0831.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map from cisTEM
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 209. Å		1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 209. Å		1.05 Å/pix.
x 200 pix.
= 209. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.045 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.0 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-8.535679999999999 - 13.942589
平均 (標準偏差)0.015068779 (±0.7130733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0451.0451.045
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z209.000209.000209.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-8.53613.9430.015

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添付データ

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追加マップ: 3.7A postprocesed map from relion

ファイルemd_0831_additional.map
注釈3.7A postprocesed map from relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3.7A postprocesed map from relion

ファイルemd_0831_additional_1.map
注釈3.7A postprocesed map from relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human sterol O-acyltransferase 1 dimer

全体名称: human sterol O-acyltransferase 1 dimer
要素
  • 複合体: human sterol O-acyltransferase 1 dimer
    • タンパク質・ペプチド: Sterol O-acyltransferase 1
  • リガンド: 2,2-dimethyl-N-(2,4,6-trimethoxyphenyl)dodecanamide
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: human sterol O-acyltransferase 1 dimer

超分子名称: human sterol O-acyltransferase 1 dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sterol O-acyltransferase 1

分子名称: Sterol O-acyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: sterol O-acyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.294777 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKEVGSHFDD FVTNLIEKSA SLDNGGCALT TFSVLEGEKN NHRAKDLRAP PEQGKIFIAR RSLLDELLEV DHIRTIYHMF IALLILFIL STLVVDYIDE GRLVLEFSLL SYAFGKFPTV VWTWWIMFLS TFSVPYFLFQ HWATGYSKSS HPLIRSLFHG F LFMIFQIG ...文字列:
MKEVGSHFDD FVTNLIEKSA SLDNGGCALT TFSVLEGEKN NHRAKDLRAP PEQGKIFIAR RSLLDELLEV DHIRTIYHMF IALLILFIL STLVVDYIDE GRLVLEFSLL SYAFGKFPTV VWTWWIMFLS TFSVPYFLFQ HWATGYSKSS HPLIRSLFHG F LFMIFQIG VLGFGPTYVV LAYTLPPASR FIIIFEQIRF VMKAHSFVRE NVPRVLNSAK EKSSTVPIPT VNQYLYFLFA PT LIYRDSY PRNPTVRWGY VAMKFAQVFG CFFYVYYIFE RLCAPLFRNI KQEPFSARVL VLCVFNSILP GVLILFLTFF AFL HCWLNA FAEMLRFGDR MFYKDWWNST SYSNYYRTWN VVVHDWLYYY AYKDFLWFFS KRFKSAAMLA VFAVSAVVHE YALA VCLSF FYPVLFVLFM FFGMAFNFIV NDSRKKPIWN VLMWTSLFLG NGVLLCFYSQ EWYARQHCPL KNPTFLDYVR PRSWT CRYV F

UniProtKB: Sterol O-acyltransferase 1

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分子 #2: 2,2-dimethyl-N-(2,4,6-trimethoxyphenyl)dodecanamide

分子名称: 2,2-dimethyl-N-(2,4,6-trimethoxyphenyl)dodecanamide / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: E5L
分子量理論値: 393.56 Da
Chemical component information

ChemComp-E5L:
2,2-dimethyl-N-(2,4,6-trimethoxyphenyl)dodecanamide / CI-976

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 詳細: cisTEM resolution limiting methods / 使用した粒子像数: 222018
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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