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タイトルStructural mechanism of extranucleosomal DNA readout by the INO80 complex.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 49, Page eadd3189, Year 2022
掲載日2022年12月9日
著者Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian Eustermann / Karl-Peter Hopfner /
PubMed 要旨The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which ...The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which is proposed to be the result of an ATP-dependent nucleosome sliding activity that is regulated by extranucleosomal DNA features. Here, we use cryo-electron microscopy and functional assays to reveal how INO80 binds and is regulated by extranucleosomal DNA. Structures of the regulatory A-module bound to DNA clarify the mechanism of linker DNA binding. The A-module is connected to the motor unit via an HSA/post-HSA lever element to chemomechanically couple the motor and linker DNA sensing. Two notable sites of curved DNA recognition by coordinated action of the four actin/actin-related proteins and the motor suggest how sliding by INO80 can be regulated by extranucleosomal DNA features. Last, the structures clarify the recruitment of YY1/Ies4 subunits and reveal deep architectural similarities between the regulatory modules of INO80 and SWI/SNF complexes.
リンクSci Adv / PubMed:36490333 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 7.7 Å
構造データ

15163

8a5a

EMDB-15163: Cryo-EM reconstruction of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80
PDB-8a5a: Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-15164: Human Ino80 A-module + YY1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

15165

8a5d

EMDB-15165, PDB-8a5d:
Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of Chaetomium thermophilum INO80
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-15177: Cryo-EM reconstruction of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

15179

8a5o

EMDB-15179: Cryo-EM reconstruction of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80
PDB-8a5o: Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

15180

8a5p

EMDB-15180, PDB-8a5p:
Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of Chaetomium thermophilum INO80 on curved DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

15184

8a5q

EMDB-15184, PDB-8a5q:
Structure of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of Chaetomium thermophilum INO80 on straight DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-15186: Cryo-EM reconstruction of DNA bound Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of S. cerevisiae INO80
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.5 Å

EMDB-15187: A-module of Chaetomium thermophilum INO80 bound to curved DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-15188: Nucleosome bound Chaetomium thermophilum INO80 (ADP-BeF3 state) core complex with Arp5 grappler in parallel conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-15211: Ino80 core complex with A-module on nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.7 Å

15647

8atf

EMDB-15647, PDB-8atf:
Nucleosome-bound Ino80 ATPase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.45 Å

EMDB-15688: CryoEM structure of INO80 core nucleosome complex in closed grappler conformation (ADP-BeFx state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

PDB-8av6:
CryoEM structure of INO80 core nucleosome complex in closed grappler conformation
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 4.68 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • homo sapiens (ヒト)
  • thermochaetoides thermophila (菌類)
  • synthetic construct (人工物)
  • dna molecule (その他)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / chromatin remodeler / INO80 / Actin-related protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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