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タイトルColumnar structure of human telomeric chromatin.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 609, Issue 7929, Page 1048-1055, Year 2022
掲載日2022年9月14日
著者Aghil Soman / Sook Yi Wong / Nikolay Korolev / Wahyu Surya / Simon Lattmann / Vinod K Vogirala / Qinming Chen / Nikolay V Berezhnoy / John van Noort / Daniela Rhodes / Lars Nordenskiöld /
PubMed 要旨Telomeres, the ends of eukaryotic chromosomes, play pivotal parts in ageing and cancer and are targets of DNA damage and the DNA damage response. Little is known about the structure of telomeric ...Telomeres, the ends of eukaryotic chromosomes, play pivotal parts in ageing and cancer and are targets of DNA damage and the DNA damage response. Little is known about the structure of telomeric chromatin at the molecular level. Here we used negative stain electron microscopy and single-molecule magnetic tweezers to characterize 3-kbp-long telomeric chromatin fibres. We also obtained the cryogenic electron microscopy structure of the condensed telomeric tetranucleosome and its dinucleosome unit. The structure displayed close stacking of nucleosomes with a columnar arrangement, and an unusually short nucleosome repeat  length that comprised about 132 bp DNA wound in a continuous superhelix around histone octamers. This columnar structure is primarily stabilized by the H2A carboxy-terminal and histone amino-terminal tails in a synergistic manner. The columnar conformation results in exposure of the DNA helix, which may make it susceptible to both DNA damage and the DNA damage response. The conformation also exists in an alternative open state, in which one nucleosome is unstacked and flipped out, which exposes the acidic patch of the histone surface. The structural features revealed in this work suggest mechanisms by which protein factors involved in telomere maintenance can access telomeric chromatin in its compact form.
リンクNature / PubMed:36104563
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 14.0 Å
構造データ

31806

7v90

EMDB-31806, PDB-7v90:
Telomeric mononucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

31810

7v96

EMDB-31810, PDB-7v96:
Telomeric Dinucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.92 Å

31815

7v9c

EMDB-31815, PDB-7v9c:
Telomeric Dinucleosome in open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

31816

7v9j

EMDB-31816, PDB-7v9j:
Telomeric trinucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.0 Å

31823

7v9k

EMDB-31823, PDB-7v9k:
Telomeric tetranucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.1 Å

31826

7v9s

EMDB-31826, PDB-7v9s:
Telomeric trinucleosome in open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.0 Å

31832

7va4

EMDB-31832, PDB-7va4:
Telomeric tetranucleosome in open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.0 Å

EMDB-31907: Telomeric Dinucleosome at 4.6 angstroms
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-31908: Telomeric Dinucleosome at 5angstroms
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-31909: Open dinucleosome at 6.6 angstroms
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.7 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Telomere (テロメア) / nucleosome (ヌクレオソーム) / chromatin (クロマチン) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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