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Structure paper

タイトルStructural basis for lipid transfer by the ATG2A-ATG9A complex.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Year 2024
掲載日2024年8月22日
著者Yang Wang / Selma Dahmane / Rujuan Ti / Xinyi Mai / Lizhe Zhu / Lars-Anders Carlson / Goran Stjepanovic /
PubMed 要旨Autophagy is characterized by the formation of double-membrane vesicles called autophagosomes. Autophagy-related proteins (ATGs) 2A and 9A have an essential role in autophagy by mediating lipid ...Autophagy is characterized by the formation of double-membrane vesicles called autophagosomes. Autophagy-related proteins (ATGs) 2A and 9A have an essential role in autophagy by mediating lipid transfer and re-equilibration between membranes for autophagosome formation. Here we report the cryo-electron microscopy structures of human ATG2A in complex with WD-repeat protein interacting with phosphoinositides 4 (WIPI4) at 3.2 Å and the ATG2A-WIPI4-ATG9A complex at 7 Å global resolution. On the basis of molecular dynamics simulations, we propose a mechanism of lipid extraction from the donor membranes. Our analysis revealed 3:1 stoichiometry of the ATG9A-ATG2A complex, directly aligning the ATG9A lateral pore with ATG2A lipid transfer cavity, and an interaction of the ATG9A trimer with both the N-terminal and the C-terminal tip of rod-shaped ATG2A. Cryo-electron tomography of ATG2A liposome-binding states showed that ATG2A tethers lipid vesicles at different orientations. In summary, this study provides a molecular basis for the growth of the phagophore membrane and lends structural insights into spatially coupled lipid transport and re-equilibration during autophagosome formation.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39174844
手法EM (単粒子) / EM (トモグラフィー)
解像度3.23 - 7.05 Å
構造データ

37086

8kbx

EMDB-37086, PDB-8kbx:
Cryo-EM structure of human ATG2A-WIPI4 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

37087

8kby

EMDB-37087: Cryo-EM structure of ATG2A-WIPI4 complex
PDB-8kby: Cryo-EM structure of ATG2A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

37088

8kbz

EMDB-37088, PDB-8kbz:
Cryo-EM structure of human ATG9A in LMNG micelles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

37091

8kc3

EMDB-37091, PDB-8kc3:
Cryo-EM structure of human C-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

38839

8y1l

EMDB-38839, PDB-8y1l:
Cryo-EM structure of human N-terminally bound ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.05 Å

EMDB-50658: Cryo-electron tomogram of ATG2A and small unilamellar vesicles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50659: Cryo-electron tomogram of ATG2A and small unilamellar vesicles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50660: Cryo-electron tomogram of ATG2A and small unilamellar vesicles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50662: Cryo-electron tomogram of ATG2A and small unilamellar vesicles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50666: Cryo-electron tomogram of ATG2A and small unilamellar vesicles
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-50667: Cryo-electron tomogram of ATG2A and small unilamellar vesicles
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIPID TRANSPORT/MEMBRANE PROTEIN / Lipid transport / ATG2A-WIPI4 complex / single particle cryo-EM / Peripheral membrane proteins / LIPID TRANSPORT-MEMBRANE PROTEIN complex / MEMBRANE PROTEIN / ATG2A / Lipid scramblase / ATG9A / Lipid transfer / ATG9A-ATG2A-WIPI4 complex / autophagy

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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