[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural genomics of protein phosphatases.
ジャーナル・号・ページJ. STRUCT. FUNCT. GENOM., Vol. 8, Page 121-140, Year 2007
掲載日2003年12月18日 (構造データの登録日)
著者Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. ...Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K.
リンクJ. STRUCT. FUNCT. GENOM. / PubMed:18058037
手法X線回折
解像度1.6 - 3 Å
構造データ

PDB-1rxd:
Crystal structure of human protein tyrosine phosphatase 4A1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-2fh7:
Crystal structure of the phosphatase domains of human PTP SIGMA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-2g59:
Crystal Structure of the Catalytic Domain of Protein Tyrosine Phosphatase from Homo sapiens
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.19 Å

PDB-2hcm:
Crystal structure of mouse putative dual specificity phosphatase complexed with zinc tungstate, New York Structural Genomics Consortium
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-2hhl:
Crystal structure of the human small CTD phosphatase 3 isoform 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-2hxp:
Crystal Structure of the human phosphatase (DUSP9)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.83 Å

PDB-2hy3:
Crystal structure of the human tyrosine receptor phosphate gamma in complex with vanadate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-2i0o:
Crystal structure of Anopheles gambiae Ser/Thr phosphatase complexed with Zn2+
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-2i1y:
Crystal structure of the phosphatase domain of human PTP IA-2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.23 Å

PDB-2i44:
Crystal structure of serine-threonine phosphatase 2C from Toxoplasma gondii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.04 Å

PDB-2iq1:
Crystal structure of human PPM1K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-2irm:
Crystal structure of mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 interacting protein 1 from Anopheles gambiae
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3 Å

PDB-2isn:
Crystal structure of a phosphatase from a pathogenic strain Toxoplasma gondii
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-2nv5:
Crystal structure of a C-terminal phosphatase domain of Rattus norvegicus ortholog of human protein tyrosine phosphatase, receptor type, D (PTPRD)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-2oyc:
Crystal structure of human pyridoxal phosphate phosphatase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.72 Å

PDB-2p27:
Crystal Structure of Human Pyridoxal Phosphate Phosphatase with Mg2+ at 1.9 A resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-2p4u:
Crystal structure of acid phosphatase 1 (Acp1) from Mus musculus
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-2p69:
Crystal Structure of Human Pyridoxal Phosphate Phosphatase with PLP
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.25 Å

PDB-2p8e:
Crystal structure of the serine/threonine phosphatase domain of human PPM1B
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.816 Å

PDB-2pbn:
Crystal structure of the human tyrosine receptor phosphate gamma
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-2q5e:
Crystal structure of human carboxy-terminal domain RNA polymerase II polypeptide A small phosphatase 2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.51 Å

PDB-2qjc:
Crystal structure of a putative diadenosine tetraphosphatase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-2r0b:
Crystal structure of human tyrosine phosphatase-like serine/threonine/tyrosine-interacting protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-WO4:
TUNGSTATE(VI)ION

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-KEG:
12-TUNGSTOPHOSPHATE

ChemComp-VO4:
VANADATE ION

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-PR:
PRASEODYMIUM ION

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸

ChemComp-MN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
  • toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
キーワードstructural genomics / unknown function / NYSGXRC / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / HYDROLASE / receptor protein tyrosine phosphatase / Dual domain phosphatase / Protein Tyrosine Phosphatase / Dephosphorylation / PHOSPHATASE / CTD phosphatase / Keggins anion / 8638a / Human Phosphatase / PSI-2 / twisted mixed beta-sheets flanked by {alpha}-helices / beta sandwich / Receptor-type protein tyrosine phosphatase precursor / 8817z / protein phosphatase 2C kappa / TRANSFERASE / TAK1-binding protein / TAB1 / mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 interacting protein 1 / 8828z / pathogenic strain / praseodymium / sulfate / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / 9095b / putative diadenosine tetraphosphatase / monomer / Protein phosphatase

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る