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万見
- PDB-7ux1: EcMscK in an Open Conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ux1
タイトルEcMscK in an Open Conformation
要素Mechanosensitive channel MscK
キーワードTRANSPORT PROTEIN / membrane protein / mechanosensation / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / response to potassium ion / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / potassium ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mechanosensitive ion channel MscS, porin domain / Mechanosensitive ion channel inner membrane domain 1 / : / Mechanosensitive ion channel inner membrane domain 1 / Mechanosensitive ion channel porin domain / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site ...Mechanosensitive ion channel MscS, porin domain / Mechanosensitive ion channel inner membrane domain 1 / : / Mechanosensitive ion channel inner membrane domain 1 / Mechanosensitive ion channel porin domain / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / LSM domain superfamily / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mechanosensitive channel MscK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Mount, J.W. / Yuan, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS099341 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis for mechanotransduction in a potassium-dependent mechanosensitive ion channel.
著者: Jonathan Mount / Grigory Maksaev / Brock T Summers / James A J Fitzpatrick / Peng Yuan /
要旨: Mechanosensitive channels of small conductance, found in many living organisms, open under elevated membrane tension and thus play crucial roles in biological response to mechanical stress. Amongst ...Mechanosensitive channels of small conductance, found in many living organisms, open under elevated membrane tension and thus play crucial roles in biological response to mechanical stress. Amongst these channels, MscK is unique in that its activation also requires external potassium ions. To better understand this dual gating mechanism by force and ligand, we elucidate distinct structures of MscK along the gating cycle using cryo-electron microscopy. The heptameric channel comprises three layers: a cytoplasmic domain, a periplasmic gating ring, and a markedly curved transmembrane domain that flattens and expands upon channel opening, which is accompanied by dilation of the periplasmic ring. Furthermore, our results support a potentially unifying mechanotransduction mechanism in ion channels depicted as flattening and expansion of the transmembrane domain.
履歴
登録2022年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mechanosensitive channel MscK
G: Mechanosensitive channel MscK
F: Mechanosensitive channel MscK
E: Mechanosensitive channel MscK
D: Mechanosensitive channel MscK
C: Mechanosensitive channel MscK
B: Mechanosensitive channel MscK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)891,6527
ポリマ－891,6527
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Mechanosensitive channel MscK / Potassium efflux system KefA


分子量: 127378.789 Da / 分子数: 7 / 変異: G924S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: mscK, aefA, kefA, b0465, JW0454 / プラスミド: PV-1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P77338

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E. coli MscK / タイプ: COMPLEX / 詳細: Homomeric Heptamer / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 細胞内の位置: Inner Membrane
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類) / プラスミド: PV-1
緩衝液pH: 8
詳細: Micrographs were pooled from protein purified in the presence of either 150 mM NaCl or 150 mM KCl. Buffers were prepared fresh, degassed, and filtered through a 0.45 um Durapore PVDF membrane.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium ChlorideNaCl1
2150 mMPotassium ChlorideKCl1
320 mMTris-HCl1
40.02 %Glyco-Diosgenin1
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The specimen was homogeneous and monodisperse.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 46.16 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7PHENIXモデルフィッティング
12cryoSPARC3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94414 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7UW5

7uw5


Accession code: 7UW5 / Pdb chain residue range: 496-1079 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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