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タイトルDynamic molecular architecture and substrate recruitment of cullin3-RING E3 ligase CRL3.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 31, Issue 2, Page 336-350, Year 2024
掲載日2024年2月8日
著者Yuxia Hu / Zhao Zhang / Qiyu Mao / Xiang Zhang / Aihua Hao / Yu Xun / Yeda Wang / Lin Han / Wuqiang Zhan / Qianying Liu / Yue Yin / Chao Peng / Eva Marie Y Moresco / Zhenguo Chen / Bruce Beutler / Lei Sun /
PubMed 要旨Phosphatidylinositol 3-kinase α, a heterodimer of catalytic p110α and one of five regulatory subunits, mediates insulin- and insulin like growth factor-signaling and, frequently, oncogenesis. ...Phosphatidylinositol 3-kinase α, a heterodimer of catalytic p110α and one of five regulatory subunits, mediates insulin- and insulin like growth factor-signaling and, frequently, oncogenesis. Cellular levels of the regulatory p85α subunit are tightly controlled by regulated proteasomal degradation. In adipose tissue and growth plates, failure of K48-linked p85α ubiquitination causes diabetes, lipodystrophy and dwarfism in mice, as in humans with SHORT syndrome. Here we elucidated the structures of the key ubiquitin ligase complexes regulating p85α availability. Specificity is provided by the substrate receptor KBTBD2, which recruits p85α to the cullin3-RING E3 ubiquitin ligase (CRL3). CRL3 forms multimers, which disassemble into dimers upon substrate binding (CRL3-p85α) and/or neddylation by the activator NEDD8 (CRL3~N8), leading to p85α ubiquitination and degradation. Deactivation involves dissociation of NEDD8 mediated by the COP9 signalosome and displacement of KBTBD2 by the inhibitor CAND1. The hereby identified structural basis of p85α regulation opens the way to better understanding disturbances of glucose regulation, growth and cancer.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38332366
手法EM (単粒子)
解像度3.76 - 12.18 Å
構造データ

EMDB-34199, PDB-8gq6:
Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1 dimeric complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

EMDB-34449, PDB-8h33:
Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 tetrameric complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.86 Å

EMDB-34450, PDB-8h34:
Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 hexameric complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.99 Å

EMDB-34451, PDB-8h35:
Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 octameric complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.41 Å

EMDB-34452, PDB-8h36:
Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a dimeric complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-34453, PDB-8h37:
Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a tetrameric complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.52 Å

EMDB-34454: local refinement of KBTBD2-p85a: KBTBD2-CRL3-p85a complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.11 Å

EMDB-34455, PDB-8h38:
Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN(mutate) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.25 Å

EMDB-34456: local refinement of CSN1/2/4/5/6-CRL3/CTD-N8: KBTBD2-CRL3-CSN(mutate) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.84 Å

EMDB-34457: local refinement of CSN1/3/5/6/7/8: KBTBD2-CRL3-CSN(mutate) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.21 Å

EMDB-34458: local refinement of CSN5/6-CRL3/CTD-N8: KBTBD2-CRL3-CSN(mutate) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.29 Å

EMDB-34459: local refinement of KBTBD2-CRL3-CSN(mutate) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.25 Å

EMDB-34460: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN(mutate,no CSN3/8) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.83 Å

EMDB-34461: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN(mutate)-CSN(mutate,no CSN3/8) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.05 Å

EMDB-34462, PDB-8h3a:
Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8(removed)-CSN complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.51 Å

EMDB-34463: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8(removed)-CSN(no CSN3/8) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.15 Å

EMDB-34466: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3-CSN(no CSN3/8) complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.18 Å

EMDB-34467, PDB-8h3f:
Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3-CSN complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.73 Å

EMDB-34473, PDB-8h3q:
Cryo-EM Structure of the CAND1-Cul3-Rbx1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.76 Å

EMDB-34474, PDB-8h3r:
Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8 dimeric complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.36 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードLIGASE (リガーゼ) / complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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