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タイトルPre-incision structures reveal principles of DNA nucleotide excision repair.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 652, Issue 8111, Page 1060-1067, Year 2026
掲載日2026年2月11日
著者Eric C L Li / Jinseok Kim / Sem J Brussee / Kaoru Sugasawa / Martijn S Luijsterburg / Wei Yang /
PubMed 要旨Nucleotide excision repair (NER) removes bulky adducts from genomic DNA and prevents the ultraviolet light-sensitivity disease xeroderma pigmentosum, cancer and premature ageing. After initial lesion ...Nucleotide excision repair (NER) removes bulky adducts from genomic DNA and prevents the ultraviolet light-sensitivity disease xeroderma pigmentosum, cancer and premature ageing. After initial lesion recognition by XPC in global genome repair or by stalled RNA polymerases in transcription-coupled repair, a lesion and surrounding DNA duplex are unwound by TFIIH, which includes the ATPases XPB and XPD, and additional NER factors XPA, XPF, XPG and RPA, to form a DNA bubble comprising around 27 nucleotides. The double strand-single strand (ds-ss) junction-specific endonucleases XPF and XPG cleave DNA on the 5' and 3' sides of the lesion, respectively. Here we report the functional steps and atomic structures of the ATPase-driven and lesion-dependent DNA bubble formation and arrangement of the complete NER factors for dual incision. The unwinding of nearly 30 base pairs of DNA depends mainly on the double strand DNA translocase XPB and the duplex dividers XPA and XPF. XPD binds the lesion strand with XPF at the 5' ds-ss junction. XPF cuts the lesion strand only after XPG binds the 3' ds-ss junction. The ERCC1 subunit of XPF facilitates DNA strand separation and recruitment of RPA to the non-lesion strand. These findings provide insights on the causes of human diseases and potential targets for enhancing chemotherapeutic efficacy.
リンクNature / PubMed:41673165 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 5.7 Å
構造データ

71512

9pcp

EMDB-71512, PDB-9pcp:
NER dual incision complex - NoG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

71524

9pd3

EMDB-71524, PDB-9pd3:
NER dual incision complex - DuIS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

71525

9pd4

EMDB-71525, PDB-9pd4:
NER dual incision complex - DuIM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

71526

9pd5

EMDB-71526, PDB-9pd5:
NER dual incision complex - NoF
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

72341

9xyu

EMDB-72341, PDB-9xyu:
NER complex - C7CAD.ATP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-72342: NER dual incision complex - noG focused Core7 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-75693: NER dual incision complex - NoG consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.24 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA binding protein/DNA / NER / XPA / XPG / XPF / DNA binding protein / DNA binding protein-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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