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Structure paper

タイトルEnhanced identification of small molecules binding to hnRNPA1 via cryptic pockets mapping coupled with X-ray fragment screening.
ジャーナル・号・ページJ. Biol. Chem., Vol. 301, Page 108335-108335, Year 2025
掲載日2024年4月27日 (構造データの登録日)
著者Dunnett, L. / Das, S. / Venditti, V. / Prischi, F.
リンクJ. Biol. Chem. / PubMed:39984046
手法X線回折
解像度1.4 - 1.8 Å
構造データ

PDB-9f4d:
UP1 in complex with Z1203107138
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-9f4g:
UP1 in complex with Z1373445602
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4h:
UP1 in complex with Z106579662
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4j:
UP1 in complex with Z416341642
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4k:
UP1 in complex with ZINC72259689
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9f4l:
UP1 in complex with Z104584152
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4n:
UP1 in complex with Z137811222
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4o:
UP1 in complex with Z991506900
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4p:
UP1 in complex with Z1217960891
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4q:
UP1 in complex with Z641239276
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4r:
UP1 in complex with Z802821712
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.59 Å

PDB-9f4s:
UP1 in complex with Z56880342
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4t:
UP1 in complex with EN300-805013
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.42 Å

PDB-9f4u:
UP1 in complex with Z111529496
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4v:
UP1 in complex with EN300-118084
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4w:
UP1 in complex with Z54508609
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9f4x:
UP1 in complex with Z1220452176
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9f4y:
UP1 in complex with Z90120418
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f4z:
UP1 in complex with Z57040482
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9f50:
UP1 in complex with Z906021418
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-9f51:
UP1 in complex with Z608065044
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-9f52:
UP1 in complex with Z734147462
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-9f53:
UP1 in complex with Z237527902
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9f54:
UP1 in complex with EN300-197154
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9f55:
UP1 in complex with Z235361315
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-9f5c:
UP1 in complex with Z198195770
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-9f5d:
UP1 in complex with Z641230552
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9f5e:
UP1 in complex with Z30820160
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.45 Å

PDB-9f5f:
UP1 in complex with Z992569480
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-9f5g:
UP1 in complex with EN300-115958
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-9f5k:
UP1 in complex with Z33546965
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-9f7f:
UP1 in complex with Z1491353358
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-9f7h:
UP1 in complex with Z45617795
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.43 Å

PDB-9hq9:
UP1 in complex with Z1401276297
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9hqj:
UP1 in complex with Z86417414
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-9hql:
UP1 in complex with Z1152242726
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

化合物

ChemComp-JH1:
1-ethyl-N-[(4-fluorophenyl)methyl]-1H-pyrazole-4-carboxamide

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-SZE:
4-(3-fluoranylpyridin-2-yl)-1-methyl-piperazin-2-one

ChemComp-NUY:
[4-(propan-2-yl)piperazin-1-yl](thiophen-2-yl)methanone

ChemComp-NWP:
(2R)-N,2-dimethyl-N-(propan-2-yl)morpholine-4-sulfonamide

PDB-1h9r:
Tungstate bound complex Dimop domain of ModE from E.coli

ChemComp-WGP:
N,N-dimethyl-N~2~-phenylglycinamide / 2-アニリノ-N,N-ジメチルアセトアミド

ChemComp-O3J:
1-[4-(3-phenylpropyl)piperazin-1-yl]ethan-1-one / 1-[4-(3-フェニルプロピル)ピペラジン-1-イル]エタノン

PDB-1h95:
Solution structure of the single-stranded DNA-binding Cold Shock Domain (CSD) of human Y-box protein 1 (YB1) determined by NMR (10 lowest energy structures)

ChemComp-Q49:
(3S)-3-(3-fluorophenoxy)-1-methylpyrrolidin-2-one

PDB-1h9s:
Molybdate bound complex of Dimop domain of ModE from E.coli

ChemComp-K3J:
N-ethyl-6-methylpyridazin-3-amine

ChemComp-JGA:
N-ethyl-N'-(5-methyl-1,2-oxazol-3-yl)urea

ChemComp-WZY:
N-(4-methoxyphenyl)glycinamide

ChemComp-LXA:
~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-2-methoxy-ethanamide

ChemComp-UQJ:
3-(difluoromethyl)-1-methyl-1H-pyrazole-4-carboxamide / 3-(ジフルオロメチル)-1-メチル-1H-ピラゾ-ル-4-カルボアミド

ChemComp-O0M:
1-{[4-(propan-2-yl)phenyl]methyl}piperidin-4-ol

ChemComp-HWH:
~{N}-[2-(5-fluoranyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]ethanamide / N-[2-(5-フルオロ-1H-インド-ル-3-イル)エチル]アセトアミド

ChemComp-W0S:
1-(3,4,5-trimethoxyphenyl)methanamine / 3,4,5-トリメトキシベンゼンメタンアミン

ChemComp-9KS:
N-(2-hydroxyphenyl)acetamide / N-(2-ヒドロキシフェニル)アセトアミド

ChemComp-K2G:
5-chloro-2-(propan-2-yl)pyrimidine-4-carboxamide

PDB-1h9v:
Human Fc-gamma-Receptor IIa (FcgRIIa), monoclinic

PDB-1h9w:
Native Dioclea Guianensis seed lectin

ChemComp-K3A:
N-(5-methyl-1H-pyrazol-3-yl)acetamide / 3-(アセチルアミノ)-5-メチル-1H-ピラゾ-ル

ChemComp-K3Y:
1-methyl-3-[(3R)-piperidin-3-yl]-1H-pyrazole-4-carboxamide

PDB-1h9u:
The structure of the human retinoid-X-receptor beta ligand binding domain in complex with the specific synthetic agonist LG100268

ChemComp-LJA:
N-[3-(carbamoylamino)phenyl]acetamide

PDB-1h9x:
Cytochrome cd1 Nitrite Reductase, reduced form

ChemComp-JFP:
N-(4-methyl-1,3-thiazol-2-yl)propanamide

ChemComp-W0J:
(3R)-N-methyl-1-(pyridazin-3-yl)piperidin-3-amine

ChemComp-Z9I:
1-[(2R)-1-(methanesulfonyl)pyrrolidin-2-yl]methanamine

ChemComp-ONQ:
~{N}-(2-azanyl-2-oxidanylidene-ethyl)-4-methoxy-benzamide

ChemComp-WNM:
(3S)-1-(phenylsulfonyl)pyrrolidin-3-amine

ChemComp-JFM:
N-(2-phenylethyl)methanesulfonamide / N-フェネチルメタンスルホンアミド

PDB-1h97:
Trematode hemoglobin from Paramphistomum epiclitum

PDB-1h9t:
FADR, FATTY ACID RESPONSIVE TRANSCRIPTION FACTOR FROM E. COLI IN COMPLEX WITH FADB OPERATOR

ChemComp-VZM:
N-(6-methoxypyridin-3-yl)-N'-thiophen-2-ylurea

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / fragment screening / hnRNP A1 / UP1 / RNA/DNA BINDING PROTEIN / UP1-fragment complex

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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