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万見
- EMDB-15163: Cryo-EM reconstruction of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15163
タイトルCryo-EM reconstruction of Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA subcomplex (A-module) of INO80
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling ATPase INO80
    • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein ARP8
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Ino eighty subunit 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / actin cortical patch / mitotic actomyosin contractile ring contraction / Swr1 complex / regulation of TOR signaling / telomere maintenance via recombination ...RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / ascospore wall assembly / vacuole inheritance / actin cortical patch / mitotic actomyosin contractile ring contraction / Swr1 complex / regulation of TOR signaling / telomere maintenance via recombination / kinetochore assembly / Ino80 complex / regulation of metabolic process / mitotic recombination / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SWI/SNF complex / DNA duplex unwinding / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / actin filament bundle / protein secretion / subtelomeric heterochromatin formation / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / double-strand break repair / chromatin organization / histone binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / cytoskeleton / hydrolase activity / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA damage response / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
INO80 complex, subunit Ies4 / DNA helicase Ino80 / DBINO domain profile. / DBINO domain / DNA-binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Actins signature 1. ...INO80 complex, subunit Ies4 / DNA helicase Ino80 / DBINO domain profile. / DBINO domain / DNA-binding domain / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Helicase conserved C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin-remodeling ATPase INO80 / Actin / Actin-related protein 4 / Ino eighty subunit 4 / Actin-like protein ARP8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kunert F / Metzner FJ / Eustermann S / Jung J / Woike S / Schall K / Kostrewa D / Hopfner KP
資金援助European Union, ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)833613 INO3DEuropean Union
German Research Foundation (DFG)CRC1064 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1361 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG1721 ドイツ
German Research Foundation (DFG)Gottfried-Wilhelm-Leibniz Prize ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural mechanism of extranucleosomal DNA readout by the INO80 complex.
著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian ...著者: Franziska Kunert / Felix J Metzner / James Jung / Markus Höpfler / Stephan Woike / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Manuela Moldt / Jia-Xuan Chen / Susanne Bantele / Boris Pfander / Sebastian Eustermann / Karl-Peter Hopfner /
要旨: The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which ...The nucleosomal landscape of chromatin depends on the concerted action of chromatin remodelers. The INO80 remodeler specifically places nucleosomes at the boundary of gene regulatory elements, which is proposed to be the result of an ATP-dependent nucleosome sliding activity that is regulated by extranucleosomal DNA features. Here, we use cryo-electron microscopy and functional assays to reveal how INO80 binds and is regulated by extranucleosomal DNA. Structures of the regulatory A-module bound to DNA clarify the mechanism of linker DNA binding. The A-module is connected to the motor unit via an HSA/post-HSA lever element to chemomechanically couple the motor and linker DNA sensing. Two notable sites of curved DNA recognition by coordinated action of the four actin/actin-related proteins and the motor suggest how sliding by INO80 can be regulated by extranucleosomal DNA features. Last, the structures clarify the recruitment of YY1/Ies4 subunits and reveal deep architectural similarities between the regulatory modules of INO80 and SWI/SNF complexes.
履歴
登録2022年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15163.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.104 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.104 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.104 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.735
最小 - 最大-4.7337427 - 7.520875
平均 (標準偏差)0.005667613 (±0.15742645)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.104 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_15163_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_15163_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)

全体名称: INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)
要素
  • 複合体: INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling ATPase INO80
    • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein ARP8
    • タンパク質・ペプチド: Actin
    • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Ino eighty subunit 4
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA)

超分子名称: INO80 A-Module (Arp4-Ies4-N-actin-Arp8-Ino80HSA) / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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分子 #1: Chromatin-remodeling ATPase INO80

分子名称: Chromatin-remodeling ATPase INO80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 72.170648 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSLAVLLNKE DKDISDFSKT TAGKSAKKNS RERVADVAPT RVLDKKQAYL SQLNSEFNRI KRRDSIEQLY QDWKFINLQE FELISEWNQ QSKDWQFDNT NDSQDLHFKK LYRDMSMINK EWAEYQSFKN ANLSDIINEK DADEDEEDDE DELEDGEEDM E EDEASTGR ...文字列:
MSLAVLLNKE DKDISDFSKT TAGKSAKKNS RERVADVAPT RVLDKKQAYL SQLNSEFNRI KRRDSIEQLY QDWKFINLQE FELISEWNQ QSKDWQFDNT NDSQDLHFKK LYRDMSMINK EWAEYQSFKN ANLSDIINEK DADEDEEDDE DELEDGEEDM E EDEASTGR HTNGKSMRGN GIQKSRKKDA AAAAAIGKAI KDDQTHADTV VTVNGDENED GNNGEDEDND NDNENNNDND ND NENENDN DSDNDDEEEN GEEDEEEEEI EDLDEEDFAA FEEQDDNDDE DFNPDVEKRR KRSSSSSSST KLSMNSLSLI TSK KINKNI TINSDRPKIV RELIKMCNKN KHQKIKKRRF TNCIVTDYNP IDSKLNIKIT LKQYHVKRLK KLINDAKRER EREE ALKNN VGLDGNDLDN DEDGSESHKR RKLNNNTANG ADDANKRKFN TRHGLPTYGM KMNAKEARAI QRHYDNTYTT IWKDM ARKD STKMSRLVQQ IQSIRSTNFR KTSSLCAREA KKWQSKNFKQ IKDFQTRARR GIREMSNFWK KNEREERDLK KKIEKE AME QAKKEEEEKE SKRQAKKLNF LLTQTELYSH FIGRKDYKDD DDKGTDYKDD DDK

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分子 #2: Actin-like protein ARP8

分子名称: Actin-like protein ARP8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 100.322688 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSQEEAESSI IYEEPIDIPL EDDDDEDELE EENSVPLSSQ ADQENAENES DDSVDNVVGS ETPRSVTGLS VDPRDVADEE DEDEEGEDE DEDEDDNDVD NEDENDNDNA NENENELGSS RDKRAPPAVQ TSKRYKKYPK LDPAKAPPGK KVPLHLLEKR R LGRIKAAE ...文字列:
MSQEEAESSI IYEEPIDIPL EDDDDEDELE EENSVPLSSQ ADQENAENES DDSVDNVVGS ETPRSVTGLS VDPRDVADEE DEDEEGEDE DEDEDDNDVD NEDENDNDNA NENENELGSS RDKRAPPAVQ TSKRYKKYPK LDPAKAPPGK KVPLHLLEKR R LGRIKAAE EFAKTLKKIG IEKVETTTLP ATGLFQPLML INQKNYSSDY LKKDDQIFAL RDRKFLRNNN TSQISSTNTP DV IDLKSLP HSEASAAPLN DEIDLNDPTA TIVIHPGSNS IKIGFPKDDH PVVVPNCVAV PKKWLDLENS EHVENVCLQR EQS EEFNNI KSEMEKNFRE RMRYYKRKVP GNAHEQVVSF NENSKPEIIS EKNDPSPIEW IFDDSKLYYG SDALRCVDEK FVIR KPFRG GSFNVKSPYY KSLAELISDV TKLLEHALNS ETLNVKPTKF NQYKVVLVIP DIFKKSHVET FIRVLLTELQ FQAVA IIQE SLATCYGAGI STSTCVVNIG AAETRIACVD EGTVLEHSAI TLDYGGDDIT RLFALFLLQS DFPLQDWKID SKHGWL LAE RLKKNFTTFQ DADVAVQLYN FMNRSPNQPT EKYEFKLFDE VMLAPLALFF PQIFKLIRTS SHKNSSLEFQ LPESRDL FT NELNDWNSLS QFESKEGNLY CDLNDDLKIL NRILDAHNII DQLQDKPENY GNTLKENFAP LEKAIVQSIA NASITADV T RMNSFYSNIL IVGGSSKIPA LDFILTDRIN IWRPSLLSSA SFPQFYKKLT KEIKDLEGHY VNAPDKTEDE NKQILQAQI KEKIVEELEE QHQNIEHQNG NEHIFPVSII PPPRDMNPAL IIWKGASVLA QIKLVEELFI TNSDWDVHGS RILQYKCIFT Y

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分子 #3: Actin

分子名称: Actin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 41.735547 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDSEVAALVI DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGIMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLRYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP MNPKSNREKM TQIMFETFNV PAFYVSIQAV LSLYSSGRTT GIVLDSGDGV T HVVPIYAG ...文字列:
MDSEVAALVI DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGIMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLRYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP MNPKSNREKM TQIMFETFNV PAFYVSIQAV LSLYSSGRTT GIVLDSGDGV T HVVPIYAG FSLPHAILRI DLAGRDLTDY LMKILSERGY SFSTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEMQ TAAQSSSIEK SY ELPDGQV ITIGNERFRA PEALFHPSVL GLESAGIDQT TYNSIMKCDV DVRKELYGNI VMSGGTTMFP GIAERMQKEI TAL APSSMK VKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLTTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHHKCF

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分子 #4: Actin-related protein 4

分子名称: Actin-related protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 54.894684 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSNAALQVYG GDEVSAVVID PGSYTTNIGY SGSDFPQSIL PSVYGKYTAD EGNKKIFSEQ SIGIPRKDYE LKPIIENGLV IDWDTAQEQ WQWALQNELY LNSNSGIPAL LTEPVWNSTE NRKKSLEVLL EGMQFEACYL APTSTCVSFA AGRPNCLVVD I GHDTCSVS ...文字列:
MSNAALQVYG GDEVSAVVID PGSYTTNIGY SGSDFPQSIL PSVYGKYTAD EGNKKIFSEQ SIGIPRKDYE LKPIIENGLV IDWDTAQEQ WQWALQNELY LNSNSGIPAL LTEPVWNSTE NRKKSLEVLL EGMQFEACYL APTSTCVSFA AGRPNCLVVD I GHDTCSVS PIVDGMTLSK STRRNFIAGK FINHLIKKAL EPKEIIPLFA IKQRKPEFIK KTFDYEVDKS LYDYANNRGF FQ ECKETLC HICPTKTLEE TKTELSSTAK RSIESPWNEE IVFDNETRYG FAEELFLPKE DDIPANWPRS NSGVVKTWRN DYV PLKRTK PSGVNKSDKK VTPTEEKEQE AVSKSTSPAA NSADTPNETG KRPLEEEKPP KENNELIGLA DLVYSSIMSS DVDL RATLA HNVVLTGGTS SIPGLSDRLM TELNKILPSL KFRILTTGHT IERQYQSWLG GSILTSLGTF HQLWVGKKEY EEVGV ERLL NDRFR

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分子 #5: Ino eighty subunit 4

分子名称: Ino eighty subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 13.111197 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSQESSVLSE SQEQLANNPK IEDTSPPSAN SRDNSKPVLP WDYKNKAIEI KSFSGYKVNF TGWIRRDVRE ERQRGSEFTA SDVKGSDDK ATRKKEPADE DPEVKQLEKE GEDGLDS

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分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 44.68 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 327293
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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