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Structure paper

タイトルCrystallographic Fragment Screening of an Entire Library
ジャーナル・号・ページTo Be Published
掲載日2015年2月10日 (構造データの登録日)
著者Heine, A. / Knoerlein, A. / Schiebel, J. / Klebe, G.
リンクPubMedで検索
手法X線回折
解像度0.99 - 1.754 Å
構造データ

PDB-4y35:
Endothiapepsin in complex with fragment 290
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.457 Å

PDB-4y36:
Endothiapepsin in complex with fragment 4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-4y37:
Endothiapepsin in complex with fragement 305
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.69 Å

PDB-4y39:
Endothiapepsin in complex with fragment 75
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.2 Å

PDB-4y3e:
Endothiapepsin in complex with fragment 5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-4y3f:
Endothiapepsin in complex with fragment 78
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-4y3g:
Endothiapepsin in complex with fragment 285
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.13 Å

PDB-4y3m:
Endothiapepsin in complex with fragment 103
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-4y3n:
Endothiapepsin in complex with fragment 273
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.34 Å

PDB-4y3p:
Endothiapepsin in complex with fragment 17
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-4y3q:
Endothiapepsin in complex with fragment 109
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.17 Å

PDB-4y3r:
Endothiapepsin in complex with fragment 306
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.13 Å

PDB-4y3s:
Endothiapepsin in complex with fragment 266
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.1 Å

PDB-4y3w:
Endothiapepsin in complex with fragment 35
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.58 Å

PDB-4y3x:
Endothiapepsin in complex with fragment 171
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-4y3z:
Endothiapepsin in complex with fragment 41
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.12 Å

PDB-4y41:
Endothiapepsin in complex with fragment 112
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.403 Å

PDB-4y43:
Endothiapepsin in complex with fragment 42
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

PDB-4y44:
Endothiapepsin in complex with fragment 164
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

PDB-4y45:
Endothiapepsin in complex with fragment 291
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.06 Å

PDB-4y47:
Endothiapepsin in complex with fragment 162
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.19 Å

PDB-4y4a:
Endothiapepsin in complex with fragment 286
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.278 Å

PDB-4y4b:
Endothiapepsin in complex with fragment 323
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.108 Å

PDB-4y4e:
Endothiapepsin in complex with fragment 131
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å

PDB-4y4t:
Endothiapepsin in complex with fragment 114
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.301 Å

PDB-4y4u:
Endothiapepsin in complex with fragment 14
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.754 Å

PDB-4y4w:
Endothiapepsin in complex with fragment 125
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.451 Å

PDB-4y4x:
Endothiapepsin in complex with fragment 51
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-4y4z:
Endothiapepsin in complex with fragment 73
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

PDB-4y50:
Endothiapepsin in complex with fragment 81
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-4y51:
Endothiapepsin in complex with fragment 52
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.603 Å

PDB-4y53:
Endothiapepsin in complex with fragment 54
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-4y54:
Endothiapepsin in complex with fragment 56
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

PDB-4y56:
Endothiapepsin in complex with fragment 58
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-4y57:
Endothiapepsin in complex with fragment 63
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.49 Å

PDB-4y5l:
Endothiapepsin in its apo form
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 0.99 Å

PDB-4y5m:
Endothiapepsin in complex with fragment 328
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.28 Å

PDB-4y5n:
Endothiapepsin in complex with fragment 337
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.29 Å

PDB-4y5p:
Endothiapepsin in complex with fragment 338
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.229 Å

PDB-4yck:
Endothiapepsin in complex with fragment 211
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.07 Å

PDB-4yct:
Endothiapepsin in complex with fragment 216
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.13 Å

PDB-4ycy:
Endothiapepsin in complex with fragment 218
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.699 Å

PDB-4yd3:
Endothiapepsin in complex with fragment 224
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.248 Å

PDB-4yd4:
Endothiapepsin in complex with fragment 227
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.27 Å

PDB-4yd5:
Endothiapepsin in complex with fragment 236
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.209 Å

PDB-4yd6:
Endothiapepsin in complex with fragment 240
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.298 Å

PDB-4yd7:
Endothiapepsin in complex with fragment 255
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.419 Å

PDB-5dpz:
Endothiapepsin in complex with fragment 31
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.328 Å

PDB-5dq1:
Endothiapepsin in complex with fragment 34
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.489 Å

PDB-5dq2:
Endothiapepsin in complex with fragment 48
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.514 Å

PDB-5dq4:
Endothiapepsin in complex with fragment 66
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.15 Å

PDB-5dq5:
Endothiapepsin in complex with fragment 209
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-5dr0:
Endothiapepsin in complex with fragment 203
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-5dr1:
Endothiapepsin in complex with fragment 278
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-5dr3:
Endothiapepsin in complex with fragment 333
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

PDB-5dr4:
Endothiapepsin in complex with fragment 231
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5dr7:
Endothiapepsin in complex with fragment 311
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.234 Å

PDB-5dr8:
Endothiapepsin in complex with fragment 330
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-5hco:
Endothiapepsin in complex with hydrazide
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.17 Å

PDB-5is4:
Endothiapepsin in complex with chiral brominated primary amine fragment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.368 Å

PDB-5isj:
Endothiapepsin in complex with chiral chlorinated primary amine fragment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.651 Å

PDB-5isk:
Endothiapepsin in complex with fluorinated primary amine fragment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.14 Å

PDB-5j25:
Endothiapepsin in complex with fragment 158
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.24 Å

化合物

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-F90:
4-chlorobenzyl carbamimidothioate / 2-(4-クロロベンジル)イソチオ尿素

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

ChemComp-45L:
3-methylbenzohydrazide / 3-メチルベンズヒドラジド

ChemComp-45J:
4-chloro-2-methylthieno[2,3-d][1,2,3]diazaborinin-1(2H)-ol

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-45M:
4-bromo-N'-(3,4-dihydro-2H-pyrrol-5-yl)benzohydrazide

ChemComp-F05:
1H-isoindol-3-amine / イソインドリン-1-イミン

ChemComp-78B:
ethyl 4-(aminomethyl)benzoate / 4-(アミノメチル)安息香酸エチル

ChemComp-463:
N-[3-(aminomethyl)phenyl]acetamide

ChemComp-45Y:
2-(4-fluorophenyl)acetohydrazide

ChemComp-45V:
2-[(1S)-2-acetyl-1,2-dihydroisoquinolin-1-yl]-N,N-dimethylacetamide

ChemComp-46S:
1-(6-methylpyrimidin-4-yl)azepane

ChemComp-F02:
4-(diethylamino)benzohydrazide

ChemComp-F06:
2-chlorobenzyl carbamimidothioate / 2-(2-クロロベンジル)イソチオ尿素

ChemComp-46L:
6-(dimethylamino)pyridine-3-carboxylic acid / 6-(ジメチルアミノ)-3-ピリジンカルボン酸

ChemComp-46Q:
(2R)-2-methyl-2-(morpholin-4-yl)butan-1-amine

ChemComp-46P:
4-methyl-5-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)-1,3-thiazol-2-amine

ChemComp-F41:
N-(1,3-benzodioxol-5-yl)-2-(piperidin-1-yl)acetamide

ChemComp-46O:
(2R)-2-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-yl)pyrrolidine

ChemComp-46T:
(1E,2E)-N,N'-di(propan-2-yl)cyclohepta-3,5-diene-1,2-diimine / N,N′-ジイソプロピル-1,3-シクロヘプタジエン-5,6-ジイミン

ChemComp-46Y:
4,6-dimethyl-2-{[3-(morpholin-4-yl)propyl]amino}pyridine-3-carbonitrile

ChemComp-F91:
N-(pyridin-4-ylmethyl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-6-amine

ChemComp-479:
4-oxo-N-[(1S)-1-(pyridin-3-yl)ethyl]-4-(thiophen-2-yl)butanamide

ChemComp-47G:
5-(aminomethyl)-2-methoxyphenol / 2-メトキシ-5-(アミノメチル)フェノ-ル

ChemComp-47H:
6,6,8-trimethyl-5,6-dihydro[1,3]dioxolo[4,5-g]quinoline / 6,6,8-トリメチル-5,6-ジヒドロ-1,3-ジオキソロ[4,5-g]キノリン

ChemComp-46R:
N-(2,2,2-trifluoroethyl)-1,2-oxazole-3-carboxamide

ChemComp-46X:
3-amino-5-(pyrrolidin-1-yl)-1H-pyrazole-4-carbonitrile

ChemComp-46V:
1-(4-bromo-2-chlorophenyl)-3-methylthiourea

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-46W:
4-methylpiperidine-1-carboximidamide

ChemComp-47Q:
5-[(pyridin-2-ylmethyl)amino]-1,3-dihydro-2H-benzimidazol-2-one

ChemComp-47R:
(1Z)-N,N-diethylethanimidamide

ChemComp-47S:
3-(dimethylamino)benzohydrazide

ChemComp-47A:
2-amino-1-(4-bromophenyl)ethanone / α-アミノ-4′-ブロモアセトフェノン

ChemComp-47B:
3-(3,4-difluorophenyl)imidazo[2,1-c][1,2,4]triazine

ChemComp-47E:
(2R)-(3-chlorophenyl)(hydroxy)ethanoic acid / 3-クロロ-D-マンデル酸

ChemComp-47J:
1-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)methanamine

ChemComp-F63:
N-methyl-1-[5-(pyridin-3-yloxy)furan-2-yl]methanamine

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-47Y:
3-[(4E)-4-imino-5,6-dimethylfuro[2,3-d]pyrimidin-3(4H)-yl]-N,N-dimethylpropan-1-amine

ChemComp-487:
6-[(1S)-1-(azepan-1-yl)ethyl]-N,N-dimethyl-1,3,5-triazine-2,4-diamine

ChemComp-483:
2-(1H-imidazol-1-yl)-N-(trans-4-methylcyclohexyl)acetamide

ChemComp-FBF:
4-(trifluoromethyl)benzenecarboximidamide / 4-(トリフルオロメチル)ベンズアミジン

ChemComp-4AO:
2-(4-ethoxy-8-methylquinazolin-2-yl)guanidine

ChemComp-4AQ:
2-(1H-indol-3-yl)-N-[(1-methyl-1H-pyrrol-2-yl)methyl]ethanamine

ChemComp-1PE:
PENTAETHYLENE GLYCOL / ペンタエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-4AY:
4-(bromomethyl)benzoic acid / 4-(ブロモメチル)安息香酸

ChemComp-BR:
BROMIDE ION / ブロミド

ChemComp-4AV:
1-(2-chloro-5-nitrophenyl)-N-methylmethanamine

ChemComp-4AS:
N-methyl-1-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)methanamine

ChemComp-F5N:
2-(imidazo[1,2-a]pyridin-2-yl)-N-phenylacetamide

ChemComp-51V:
2-methylaniline / o-トルイジン

ChemComp-5HL:
3-[(cyclopropylamino)methyl]-8-ethylquinolin-2(1H)-one

ChemComp-5HO:
N-(5-chloropyridin-2-yl)-2-oxo-2-(pyrrolidin-1-yl)acetamide

ChemComp-5HQ:
1-[6-(furan-2-yl)pyridin-3-yl]methanamine

ChemComp-5HS:
3-[2-(4-methyl-1,2-oxazol-3-yl)ethyl]pyridine

ChemComp-5GC:
5-(methylsulfanyl)-4-(propan-2-ylsulfonyl)-1H-pyrazol-3-amine

ChemComp-5GJ:
[(3R)-3-hydroxypiperidin-1-yl](1-phenylcyclopropyl)methanone

ChemComp-5GL:
4-propan-2-ylsulfanyl-1-propyl-6,7-dihydro-5~{H}-cyclopenta[d]pyrimidin-2-one

ChemComp-5GQ:
7-methyl-3,4-dihydro-2~{H}-pyrido[1,2-a]pyrimidin-3-ol

ChemComp-5HJ:
(2R)-3-cyclopropyl-2-(4-methoxyphenyl)-1,3-thiazolidin-4-one

ChemComp-5G1:
2-chlorobenzohydrazide / 2-クロロベンズヒドラジド

ChemComp-601:
4-(dimethylamino)benzohydrazide / 4-(ジメチルアミノ)ベンズヒドラジド

ChemComp-6LY:
(1S)-2-amino-1-(4-bromophenyl)ethan-1-ol

ChemComp-6LE:
(1S)-2-amino-1-(4-chlorophenyl)ethan-1-ol / (S)-1-(4-クロロフェニル)-2-アミノエタノ-ル

ChemComp-6LZ:
2-amino-1-(4-fluorophenyl)ethan-1-one / α-アミノ-4′-フルオロアセトフェノン

ChemComp-47K:
2-(4-methylpiperidin-1-yl)-N-[3-(propan-2-yl)-1,2-oxazol-5-yl]acetamide

由来
  • cryphonectria parasitica (菌類)
キーワードHYDROLASE / fagment screening / inhibition / fragment screening / aspartic protease

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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