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タイトルIn meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins at cryogenic temperatures.
ジャーナル・号・ページActa Crystallogr D Struct Biol, Vol. 72, Page 93-112, Year 2016
掲載日2015年8月10日 (構造データの登録日)
著者Huang, C.Y. / Olieric, V. / Ma, P. / Howe, N. / Vogeley, L. / Liu, X. / Warshamanage, R. / Weinert, T. / Panepucci, E. / Kobilka, B. ...Huang, C.Y. / Olieric, V. / Ma, P. / Howe, N. / Vogeley, L. / Liu, X. / Warshamanage, R. / Weinert, T. / Panepucci, E. / Kobilka, B. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M.
リンクActa Crystallogr D Struct Biol / PubMed:26894538
手法X線回折
解像度1.5 - 3.8 Å
構造データ

PDB-5d52:
In meso in situ serial X-ray crystallography structure of insulin at room temperature
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-5d53:
In meso in situ serial X-ray crystallography structure of insulin at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5d54:
In meso X-ray crystallography structure of insulin at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-5d56:
In meso in situ serial X-ray crystallography structure of diacylglycerol kinase, DgkA, at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-5d57:
In meso X-ray crystallography structure of diacylglycerol kinase, DgkA, at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-5d58:
In meso in situ serial X-ray crystallography structure of the PepTSt-Ala-Phe complex at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-5d59:
In meso X-ray crystallography structure of the PepTSt-Ala-Phe complex at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-5d5a:
In meso in situ serial X-ray crystallography structure of the Beta2-adrenergic receptor at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4826 Å

PDB-5d5b:
In meso X-ray crystallography structure of the Beta2-adrenergic receptor at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.8 Å

PDB-5d5c:
In meso in situ serial X-ray crystallography structure of lysozyme at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-5d5d:
In meso in situ serial X-ray crystallography structure of AlgE at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-5d5e:
In meso in situ serial X-ray crystallography structure of insulin by sulfur-SAD at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.407 Å

PDB-5d5f:
In meso in situ serial X-ray crystallography structure of lysozyme by bromine-SAD at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

化合物

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-PE5:
3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

ChemComp-78M:
(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-FLC:
CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩

ChemComp-ALA:
ALANINE / アラニン / アラニン

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン / フェニルアラニン

ChemComp-CAU:
(2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol / S-カラゾロ-ル

ChemComp-BU1:
1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル / 1,4-ブタンジオール

ChemComp-ACM:
ACETAMIDE / アセトアミド / アセトアミド

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

ChemComp-12P:
DODECAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル / 沈殿剤*YM / ポリエチレングリコール

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-BR:
BROMIDE ION / ブロミド / 臭化物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-ACY:
ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-LDA:
LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / LDAO, 可溶化剤*YM / Lauryldimethylamine oxide

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM / MES (緩衝剤)

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • streptococcus thermophilus (strain atcc baa-250 / lmg 18311) (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
  • synthetic construct (人工物)
  • homo sapiens (ヒト)
  • enterobacteria phage t4 (ファージ)
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / pao1 / 1c / prs 101 / lmg 12228) (緑膿菌)
キーワードHORMONE (ホルモン) / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Membrane Protein/Hydrolase (生体膜) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / HYDROLASE (加水分解酵素) / Membrane Protein-Hydrolase complex (生体膜) / Beta-Barrel Membrane Proteins / AlgE alginate export protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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