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Structure paper

タイトルHigh-resolution cryo-EM structure of the Pseudomonas bacteriophage E217.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 4052, Year 2023
掲載日2023年7月8日
著者Fenglin Li / Chun-Feng David Hou / Ravi K Lokareddy / Ruoyu Yang / Francesca Forti / Federica Briani / Gino Cingolani /
PubMed 要旨E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after ...E217 is a Pseudomonas phage used in an experimental cocktail to eradicate cystic fibrosis-associated Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe the structure of the whole E217 virion before and after DNA ejection at 3.1 Å and 4.5 Å resolution, respectively, determined using cryogenic electron microscopy (cryo-EM). We identify and build de novo structures for 19 unique E217 gene products, resolve the tail genome-ejection machine in both extended and contracted states, and decipher the complete architecture of the baseplate formed by 66 polypeptide chains. We also determine that E217 recognizes the host O-antigen as a receptor, and we resolve the N-terminal portion of the O-antigen-binding tail fiber. We propose that E217 design principles presented in this paper are conserved across PB1-like Myoviridae phages of the Pbunavirus genus that encode a ~1.4 MDa baseplate, dramatically smaller than the coliphage T4.
リンクNat Commun / PubMed:37422479 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.96 Å
構造データ

28280

8env

EMDB-28280, PDB-8env:
In situ cryo-EM structure of Pseudomonas phage E217 tail baseplate in C6 map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

28405

8eon

EMDB-28405, PDB-8eon:
Pseudomonas phage E217 baseplate complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

29406

8frs

EMDB-29406, PDB-8frs:
Pseudomonas phage E217 5-fold vertex (capsid and decorating proteins)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

29481

8fuv

EMDB-29481, PDB-8fuv:
Pseudomonas phage E217 extended sheath and tail tube
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

29486

8fvg

EMDB-29486, PDB-8fvg:
Pseudomonas phage E217 contracted sheath
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

29487

8fvh

EMDB-29487, PDB-8fvh:
Pseudomonas phage E217 neck (portal, head-to-tail connector, collar and gateway proteins)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

由来
  • pseudomonas phage vb_paem_e217 (ファージ)
キーワードVIRUS / Pseudomonas / phage / baseplate / E217 / capsid / decorating proteins

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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