[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルLigand screen against Enterococcus faecium VatD
ジャーナル・号・ページTo be published
掲載日2025年1月25日 (構造データの登録日)
著者Asthana, P. / Fraser, J.S.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度1.73 - 2.38 Å
構造データ

PDB-7hzv:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000438614
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.28 Å

PDB-7hzw:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000039994
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.06 Å

PDB-7hzx:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000164888
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.36 Å

PDB-7hzy:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000002977810
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.03 Å

PDB-7hzz:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000001712
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-7i00:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000084843283
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-7i01:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000388593
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.16 Å

PDB-7i02:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000873830
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.38 Å

PDB-7i03:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000027858187
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.16 Å

PDB-7i04:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000002561227
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7i05:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000016889973
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-7i06:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000001389101
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-7i07:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000001683100
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.91 Å

PDB-7i08:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000004976927
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.28 Å

PDB-7i09:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000020269204
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.04 Å

PDB-7i0a:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000004774482
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-7i0b:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000042783023
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-7i0c:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000388332
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-7i0d:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000019074717
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.11 Å

PDB-7i0e:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000164607
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-7i0f:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000056439
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7i0g:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000158650
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-7i0h:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000006490906
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-7i0i:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000001698894
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-7i0j:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000090873
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.99 Å

PDB-7i0k:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000001722141
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.99 Å

PDB-7i0l:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000016697555
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-7i0m:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z1302549938
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-7i0n:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z2440817672
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.26 Å

PDB-7i0o:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z747549372
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-7i0p:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z287010572
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.27 Å

PDB-7i0q:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with PV-006358264279
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-7i0r:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z1263798799
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-7i0s:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z2046612904
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-7i0t:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z4090027317
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-7i0u:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z798857536
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.37 Å

PDB-7i0v:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z1441867474
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.02 Å

PDB-7i0w:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z5440841580
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.09 Å

PDB-7i0x:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z2301759489
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-7i0y:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z790365490
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-7i0z:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z1500734581
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.87 Å

PDB-7i10:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z295930154
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-7i11:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z1152041263
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-7i12:
PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with Z3562614682
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å

化合物

ChemComp-W6G:
N-(1,3,4-thiadiazol-2-yl)benzenesulfonamide

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-W6V:
N-(1,3-thiazol-2-yl)benzamide / N-(2-チアゾリル)ベンズアミド

ChemComp-YTP:
1-(4-hydroxy-3-methylphenyl)ethanone / 3′-メチル-4′-ヒドロキシアセトフェノン

ChemComp-2AK:
7-bromo-5-methyl-1H-indole-2,3-dione

ChemComp-MPB:
4-HYDROXY-BENZOIC ACID METHYL ESTER / メチルパラベン

ChemComp-CLW:
CHLORZOXAZONE / クロルゾキサゾン

ChemComp-DMD:
5,6-DIMETHYLBENZIMIDAZOLE / 5,6-ジメチル-1H-ベンゾイミダゾ-ル

ChemComp-NMI:
3-(1-methyl-1H-indol-3-yl)propanoic acid / 1-メチル-1H-インド-ル-3-プロピオン酸

ChemComp-EVD:
1-benzofuran-2-sulfonamide / ベンゾフラン-2-スルホンアミド

ChemComp-47S:
3-(dimethylamino)benzohydrazide

ChemComp-AX7:
1H-benzimidazol-2-amine / 2-アミノベンゾイミダゾ-ル

ChemComp-7MU:
4-chloranyl-~{N}-methyl-pyridine-2-carboxamide / N-メチル-4-クロロピリジン-2-カルボアミド

ChemComp-W6A:
4-chloro-1H-indole-2-carboxylic acid / 4-クロロ-1H-インド-ル-2-カルボン酸

ChemComp-04R:
[3-(trifluoromethyl)-4,5,6,7-tetrahydro-1H-indazol-1-yl]acetic acid

PDB-1buq:
SOLUTION STRUCTURE OF DELTA-5-3-KETOSTEROID ISOMERASE COMPLEXED WITH THE STEROID 19-NORTESTOSTERONE-HEMISUCCINATE

PDB-1h0m:
Three-dimensional structure of the quorum sensing protein TraR bound to its autoinducer and to its target DNA

ChemComp-80Q:
2-piperidin-4-yloxy-5-(trifluoromethyl)pyridine

ChemComp-4FA:
4-FLUOROPHENETHYL ALCOHOL / 2-(4-フルオロフェニル)エタノ-ル

ChemComp-2AQ:
QUINOLIN-2-AMINE / 2-アミノキノリン

ChemComp-8P7:
2-methyl-1~{H}-benzimidazole / 2-メチル-1H-ベンゾイミダゾ-ル

ChemComp-WL3:
2-(4-fluorophenyl)carbonylbenzoic acid / 2-(4-フルオロベンゾイル)安息香酸

ChemComp-XIY:
2-HYDROXYMETHYL-BENZOIMIDAZOLE / 1H-ベンゾイミダゾ-ル-2-メタノ-ル

ChemComp-EVE:
1H-benzimidazole-2-sulfonamide / 1H-ベンゾイミダゾ-ル-2-スルホンアミド

ChemComp-PF0:
3-hydroxy-2-methylbenzoic acid / 2-メチル-3-ヒドロキシ安息香酸

ChemComp-6OT:
3,5-dichlorobenzene-1-sulfonamide / 3,5-ジクロロベンゼンスルホンアミド

ChemComp-2HQ:
5-chloro-1H-indole-2,3-dione / 5-クロロ-1H-インド-ル-2,3-ジオン

ChemComp-LVF:
2-(5-chloranyl-1H-indol-3-yl)ethanenitrile

PDB-1bvd:
STRUCTURE OF A BILIVERDIN APOMYOGLOBIN COMPLEX (FORM B) AT 98 K

PDB-1bu2:
X-RAY STRUCTURE OF A VIRAL CYCLIN FROM HERPESVIRUS SAIMIRI

PDB-1bve:
HIV-1 PROTEASE-DMP323 COMPLEX IN SOLUTION, NMR, 28 STRUCTURES


PDB 未公開エントリ

PDB-1bur: Unknown entry

PDB-1bvf:
Unknown entry

PDB-1bvg:
HIV-1 PROTEASE-DMP323 COMPLEX IN SOLUTION, NMR MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1bus:
SOLUTION CONFORMATION OF PROTEINASE INHIBITOR IIA FROM BULL SEMINAL PLASMA BY 1H NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND DISTANCE GEOMETRY

PDB-1but:
NMR STRUCTURE OF THE DNA DECAMER D(CATGGCCATG)2, 10 STRUCTURES

PDB-1buu:
ONE HO3+ FORM OF RAT MANNOSE-BINDING PROTEIN A

PDB-1buv:
CRYSTAL STRUCTURE OF THE MT1-MMP-TIMP-2 COMPLEX

PDB-1bvh:
SOLUTION STRUCTURE OF A LOW MOLECULAR WEIGHT PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE

PDB-1bux:
3'-PHOSPHORYLATED NUCLEOTIDES BINDING TO NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE

PDB-1buw:
CRYSTAL STRUCTURE OF S-NITROSO-NITROSYL HUMAN HEMOGLOBIN A

PDB-1buy:
HUMAN ERYTHROPOIETIN, NMR MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1buz:
SOLUTION STRUCTURE OF SPOIIAA, A PHOSPHORYLATABLE COMPONENT OF THE SYSTEM THAT REGULATES TRANSCRIPTION FACTOR SIGMA-F OF BACILLUS SUBTILIS NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

PDB-1bu0:
Unknown entry

PDB-1bu1:
SRC FAMILY KINASE HCK SH3 DOMAIN

由来
  • enterococcus faecium (バクテリア)
キーワードTRANSFERASE / VatD / antibiotic resistance / streptogramin / fragment-based drug discovery

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る