[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural basis of RECQL5-induced RNA polymerase II transcription braking and subsequent reactivation.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 9, Page 1731-1740, Year 2025
掲載日2025年7月7日
著者Luojia Zhang / Yuliya Gordiyenko / Tomos Morgan / Catarina Franco / Ana Tufegdžić Vidaković / Suyang Zhang /
PubMed 要旨Abnormally fast transcription elongation can lead to detrimental consequences such as transcription-replication collisions, altered alternative splicing patterns and genome instability. Therefore, ...Abnormally fast transcription elongation can lead to detrimental consequences such as transcription-replication collisions, altered alternative splicing patterns and genome instability. Therefore, elongating RNA polymerase II (Pol II) requires mechanisms to slow its progression, yet the molecular basis of transcription braking remains unclear. RECQL5 is a DNA helicase that functions as a general elongation factor by slowing down Pol II. Here we report cryo-electron microscopy structures of human RECQL5 bound to multiple transcription elongation complexes. Combined with biochemical analysis, we identify an α-helix of RECQL5 responsible for binding Pol II and slowdown of transcription elongation. We further reveal that the transcription-coupled DNA repair (TCR) complex allows Pol II to overcome RECQL5-induced transcription braking through concerted actions of its translocase activity and competition with RECQL5 for engaging Pol II. Additionally, RECQL5 inhibits TCR-mediated Pol II ubiquitination to prevent activation of the DNA repair pathway. Our results suggest a model in which RECQL5 and the TCR complex coordinately regulate transcription elongation rates to ensure transcription efficiency while maintaining genome stability.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:40624163 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.0 - 3.5 Å
構造データ

52440

9hvo

EMDB-52440, PDB-9hvo:
Structure of the transcribing Pol II-RECQL5 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-52441: Focused refined map of SPT6-Pol II stalk in the EC-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-52442: Focused refined map of PAF complex in the EC-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

52443

9hvq

EMDB-52443: Overall map of the EC-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex
PDB-9hvq: Structure of the transcribing Pol II-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

52449

9hwg

EMDB-52449, PDB-9hwg:
Structure of the transcribing Pol II-TCR-RECQL5 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • sus scrofa domesticus (ブタ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードTRANSCRIPTION / transcription elongation / DNA helicase / transcription-coupled repair / RNA polymerase II

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る