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万見
- EMDB-0174: Cryo-EM structure of archaeal extremophilic internal membrane-con... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0174
タイトルCryo-EM structure of archaeal extremophilic internal membrane-containing Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (HCIV-1) at 3.74 Angstroms resolution.
マップデータCentered map 0 0 0
試料
  • ウイルス: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP7
    • タンパク質・ペプチド: VP9
    • タンパク質・ペプチド: GPS-III molecule located underneath the capsomer close to the icosahedral three-fold axis.
    • タンパク質・ペプチド: GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer NOT sitting on the icosahedral 2-fold axis.
    • タンパク質・ペプチド: (Half) GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer sitting ON the icosahedral 2-fold axis.
    • タンパク質・ペプチド: Peripentonal unknown polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: VP4
キーワードvertical single beta-barrel virus / internal membrane-containing archaeal virus. / VIRUS
機能・相同性VP7 / VP4 / VP9
機能・相同性情報
生物種Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性) / Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Abrescia NG / Santos-Perez I / Charro D / Azkargorta M / Elortza F / Bamford DH / Oksanen HM / Abrescia NGA
資金援助 スペイン, フィンランド, 4件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-64541-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSEV-2016-0644 スペイン
Academy of Finland1306833, 255342,256518,283072 フィンランド
Other governmentBasque Governament PRE_2016_2_0151 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for assembly of vertical single β-barrel viruses.
著者: Isaac Santos-Pérez / Diego Charro / David Gil-Carton / Mikel Azkargorta / Felix Elortza / Dennis H Bamford / Hanna M Oksanen / Nicola G A Abrescia /
要旨: The vertical double β-barrel major capsid protein (MCP) fold, fingerprint of the PRD1-adeno viral lineage, is widespread in many viruses infecting organisms across the three domains of life. The ...The vertical double β-barrel major capsid protein (MCP) fold, fingerprint of the PRD1-adeno viral lineage, is widespread in many viruses infecting organisms across the three domains of life. The discovery of PRD1-like viruses with two MCPs challenged the known assembly principles. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal, halophilic, internal membrane-containing Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (HCIV-1) and Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2) at 3.7 and 3.8 Å resolution, respectively. Our structures reveal proteins located beneath the morphologically distinct two- and three-tower capsomers and homopentameric membrane proteins at the vertices that orchestrate the positioning of pre-formed vertical single β-barrel MCP heterodimers. The cryo-EM based structures together with the proteomics data provide insights into the assembly mechanism of this type of viruses and into those with membrane-less double β-barrel MCPs.
履歴
登録2018年8月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年3月27日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6h9c
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6h9c
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0174.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0174.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Centered map 0 0 0
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
1.4 Å/pix.
x 768 pix.
= 1075.2 Å		1.4 Å/pix.
x 768 pix.
= 1075.2 Å		1.4 Å/pix.
x 768 pix.
= 1075.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.059673354 - 0.13143641
平均 (標準偏差)0.00030218353 (±0.008050988)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-383-383-383
サイズ768768768
Spacing768768768
セルA=B=C: 1075.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z768768768
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1075.2001075.2001075.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-383-383-383
NX/NY/NZ768768768
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-383-383-383
NC/NR/NS768768768
D min/max/mean-0.0600.1310.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0174_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_0174_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: None

ファイルemd_0174_half_map_1.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: None

ファイルemd_0174_half_map_2.map
注釈None
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Haloarcula californiae icosahedral virus 1

全体名称: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP7
    • タンパク質・ペプチド: VP9
    • タンパク質・ペプチド: GPS-III molecule located underneath the capsomer close to the icosahedral three-fold axis.
    • タンパク質・ペプチド: GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer NOT sitting on the icosahedral 2-fold axis.
    • タンパク質・ペプチド: (Half) GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer sitting ON the icosahedral 2-fold axis.
    • タンパク質・ペプチド: Peripentonal unknown polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: VP4

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超分子 #1: Haloarcula californiae icosahedral virus 1

超分子名称: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Haloarcula californiae icosahedral virus - 1 / NCBI-ID: 662475 / 生物種: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 800.0 Å / T番号(三角分割数): 28

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分子 #1: VP7

分子名称: VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
分子量理論値: 19.912832 KDa
配列文字列:
MGNIGNLSAE KQISLYDGQP FISEQDVAAG DPNTPALTIE GPDGYVIAVD AGTPIAPEFR DSNGEKLDPS TRVIVQKCDR QGNPLGDGI IFNDTLGRFN YNKMRTDPDY MRKTAKSLMV DEREIVKVFV DVPDGANGYD AERSRFTLGD DTSDFGKAVE I VDHDDLTE GETQAVKSAS QRSGGA

UniProtKB: VP7

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分子 #2: VP9

分子名称: VP9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
分子量理論値: 16.271062 KDa
配列文字列:
MRDNQDLLVK RLGRLVNVLE SKEFGGTTTV DKDLDVTKNV TRTDEPNEDN TPDYFSTGKD RVLVPDTEEW ERLGFGIVAK TVNVRTTDD VLLAFANPNT NGPTFKIRSN ESPFTIGGDA GIDTAFMWLK KAESAQNDPA VEIIAYR

UniProtKB: VP9

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分子 #3: GPS-III molecule located underneath the capsomer close to the ico...

分子名称: GPS-III molecule located underneath the capsomer close to the icosahedral three-fold axis.
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
分子量理論値: 9.209344 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #4: GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer NOT sitt...

分子名称: GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer NOT sitting on the icosahedral 2-fold axis.
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
分子量理論値: 6.400881 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #5: (Half) GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer s...

分子名称: (Half) GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer sitting ON the icosahedral 2-fold axis.
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
分子量理論値: 3.932839 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #6: Peripentonal unknown polypeptide

分子名称: Peripentonal unknown polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
分子量理論値: 1.549902 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

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分子 #7: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
分子量理論値: 25.995318 KDa
配列文字列: MADQTQEYTL SHTGGLLGSS KVTTASNQTA PQRETAIISF EVPRKFSEIE YVGQRDATRF VPRTTEEITG TANDDTVVQL QANIQPIAG EEDMADQDYP VVVAYNVTQG AQVEIADVNY ATDEVTLATD PADGDTVKLW PIMGDGEVQF RLVNQFGQEE G RVYPWATP ...文字列:
MADQTQEYTL SHTGGLLGSS KVTTASNQTA PQRETAIISF EVPRKFSEIE YVGQRDATRF VPRTTEEITG TANDDTVVQL QANIQPIAG EEDMADQDYP VVVAYNVTQG AQVEIADVNY ATDEVTLATD PADGDTVKLW PIMGDGEVQF RLVNQFGQEE G RVYPWATP LYRWHDFPQL KRGREINLHG SVTWQENETV EVLLDAPQAI TWEDADYPEG QYVSTFEQDV EITL

UniProtKB: VP4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
1.0 MNaClSodium Chloride
70.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
20.0 mMKClPotasium Chloride
1.0 mMCaCl2Calcium Chloride
50.0 mMC4H11NO3Tris-HCl
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細Haloarcula californiae icosahedral virus 1. Taxonomic identifier 1735722 NCBI.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-26 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3218 / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4584
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Associate ENTRY (HHIV-2 at 4.4 Angstroms resolution).
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 3414
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細The HCIV-1 VP7 and VP4 MCPs were manually built aided by beta-barrel core templates derived from the crystal structures of Thermus bacteriophage P23-77 MCPs (PDB ID 3ZN6).
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 89.1
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6h9c:
Cryo-EM structure of archaeal extremophilic internal membrane-containing Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (HCIV-1) at 3.74 Angstroms resolution.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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