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Structure paper

タイトルStructural basis for mechanotransduction in a potassium-dependent mechanosensitive ion channel.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 6904, Year 2022
掲載日2022年11月12日
著者Jonathan Mount / Grigory Maksaev / Brock T Summers / James A J Fitzpatrick / Peng Yuan /
PubMed 要旨Mechanosensitive channels of small conductance, found in many living organisms, open under elevated membrane tension and thus play crucial roles in biological response to mechanical stress. Amongst ...Mechanosensitive channels of small conductance, found in many living organisms, open under elevated membrane tension and thus play crucial roles in biological response to mechanical stress. Amongst these channels, MscK is unique in that its activation also requires external potassium ions. To better understand this dual gating mechanism by force and ligand, we elucidate distinct structures of MscK along the gating cycle using cryo-electron microscopy. The heptameric channel comprises three layers: a cytoplasmic domain, a periplasmic gating ring, and a markedly curved transmembrane domain that flattens and expands upon channel opening, which is accompanied by dilation of the periplasmic ring. Furthermore, our results support a potentially unifying mechanotransduction mechanism in ion channels depicted as flattening and expansion of the transmembrane domain.
リンクNat Commun / PubMed:36371466 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.41 - 4.97 Å
構造データ

26823

7uw5

EMDB-26823, PDB-7uw5:
EcMscK G924S mutant in a closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

26845

7ux1

EMDB-26845, PDB-7ux1:
EcMscK in an Open Conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.48 Å

EMDB-26851: WT EcMscK in a closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.48 Å

EMDB-26854: EcMscK in an intermediate conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.97 Å

EMDB-26872: Locally refined core of EcMscK in a closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

EMDB-26875: Locally refined core of EcMscK G924S in a closed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

EMDB-26876: Locally refined core of EcMscK G924S in an intermediate conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.85 Å

EMDB-26877: Locally refined core of EcMscK in an open conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN / MECHANOSENSATION / ION CHANNEL

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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