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タイトルTail proteins of phage SU10 reorganize into the nozzle for genome delivery.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 5622, Year 2022
掲載日2022年9月24日
著者Marta Šiborová / Tibor Füzik / Michaela Procházková / Jiří Nováček / Martin Benešík / Anders S Nilsson / Pavel Plevka /
PubMed 要旨Escherichia coli phage SU10 belongs to the genus Kuravirus from the class Caudoviricetes of phages with short non-contractile tails. In contrast to other short-tailed phages, the tails of Kuraviruses ...Escherichia coli phage SU10 belongs to the genus Kuravirus from the class Caudoviricetes of phages with short non-contractile tails. In contrast to other short-tailed phages, the tails of Kuraviruses elongate upon cell attachment. Here we show that the virion of SU10 has a prolate head, containing genome and ejection proteins, and a tail, which is formed of portal, adaptor, nozzle, and tail needle proteins and decorated with long and short fibers. The binding of the long tail fibers to the receptors in the outer bacterial membrane induces the straightening of nozzle proteins and rotation of short tail fibers. After the re-arrangement, the nozzle proteins and short tail fibers alternate to form a nozzle that extends the tail by 28 nm. Subsequently, the tail needle detaches from the nozzle proteins and five types of ejection proteins are released from the SU10 head. The nozzle with the putative extension formed by the ejection proteins enables the delivery of the SU10 genome into the bacterial cytoplasm. It is likely that this mechanism of genome delivery, involving the formation of the tail nozzle, is employed by all Kuraviruses.
リンクNat Commun / PubMed:36153309 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 10.0 Å
構造データ

EMDB-14483, PDB-7z44:
Portal of bacteriophage SU10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-14484, PDB-7z45:
Central part (C10) of bacteriophage SU10 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-14485, PDB-7z46:
Top part (C5) of bacteriophage SU10 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-14486, PDB-7z47:
Tail of bacteriophage SU10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-14487, PDB-7z48:
Bottom part (C5) of bacteriophage SU10 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-14488, PDB-7z49:
The capsid of bacteriophage SU10.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-14489, PDB-7z4a:
Bacteriophage SU10 tail and bottom part of the capsid (C1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-14490: Capsid of genome release intermediate of bacteriophage SU10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.12 Å

EMDB-14491: Assymetric reconstruction of bacteriophage SU10 genome release intermediate capsid cap
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.3 Å

EMDB-14492, PDB-7z4b:
Bacteriophage SU10 virion (C1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-14495, PDB-7z4f:
Tail of phage SU10 genome release intermediate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-14909: Tail needle of bacteriophage SU10
手法: EM (単粒子) / 解像度: 10.0 Å

EMDB-14920: Bacteriophage SU10 - genome release intermediate, composite map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.5 Å

由来
  • escherichia phage vb_ecop_su10 (ファージ)
  • Escherichia coli (大腸菌)
キーワードVIRUS / bacteriophage / portal / tail / base plate / nozzle / tail fibers / capsid / major capsid protein / asymmetric

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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