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- PDB-9hvo: Structure of the transcribing Pol II-RECQL5 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9hvo
タイトルStructure of the transcribing Pol II-RECQL5 complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 3
  • (RNA polymerase ...) x 2
  • ATP-dependent DNA helicase Q5
  • Nontemplate DNA
  • RNA
  • Template DNA
キーワードTRANSCRIPTION / transcription elongation / DNA helicase / transcription-coupled repair / RNA polymerase II
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing ...mitotic DNA-templated DNA replication / chromosome separation / cellular response to camptothecin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / nuclear lumen / transcription preinitiation complex / DNA 3'-5' helicase / DNA metabolic process / 3'-5' DNA helicase activity / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase III / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / isomerase activity / replication fork / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / helicase activity / DNA-directed RNA polymerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / : / ribonucleoside binding / fibrillar center / DNA-directed RNA polymerase / cellular response to xenobiotic stimulus / mitotic cell cycle / chromosome / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / forked DNA-dependent helicase activity / four-way junction helicase activity / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / DNA replication / protein dimerization activity / cell division / DNA repair / nucleotide binding / DNA-templated transcription / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RecQ helicase-like 5 / RecQ helicase protein-like 5 (RecQ5) / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like ...RecQ helicase-like 5 / RecQ helicase protein-like 5 (RecQ5) / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / ATP-dependent DNA helicase Q5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa domesticus (ブタ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhang, L. / Zhang, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/30 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis of RECQL5-induced RNA polymerase II transcription braking and subsequent reactivation.
著者: Luojia Zhang / Yuliya Gordiyenko / Tomos Morgan / Catarina Franco / Ana Tufegdžić Vidaković / Suyang Zhang /
要旨: Abnormally fast transcription elongation can lead to detrimental consequences such as transcription-replication collisions, altered alternative splicing patterns and genome instability. Therefore, ...Abnormally fast transcription elongation can lead to detrimental consequences such as transcription-replication collisions, altered alternative splicing patterns and genome instability. Therefore, elongating RNA polymerase II (Pol II) requires mechanisms to slow its progression, yet the molecular basis of transcription braking remains unclear. RECQL5 is a DNA helicase that functions as a general elongation factor by slowing down Pol II. Here we report cryo-electron microscopy structures of human RECQL5 bound to multiple transcription elongation complexes. Combined with biochemical analysis, we identify an α-helix of RECQL5 responsible for binding Pol II and slowdown of transcription elongation. We further reveal that the transcription-coupled DNA repair (TCR) complex allows Pol II to overcome RECQL5-induced transcription braking through concerted actions of its translocase activity and competition with RECQL5 for engaging Pol II. Additionally, RECQL5 inhibits TCR-mediated Pol II ubiquitination to prevent activation of the DNA repair pathway. Our results suggest a model in which RECQL5 and the TCR complex coordinately regulate transcription elongation rates to ensure transcription efficiency while maintaining genome stability.
履歴
登録2024年12月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
D: RNA polymerase II subunit D
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
G: DNA-directed RNA polymerase subunit
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
L: RNA polymerase II, I and III subunit K
N: Nontemplate DNA
P: RNA
T: Template DNA
O: ATP-dependent DNA helicase Q5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)661,41625
ポリマ－660,86816
非ポリマー5489
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, stable by gel filtration and pulldown
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCEGIK

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1DPV6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0B8RVL1, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II subunit C


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: P60899
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: F1RKE4

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RNA polymerase ... , 2種, 2分子 DL

#4: タンパク質 RNA polymerase II subunit D


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VM56
#12: タンパク質 RNA polymerase II, I and III subunit K


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 FHJ

#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit F / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCB2
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa domesticus (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#13: DNA鎖 Nontemplate DNA


分子量: 14932.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 Template DNA


分子量: 14672.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 PO

#14: RNA鎖 RNA


分子量: 4853.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase Q5 / DNA 3'-5' helicase RecQ5 / DNA helicase / RecQ-like type 5 / RecQ5 / RecQ protein-like 5


分子量: 109024.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RECQL5, RECQ5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O94762, DNA 3'-5' helicase

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非ポリマー , 2種, 9分子

#17: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#18: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EC-RECQL5 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13, #16, #14-#15 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 42.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8602

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66771 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00434714
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47747253
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.9215335
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0425274
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045837

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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