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タイトルStructure of the human inner kinetochore bound to a centromeric CENP-A nucleosome.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 376, Issue 6595, Page 844-852, Year 2022
掲載日2022年5月20日
著者Stanislau Yatskevich / Kyle W Muir / Dom Bellini / Ziguo Zhang / Jing Yang / Thomas Tischer / Masa Predin / Tom Dendooven / Stephen H McLaughlin / David Barford /
PubMed 要旨Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron ...Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron microscopy structures of the human inner kinetochore constitutive centromere associated network (CCAN) complex bound to CENP-A reconstituted onto α-satellite DNA. CCAN forms edge-on contacts with CENP-A, and a linker DNA segment of the α-satellite repeat emerges from the fully wrapped end of the nucleosome to thread through the central CENP-LN channel that tightly grips the DNA. The CENP-TWSX histone-fold module further augments DNA binding and partially wraps the linker DNA in a manner reminiscent of canonical nucleosomes. Our study suggests that the topological entrapment of the linker DNA by CCAN provides a robust mechanism by which kinetochores withstand both pushing and pulling forces exerted by the mitotic spindle.
リンクScience / PubMed:35420891 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.44 - 12.0 Å
構造データ

EMDB-13437, PDB-7pii:
Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.68 Å

EMDB-13473, PDB-7pkn:
Structure of the human CCAN deltaCT complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-14334, PDB-7r5r:
Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

EMDB-14336, PDB-7r5s:
Structure of the human CCAN bound to alpha satellite DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

EMDB-14341, PDB-7r5v:
Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.55 Å

EMDB-14351, PDB-7ywx:
Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.0 Å

EMDB-14375, PDB-7yyh:
Structure of the human CCANdeltaT CENP-A alpha-satellite complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

PDB-7pb4:
Cenp-HIK 3-protein complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.49 Å

PDB-7pb8:
Crystal structure of the CENP-OPQUR complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.68 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / inner kinetochore / Kinetochore (動原体) / chromosome segregation / centromere (セントロメア) / Chromosome (染色体) / cell division (細胞分裂)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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