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- PDB-8h38: Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN(mutate) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8h38
タイトルCryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN(mutate) complex
要素
  • (COP9 signalosome complex subunit ...) x 8
  • Cullin-3
  • E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
  • Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2
  • NEDD8
キーワードLIGASE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / liver morphogenesis / POZ domain binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity ...COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / positive regulation of mitotic cell cycle phase transition / trophectodermal cellular morphogenesis / liver morphogenesis / POZ domain binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / regulation of protein neddylation / polar microtubule / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / COPII vesicle coating / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / regulation protein catabolic process at postsynapse / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / RHOBTB3 ATPase cycle / NEDD8 transferase activity / COP9 signalosome / cell projection organization / cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / embryonic cleavage / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / stem cell division / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / regulation of JNK cascade / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / Notch binding / metal-dependent deubiquitinase activity / NEDD8 ligase activity / fibroblast apoptotic process / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SCF ubiquitin ligase complex / inner cell mass cell proliferation / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of type I interferon production / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / mitotic metaphase chromosome alignment / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of mitophagy / negative regulation of Rho protein signal transduction / stress fiber assembly / Prolactin receptor signaling / positive regulation of cytokinesis / skeletal muscle cell differentiation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cullin family protein binding / regulation of postsynapse assembly / regulation of proteolysis / sperm flagellum / response to light stimulus / anatomical structure morphogenesis / protein monoubiquitination / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / RHOBTB2 GTPase cycle / protein autoubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / JNK cascade / gastrulation / translation initiation factor activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / cyclin binding / T cell activation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Regulation of BACH1 activity / positive regulation of protein ubiquitination / kidney development / integrin-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to insulin / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / Degradation of GLI1 by the proteasome / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Iron uptake and transport
類似検索 - 分子機能
Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2 / : / COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats ...Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2 / : / COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / Nedd8-like ubiquitin / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / BTB-kelch protein / : / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / Cullin protein neddylation domain / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / Kelch / Kelch motif / : / Kelch repeat type 1 / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / PCI/PINT associated module / Cullin / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Kelch-type beta propeller / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / COP9 signalosome complex subunit 1 / Cullin-3 / Ubiquitin-like protein NEDD8 / COP9 signalosome complex subunit 6 / Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 ...COP9 signalosome complex subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / COP9 signalosome complex subunit 1 / Cullin-3 / Ubiquitin-like protein NEDD8 / COP9 signalosome complex subunit 6 / Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 7b / COP9 signalosome complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Hu, Y. / Mao, Q. / Chen, Z. / Sun, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81900729 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Dynamic molecular architecture and substrate recruitment of cullin3-RING E3 ligase CRL3.
著者: Yuxia Hu / Zhao Zhang / Qiyu Mao / Xiang Zhang / Aihua Hao / Yu Xun / Yeda Wang / Lin Han / Wuqiang Zhan / Qianying Liu / Yue Yin / Chao Peng / Eva Marie Y Moresco / Zhenguo Chen / Bruce Beutler / Lei Sun /
要旨: Phosphatidylinositol 3-kinase α, a heterodimer of catalytic p110α and one of five regulatory subunits, mediates insulin- and insulin like growth factor-signaling and, frequently, oncogenesis. ...Phosphatidylinositol 3-kinase α, a heterodimer of catalytic p110α and one of five regulatory subunits, mediates insulin- and insulin like growth factor-signaling and, frequently, oncogenesis. Cellular levels of the regulatory p85α subunit are tightly controlled by regulated proteasomal degradation. In adipose tissue and growth plates, failure of K48-linked p85α ubiquitination causes diabetes, lipodystrophy and dwarfism in mice, as in humans with SHORT syndrome. Here we elucidated the structures of the key ubiquitin ligase complexes regulating p85α availability. Specificity is provided by the substrate receptor KBTBD2, which recruits p85α to the cullin3-RING E3 ubiquitin ligase (CRL3). CRL3 forms multimers, which disassemble into dimers upon substrate binding (CRL3-p85α) and/or neddylation by the activator NEDD8 (CRL3~N8), leading to p85α ubiquitination and degradation. Deactivation involves dissociation of NEDD8 mediated by the COP9 signalosome and displacement of KBTBD2 by the inhibitor CAND1. The hereby identified structural basis of p85α regulation opens the way to better understanding disturbances of glucose regulation, growth and cancer.
履歴
登録2022年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COP9 signalosome complex subunit 1
B: COP9 signalosome complex subunit 2
C: COP9 signalosome complex subunit 3
D: COP9 signalosome complex subunit 4
E: COP9 signalosome complex subunit 5
F: COP9 signalosome complex subunit 6
G: COP9 signalosome complex subunit 7b
H: COP9 signalosome complex subunit 8
I: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2
L: Cullin-3
M: Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2
R: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
N: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)584,69017
ポリマ－584,42813
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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COP9 signalosome complex subunit ... , 8種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 1 / SGN1 / Signalosome subunit 1 / G protein pathway suppressor 1 / GPS-1 / JAB1-containing signalosome ...SGN1 / Signalosome subunit 1 / G protein pathway suppressor 1 / GPS-1 / JAB1-containing signalosome subunit 1 / Protein MFH


分子量: 59122.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPS1, COPS1, CSN1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13098
#2: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 2 / SGN2 / Signalosome subunit 2 / Alien homolog / JAB1-containing signalosome subunit 2 / Thyroid ...SGN2 / Signalosome subunit 2 / Alien homolog / JAB1-containing signalosome subunit 2 / Thyroid receptor-interacting protein 15 / TR-interacting protein 15 / TRIP-15


分子量: 51664.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS2, CSN2, TRIP15 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61201
#3: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 3 / SGN3 / Signalosome subunit 3 / JAB1-containing signalosome subunit 3


分子量: 47924.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS3, CSN3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UNS2
#4: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 4 / SGN4 / Signalosome subunit 4 / JAB1-containing signalosome subunit 4


分子量: 46322.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS4, CSN4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BT78
#5: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 5 / SGN5 / Signalosome subunit 5 / Jun activation domain-binding protein 1


分子量: 37554.672 Da / 分子数: 1 / Mutation: H138A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS5, CSN5, JAB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q92905, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#6: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 6 / SGN6 / Signalosome subunit 6 / JAB1-containing signalosome subunit 6 / MOV34 homolog / Vpr- ...SGN6 / Signalosome subunit 6 / JAB1-containing signalosome subunit 6 / MOV34 homolog / Vpr-interacting protein / hVIP


分子量: 36203.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS6, CSN6, HVIP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7L5N1
#7: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 7b / SGN7b / Signalosome subunit 7b / JAB1-containing signalosome subunit 7b


分子量: 29656.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS7B, CSN7B / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H9Q2
#8: タンパク質 COP9 signalosome complex subunit 8 / SGN8 / Signalosome subunit 8 / COP9 homolog / hCOP9 / JAB1-containing signalosome subunit 8


分子量: 23245.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS8, CSN8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q99627

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タンパク質 , 4種, 5分子 IMLRN

#9: タンパク質 Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2


分子量: 71403.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8IY47
#10: タンパク質 Cullin-3 / CUL-3


分子量: 89063.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL3, KIAA0617
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13618
#11: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / ...E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / Protein ZYP / RING finger protein 75 / RING-box protein 1 / Rbx1 / Regulator of cullins 1 / ROC1


分子量: 12289.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1, RNF75, ROC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62877, RING-type E3 ubiquitin transferase, cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase
#12: タンパク質 NEDD8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 8573.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15843

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非ポリマー , 1種, 4分子

#13: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1KBTBD2-CRL3~N8 dimer assemble with CSN(mutate) monomerCOMPLEX#1-#120RECOMBINANT
2CSN subunit1, KBTBD2, CUllin-3, Rbx1COMPLEX#1, #9-#111RECOMBINANT
3CSNCOMPLEX#2-#81RECOMBINANT
4NEDD8COMPLEX#121RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
34Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 53 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 146505 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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