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タイトルStructure and topography of the synaptic V-ATPase-synaptophysin complex.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2024
掲載日2024年6月5日
著者Chuchu Wang / Wenhong Jiang / Jeremy Leitz / Kailu Yang / Luis Esquivies / Xing Wang / Xiaotao Shen / Richard Held / Daniel J Adams / Tamara Basta / Lucas Hampton / Ruiqi Jian / Lihua Jiang / Michael H B Stowell / Wolfgang Baumeister / Qiang Guo / Axel T Brunger /
PubMed 要旨Synaptic vesicles are organelles with a precisely defined protein and lipid composition, yet the molecular mechanisms for the biogenesis of synaptic vesicles are mainly unknown. Here, we discovered a ...Synaptic vesicles are organelles with a precisely defined protein and lipid composition, yet the molecular mechanisms for the biogenesis of synaptic vesicles are mainly unknown. Here, we discovered a well-defined interface between the synaptic vesicle V-ATPase and synaptophysin by in situ cryo-electron tomography and single particle cryo-electron microscopy of functional synaptic vesicles isolated from mouse brains. The synaptic vesicle V-ATPase is an ATP-dependent proton pump that establishes the protein gradient across the synaptic vesicle, which in turn drives the uptake of neurotransmitters. Synaptophysin and its paralogs synaptoporin and synaptogyrin belong to a family of abundant synaptic vesicle proteins whose function is still unclear. We performed structural and functional studies of synaptophysin knockout mice, confirming the identity of synaptophysin as an interaction partner with the V-ATPase. Although there is little change in the conformation of the V-ATPase upon interaction with synaptophysin, the presence of synaptophysin in synaptic vesicles profoundly affects the copy number of V-ATPases. This effect on the topography of synaptic vesicles suggests that synaptophysin assists in their biogenesis. In support of this model, we observed that synaptophysin knockout mice exhibit severe seizure susceptibility, suggesting an imbalance of neurotransmitter release as a physiological consequence of the absence of synaptophysin.
リンクNature / PubMed:38838737
手法EM (単粒子) / EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均)
解像度3.6 - 18.2 Å
構造データ

EMDB-44839, PDB-9bra:
Intact V-ATPase State 2 and synaptophysin complex in mouse brain isolated synaptic vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-44840, PDB-9brq:
Intact V-ATPase State 3 and synaptophysin complex in mouse brain isolated synaptic vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-44841, PDB-9brr:
Intact V-ATPase State 3 in synaptophysin knock-out isolated synaptic vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-44842, PDB-9brs:
Intact V-ATPase State 2 in synaptophysin knock-out isolated synaptic vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-44843, PDB-9brt:
Intact V-ATPase State 1 and synaptophysin complex in mouse brain isolated synaptic vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-44844, PDB-9bru:
Intact V-ATPase State 1 in synaptophysin knock-out isolated synaptic vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-44845, PDB-9bry:
V0-only V-ATPase in synaptophysin gene knock-out mouse brain isolated synaptic vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-44846, PDB-9brz:
V0-only V-ATPase and synaptophysin complex in mouse brain isolated synaptic vesicles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-44847: Tomograms of isolated synaptic vesicles from Syp-/- mouse brain
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-44848: Tomograms of isolated synaptic vesicles from wild-type mouse brain
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-44855: Intact state1 V-ATPase of isolated synaptic vesicles from wild-type mouse brain by subtomogram averaging
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 18.2 Å

EMDB-44856: Intact state2 V-ATPase of isolated synaptic vesicles from wild-type mouse brain by subtomogram averaging
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.9 Å

EMDB-44857: Intact state3 V-ATPase of isolated synaptic vesicles from wild-type mouse brain by subtomogram averaging
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.1 Å

EMDB-44858: V0-only V-ATPase of isolated synaptic vesicles from wild-type mouse brain by subtomogram averaging
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 16.0 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス / マンノース

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / V-ATPase / synaptic vesicle (シナプス小胞) / V0only V-ATPase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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